計算機輔助藥物設計導論

計算機輔助藥物設計導論是化學工業出版社出版的一本圖書,作者復旦大學藥學院葉德泳。

基本介紹

• 書名：計算機輔助藥物設計導論
• 作者：復旦大學藥學院葉德泳  
• ISBN：7-5025-4981-1 
• 類別：醫藥農化
• 頁數：240 頁
• 定價：28.00 元
• 出版社：化學工業出版社
• 出版時間：2004年01月
• 裝幀：平裝
• 開本：16

技術簡介

是近年來發展起來的研究與開發新藥的一種嶄新技術，它大大加快了新藥設計的速度，節省了創製新藥工作的人力和物力，使藥物學家能夠以理論作指導，有目的地開發新藥。介紹計算機輔助藥物設計涉及到多種基礎學科和套用學科與技術。為了適應不同學科、不同層次的讀者需要，本書深入淺出地介紹了計算機輔助藥物設計的入門知識，包括藥物作用的基本理論，藥物設計的基本概念與方法，計算機輔助藥物設計的資料庫系統、理論計算基礎、相關測定技術以及對軟硬體的要求等。重點講解計算機輔助藥物設計的意義、作用和基本研究方法，選用一些典型的實例，並介紹最新的國內外研究成果，反映學科發展。同時介紹常用軟體，使本書兼具理論性和實用性。

目錄

1 計算機在藥學相關學科中的套用簡介1

11 計算機輔助教學1

12 臨床藥學1

13 計算機藥品管理系統2

14 儀器分析智慧型化2

15 計算機輔助譜圖解析2

16 生物大分子的結構分析2

17 計算機輔助合成路線設計3

18 化學製藥過程3

19 數據源的共享、國際聯檢與計算機網路通訊3

110 藥物篩選自動化5

111 計算機化學5

112 組合化學5

113 蛋白質工程5

114 計算機輔助藥物設計6

2 藥物設計的基本概念和理論基礎7

21 藥物的化學結構7

22 藥物發現的途徑與過程8

221 藥物的偶然發現與隨機篩選9

222 天然有效成分作為先導化合物10

223 已有藥物作為先導化合物10

224 以藥物合成中間體為先導化合物10

225 組合化學方法產生先導化合物10

226 合理藥物設計11

227 先導化合物的最佳化13

2271 局部修飾14

2272 生物電子等排體14

2273 改變溶解度14

2274 剖裂和拼合14

2275 藥物潛伏化15

23 藥物作用的生物化學、細胞和分子生物學基礎16

231 蛋白質16

232 核酸20

233 酶23

234 糖類25

235 生物膜26

24 藥物作用的分子藥理學基礎27

241 受體學說及藥物-受體相互作用的方式和本質27

2411 占領學說30

2412 親和力和內在活性學說30

2413 絞鏈學說30

2414 速率學說30

2415 誘導契合31

2416 大分子微擾學說31

2417 二態模型的占領-活化學說31

242 藥物-受體相互作用力的類型32

2421 共價鍵33

2422 范德瓦耳斯力33

2423 疏水鍵33

2424 氫鍵33

2425 電荷轉移34

2426 靜電作用34

2427 螯合作用35

243 立體因素對藥物-受體相互作用的影響35

244 藥物-受體相互作用模型37

245 以核酸為靶點的藥物作用模型38

2451 嵌入作用38

2452 溝區結合作用39

2453 反義核酸39

25 藥物的化學結構與生物活性的關係(SAR)40

251 藥效基團、藥動基團和毒性基團40

252 藥效構象42

26 定量構效關係(QSAR)43

261 線性自由能相關方法44

2611 理化參數的意義44

2612 Hansch分析數據的處理49

2613 套用50

262 Free-Wilson模型51

2621 經典Free-Wilson模型51

2622 Fujita-Ban改良模型52

2623 Hansch和Free-Wilson法混合模型52

263 分子連線性法52

27 數據統計分析52

271 模式識別法53

272 人工神經網路方法55

28 三維定量構效關係(3D-QSAR)56

281 3D-QSAR的提出56

282 分子的三維結構57

283 3D-QSAR的研究方法58

284 3D-QSAR的評價58

3 藥物的化學信息計算機系統60

31 二維化學信息管理軟體60

311 功能60

3111 輸入61

3112 搜尋和檢索61

3113 管理62

3114 輸出62

312 軟體介紹62

3121 公司內部軟體62

3122 商業化軟體62

32 二維化學信息資料庫63

321 公司內部資料庫63

322 商業化2D資料庫63

33 三維化學信息管理軟體64

331 功能特點64

3311 輸入64

3312 搜尋和檢索65

332 代表性軟體介紹66

34 三維化學信息資料庫67

341 公司內部3D資料庫67

342 商業化3D資料庫67

35 合成反應信息管理軟體及資料庫67

351 管理軟體的功能68

3511 輸入68

3512 搜尋和檢索68

352 代表性管理軟體68

353 資料庫69

36 組合化學信息管理軟體及資料庫69

37 微機支持的化學管理軟體及資料庫70

38 其他化學智慧型計算系統71

39 生物信息資料庫和軟體74

391 生物信息學及其作用74

392 生物信息學資料庫74

393 生物信息學數據的搜尋和檢索79

310 藥物的生物和化學信息網路資源80

4 有關理論計算、技術和設備90

41 理論計算基礎90

411 量子化學90

4111 從頭計算法91

4112 半經驗計算法91

4113 量子化學計算在藥物設計中的作用93

412 分子力學93

4121 分子能量的表達形式93

4122 分子力學的計算94

4123 量子力學與分子力學相結合的方法96

4124 常用的分子力場96

413 分子動力學97

4131 分子動力學模擬方法97

4132 構象空間搜尋方法97

4133 分子模擬計算中的幾種數理方法98

4134 自由能計算99

42 重要技術101

421 X射線晶體學101

422 核磁共振技術102

423 其他結構分子生物學測定技術103

424 計算機分子模型技術103

43 計算機硬體和軟體108

431 硬體和工作站108

432 軟體和專家系統108

5 計算機輔助藥物設計的意義111

51 計算機輔助藥物設計的產生和作用111

52 計算機輔助藥物設計的特徵112

521 多學科交叉的前沿領域112

522 大量化學信息的計算機計算處理112

523 大量高技術軟體產品的產生112

6 計算機輔助藥物設計的方法學114

61 直接藥物設計115

611 三維結構搜尋115

6111 三維化學結構資料庫116

6112 搜尋標準117

6113 三維結構搜尋的搜尋算法118

612 全新藥物設計120

6121 模板定位法121

6122 原子生長法122

6123 分子碎片法123

6124 SAR by NMR法125

6125 其他方法125

6126 同源蛋白的模建126

62 間接藥物設計128

621 活性類似物法128

622 假想受點點陣129

623 距離幾何法129

624 分子形狀分析130

625 CASE方法131

626 比較分子場分析法131

627 藥效基團模型法134

63 組合化學與合理藥物設計相結合的策略135

631 組合化學庫的設計135

632 虛擬組合化學庫用於基於結構的藥物設計136

64 用於計算機輔助藥物設計的一些代表性軟體137

7 計算機輔助藥物設計套用實例141

71 用核磁共振和分子模型技術研究紫杉醇構象141

72 抗流感病毒藥物設計--基於唾液酸酶結構的直接藥物設計142

73 HIV蛋白酶抑制劑的設計--基於靶點結構的三維結構搜尋法直接

藥物設計145

74 抗寄生蟲藥物設計--經同源蛋白模建和三維結構搜尋的直接藥物設計154

75 DHFR抑制劑的研究--受體受點的確定和原子生成法全新藥物設計155

76 ACE拮抗劑的設計--計算機建立藥效基團模型163

77 腎素抑制劑的設計--藥物作用模型分析和分子碎片法全新藥物設計165

78 5-HT3受體拮抗劑的研究--間接藥物設計167

79 HMG-CoA還原酶抑制劑的設計--重疊體積法3D-QSAR研究180

710 ALS抑制劑的研究--QSAR研究和藥效基團模型法間接藥物設計182

711 AChE抑制劑的研究和設計--QSAR研究和藥物作用模型分析186

712 三唑類殺菌劑的設計研究--CoMFA法3D-QSAR研究191

713 口服凝血酶抑制劑的發現和開發--組合化學與基於結構的藥物設計聯用192

714 組織蛋白酶D抑制劑的設計--組合化學與基於結構的藥物設計相結合194

715 抗SARS冠狀病毒藥物的設計--生物信息學分析和虛擬篩選201

8 結語 評價和展望204

參考文獻205

9 附錄208

91 進一步參考和選讀文獻208

92 主題詞、軟體名和藥物名索引218