新型農村合作醫療基金財務制度是由財政部會同衛生部制定加強新型農村合作醫療基金的財務管理的制度。
簡介,制度內容,
簡介
為加強新型農村合作醫療基金的財務管理，根據《國務院辦公廳轉發衛生部等部門關於建立新型農村合作醫療制度意見的通知》（國辦發[2003]3號）和《關於完善新型農村合作醫療統籌補償方案的指導意見》（衛農衛發[2007]253號）等有關規定，財政部會同衛生部制定了《新型農村合作醫療基金財務制度》。現印發給你們，請遵照執行。
財政部 衛生部
二 00八年一月二十二日
新型農村合作醫療基金財務制度
財政部 衛生部
二 00八年一月二十二日
新型農村合作醫療基金財務制度
制度內容
第一章總 則
第一條為規範新型農村合作醫療（以下簡稱“新農合”）基金財務管理，根據國家有關規定，制定本制度。
第二條本制度適用於各統籌地區根據國家有關規定設立的新農合基金。
第三條本制度所稱新農合基金（以下簡稱“基金”），是指通過參合農民個人繳納、集體扶持、政府資助籌集的，用於對參合農民醫藥費用進行補償的專項資金。
第四條統籌地區財政部門和衛生行政部門對基金實行監督管理，並由新型農村合作醫療經辦機構（以下簡稱“經辦機構”）具體負責基金的日常業務管理和會計核算工作。
第五條基金財務管理的任務是：認真貫徹執行國家有關法律、法規和方針、政策，合理籌集和使用基金；建立健全財務管理制度，組織落實基金的計畫、核算、分析和考核工作，如實反映基金收支狀況；嚴格遵守財經紀律，加強監督和檢查，確保基金的安全。
第六條各統籌地區財政部門在社會保障基金財政專戶中設立新型農村合作醫療基金專賬（以下簡稱“財政專戶”），專門管理和核算基金。基金納入財政專戶，實行收支兩條線管理，專款專用。任何地方、部門、單位和個人均不得擠占、挪用，不得用於平衡財政預算，不得用於經辦機構人員和工作經費。
第七條經辦機構應配備取得會計從業資格證書的專職財務會計人員。財務會計人員應按照基金財務會計制度的相關規定做好財務管理和會計核算工作，準確反映基金運行情況，監督基金的安全、有效使用。財務會計人員發生變更時，應按照有關規定做好交接工作。
第二章基金預算
第八條基金預算是指經辦機構按照新農合制度和管理政策編制的、經規定程式審批的年度基金財務收支計畫。
第九條基金預算的編制。年度終了前，經辦機構應按照財政部門規定的表式、時間和編制要求，根據本年度基金預算執行情況和下年度影響基金收支的相關因素，編制下年度基金預算草案。
第十條基金預算的審批。經辦機構編制的年度基金預算草案，由衛生行政部門審核匯總，經同級財政部門審核並報經同級政府批准後，財政部門應在15日內及時向衛生行政部門批覆預算。衛生行政部門應在財政部門批覆預算之日起15日內將預算批覆經辦機構。
第十一條基金預算的執行。經辦機構要嚴格按照批准的預算執行，並認真分析基金的收支情況，定期向同級衛生行政部門和財政部門報告預算執行情況。
財政部門和衛生行政部門應逐級匯總上報基金預算執行情況。省級財政部門和衛生行政部門要加強對基金預算執行情況的監控，發現問題立即督促統籌地區財政部門和衛生行政部門採取措施解決。
第十二條基金預算的調整。遇特殊情況需調整基金預算時，經辦機構要及時編制預算調整方案，並按基金預算編制審批程式報批。
第三章基金籌集
第十三條基金按照國家規定按時、足額籌集。各級財政部門應根據財政補助標準和轄區內參合農民人口數安排補助資金，納入同級財政年度預算並按規定程式及時辦理撥付手續。統籌地區政府應組織參合農民按當地繳費標準繳納參合費用。任何地區、部門、單位和個人不得截留和擅自減免。
第十四條基金收入包括：農民個人繳費收入、農村醫療救助資助收入、集體扶持收入、政府資助收入、利息收入和其他收入。
農民個人繳費收入是指參合農民以家庭為單位，按照規定的繳費標準繳納的資金收入。
農村醫療救助資助收入是指農村醫療救助資金代資助對象繳納的資金收入。
集體扶持收入是指鄉（鎮）、村等集體經濟組織扶持新農合的資金收入。
政府資助收入是指各級政府按照規定標準和參合農民人數資助新農合的資金收入。
利息收入是指基金存入銀行所取得的利息收入。
其他收入是指社會組織和個人對新農合的捐贈收入及經財政部門核准的其他收入。
第十五條經辦機構一般不設立基金收入戶（以下簡稱“收入戶”），基金收入直接繳入財政專戶。
不具備直接繳入財政專戶條件的統籌地區，經辦機構可在財政部門和衛生行政部門認定的國有或國有控股商業銀行設立收入戶，但一個統籌地區至多開設一個收入戶。
收入戶的主要用途是：暫存尚未繳入財政專戶的各項基金收入。
經辦機構應按期將收入戶存款匯繳財政專戶。收入戶除向財政專戶劃轉收入外，不得發生其他支付業務。收入戶月末無餘額。
第十六條經辦機構在收取農民個人繳費、收到集體經濟組織扶持資金後，應向對方開具由省級財政部門統一印製的基金繳款專用收據。
接受社會捐贈資金後，應向捐贈方開具由財政部門統一印製的捐贈收據。
第十七條實行大病統籌加門診家庭賬戶的統籌地區，基金收入分別計入統籌基金和門診家庭賬戶基金；實行大病統籌或住院統籌加門診統籌的統籌地區，基金收入全部計入統籌基金。
統籌地區應從統籌基金中提取風險基金，規模保持在當年統籌基金總額的10%，主要用於彌補基金非正常超支造成的基金臨時周轉困難等。風險基金可由基金統籌地區或省級統一管理。
第四章基金支出
第十八條基金支出應按照新農合制度規定的項目和標準執行，任何部門、單位和個人不得擅自增加支出項目和隨意提高補償標準。
第十九條實行大病統籌加門診家庭賬戶的統籌地區，基金支出包括統籌基金支出和門診家庭賬戶基金支出；實行大病統籌或住院統籌加門診統籌的統籌地區，基金支出全部為統籌基金支出，其中實行住院統籌加門診統籌的統籌地區，統籌基金支出包括住院統籌基金支出和門診統籌基金支出。
統籌基金支出是指用統籌基金支付的對參合農民醫藥費用的補償支出。其中，住院統籌基金支出是指用統籌基金支付的對參合農民住院費用的補償支出，門診統籌基金支出是指用統籌基金支付的對參合農民門診和健康體檢費用的補償支出。
門診家庭賬戶基金支出是指設立家庭賬戶的地區，用於參合農民門診費用、住院自負費用和健康體檢的支出。可以結轉使用，但不得提取現金。
經辦機構的人員經費、銀行手續費等工作經費不得在基金中列支。
第二十條經辦機構可在財政部門、衛生行政部門認定的國有或國有控股商業銀行設立基金支出戶（以下簡稱“支出戶”），但一個統籌地區至多開設一個支出戶。
支出戶的主要用途是：接收財政專戶撥入的基金；支付基金支出款項；暫存該賬戶的利息收入；劃撥該賬戶資金利息收入到財政專戶。
支出戶除接收財政專戶撥付的基金和該賬戶的利息收入外，不得發生其他收入業務。
支出戶除向定點醫療機構結算墊付醫藥費用、向參合農民支付補償費用和向財政專戶劃撥該賬戶資金利息外，不得發生其他支出業務。
全部補償支出實行財政專戶與醫療機構直接結算的地區，可不設支出戶。
第二十一條經辦機構應根據財政部門核批的基金年度預算及分月支出計畫，按月填寫財政部門統一印製的用款申請書，並加蓋本單位用款專用章後，在規定的時間內報送同級財政部門。財政部門對用款申請審核無誤後，應在規定的時間內將基金從財政專戶撥入支出戶，或由財政專戶與定點醫療機構直接結算。對不符合規定的憑證和不符合用款手續的，財政部門有權責成經辦機構予以糾正。
第二十二條經辦機構要加強對定點醫療機構醫藥費用的監管，及時結算定點醫療機構墊付的醫藥費用。探索通過採取單病種付費、費用總額預付、預付制與後付制相結合等措施，控制醫藥費用支出，提高基金使用效益。
第五章基金結餘
第二十三條基金結餘是指基金收支相抵後的期末餘額，包括統籌基金結餘（含風險基金）、門診家庭賬戶基金結餘。
實行大病統籌加門診家庭賬戶的統籌地區，基金結餘包括統籌基金結餘和門診家庭賬戶基金結餘；實行大病統籌或住院統籌加門診統籌的統籌地區，基金結餘全部為統籌基金結餘。
第二十四條基金管理應遵循以收定支、收支平衡、略有結餘的原則。
統籌基金累計結餘一般應不超過當年籌集的統籌基金總額的25%，其中當年統籌基金結餘一般應不超過當年籌集的統籌基金總額的15%（含風險基金）。
任何地區、部門、單位和個人不得動用基金結餘進行任何形式的投資。
第二十五條基金當年入不敷出時，按下列順序解決：
（一）動用統籌基金歷年結餘中的存款；
（二）按程式申請動用風險基金；
（三）經統籌地區人民政府批准的其他資金渠道。
第六章財政專戶
第二十六條本制度所稱的財政專戶是指統籌地區財政部門按規定在社會保障基金財政專戶中設立的新農合基金專用計息賬戶。
統籌地區只能在國有或國有控股銀行開設一個財政專戶。
第二十七條財政專戶的主要用途是：接收參合農民個人繳費收入、農村醫療救助資助收入、集體扶持收入、政府資助收入、利息收入和其他收入；設立收入戶的統籌地區，接收從收入戶轉來的收入；根據經辦機構的用款計畫，向支出戶劃撥基金或直接與定點醫療機構辦理基金結算。
第二十八條政府資助收入由財政部門從國庫直接劃入財政專戶，農村醫療救助資助收入通過農村醫療救助資金財政專戶直接劃轉到基金財政專戶。
第二十九條財政專戶發生的利息收入直接計入財政專戶，經辦機構支出戶的利息收入定期轉入財政專戶，財政部門憑銀行出具的原始憑證記賬。
第三十條未經過經辦機構收入戶直接劃入財政專戶的收入，財政部門要出具財政專戶繳款憑證，並附加蓋專用印章的原始憑證複印件，交經辦機構記賬和備查。
第三十一條從財政專戶直接劃撥到定點醫療機構的結算支出，應將支付憑證的其中一聯或將支付憑證複印件加蓋印章後交經辦機構記賬和備查。
第七章資產與負債
第三十二條資產包括基金運行過程中形成的現金、銀行存款(含財政專戶存款、收入戶存款、支出戶存款)、暫付款項等。
經辦機構應建立健全內部控制制度，嚴格按照國務院發布的《現金管理暫行條例》進行現金的收付和管理。
經辦機構應及時辦理基金存儲手續，按月與開戶銀行對賬，同時，經辦機構、財政部門要定期對賬，保證賬賬相符、賬款相符。
暫付款項應定期清理，及時結清。
第三十三條負債包括基金運行過程中形成的暫收款項等。暫收款項應定期清理，及時償付。因債權人等特殊原因確實無法償付的，經財政部門批准後作為基金的其他收入。
第三十四條新農合提高統籌級次及其他特殊情況發生時，應當對本級基金進行清算。
基金清算前應對基金的財務情況進行清理。基金清算時按照補償參合農民醫藥費、支付定點醫療機構墊付的參合農民醫藥費、支付其他應付款項和暫存款項的順序進行清償。基金清算後的餘額和基金運行中形成的其他資產、未清償的債務及有關資料一併轉入指定的部門或單位。
第八章基金決算
第三十五條年度終了後，經辦機構應根據國家統一的會計制度規定的表式、時間和要求編制年度基金財務報告。財務報告包括資產負債表、收支表、有關附表以及財務情況說明書。
財務情況說明書主要說明和分析基金的年度財務收支及管理情況；對本期或下期財務狀況發生重大影響的事項；以及其他需要說明的事項。
編制年度基金財務報告必須做到數字真實、計算準確、手續完備、內容完整、報送及時。
第三十六條經辦機構編制的年度基金財務報告應在規定期限內經衛生行政部門審核並匯總，報同級財政部門審核後，由同級政府批准。批准後的年度基金財務報告作為基金決算。
第三十七條衛生行政部門、財政部門應逐級匯總上報本級決算和下一級決算。經辦機構的年度基金財務報告不符合法律、法規、制度規定的，應予以糾正。
第九章監督與檢查
第三十八條經辦機構要建立健全內部管理制度，定期或不定期向社會公告基金收支和結餘情況，接受社會監督。
第三十九條衛生行政部門、財政部門和審計部門等要定期或不定期地對財政專戶、收入戶和支出戶的基金收支和結餘情況進行監督檢查，發現問題及時糾正，並向同級政府和基金監督組織報告。
第四十條單位和個人有下列行為之一的，責令限期改正。對單位及其直接負責的主管人員和其他直接責任人員依照《財政違法行為處罰處分條例》等有關法律、法規追究法律責任：
（一）截留、擠占、挪用、貪污基金；
（二）擅自提高或降低農民個人繳費標準，擅自變更支出項目、調整支出標準；
（三）未按時將基金收入存入財政專戶；
（四）未按時足額將基金從財政專戶撥付到支出戶或辦理結算；
（五）未按規定及時足額補償醫藥費用；
（六）其他違反國家法律、法規規定的行為。
第十章附 則
第四十一條各省、自治區、直轄市財政、衛生部門根據本制度的規定，結合當地實際情況制定實施辦法，並報財政部、衛生部備案。
第四十二條其他機構經辦新農合基金業務工作的，由統籌地區財政、衛生部門根據本制度及省級財政、衛生部門制定的實施辦法，制定相應的財務管理辦法，並報省級財政、衛生部門備案後施行。
第四十三條本制度由財政部、衛生部負責解釋。
第四十四條本制度自2008年1月1日起施行，凡與本制度不一致的，以本制度規定為準。
第一條為規範新型農村合作醫療（以下簡稱“新農合”）基金財務管理，根據國家有關規定，制定本制度。
第二條本制度適用於各統籌地區根據國家有關規定設立的新農合基金。
第三條本制度所稱新農合基金（以下簡稱“基金”），是指通過參合農民個人繳納、集體扶持、政府資助籌集的，用於對參合農民醫藥費用進行補償的專項資金。
第四條統籌地區財政部門和衛生行政部門對基金實行監督管理，並由新型農村合作醫療經辦機構（以下簡稱“經辦機構”）具體負責基金的日常業務管理和會計核算工作。
第五條基金財務管理的任務是：認真貫徹執行國家有關法律、法規和方針、政策，合理籌集和使用基金；建立健全財務管理制度，組織落實基金的計畫、核算、分析和考核工作，如實反映基金收支狀況；嚴格遵守財經紀律，加強監督和檢查，確保基金的安全。
第六條各統籌地區財政部門在社會保障基金財政專戶中設立新型農村合作醫療基金專賬（以下簡稱“財政專戶”），專門管理和核算基金。基金納入財政專戶，實行收支兩條線管理，專款專用。任何地方、部門、單位和個人均不得擠占、挪用，不得用於平衡財政預算，不得用於經辦機構人員和工作經費。
第七條經辦機構應配備取得會計從業資格證書的專職財務會計人員。財務會計人員應按照基金財務會計制度的相關規定做好財務管理和會計核算工作，準確反映基金運行情況，監督基金的安全、有效使用。財務會計人員發生變更時，應按照有關規定做好交接工作。
第二章基金預算
第八條基金預算是指經辦機構按照新農合制度和管理政策編制的、經規定程式審批的年度基金財務收支計畫。
第九條基金預算的編制。年度終了前，經辦機構應按照財政部門規定的表式、時間和編制要求，根據本年度基金預算執行情況和下年度影響基金收支的相關因素，編制下年度基金預算草案。
第十條基金預算的審批。經辦機構編制的年度基金預算草案，由衛生行政部門審核匯總，經同級財政部門審核並報經同級政府批准後，財政部門應在15日內及時向衛生行政部門批覆預算。衛生行政部門應在財政部門批覆預算之日起15日內將預算批覆經辦機構。
第十一條基金預算的執行。經辦機構要嚴格按照批准的預算執行，並認真分析基金的收支情況，定期向同級衛生行政部門和財政部門報告預算執行情況。
財政部門和衛生行政部門應逐級匯總上報基金預算執行情況。省級財政部門和衛生行政部門要加強對基金預算執行情況的監控，發現問題立即督促統籌地區財政部門和衛生行政部門採取措施解決。
第十二條基金預算的調整。遇特殊情況需調整基金預算時，經辦機構要及時編制預算調整方案，並按基金預算編制審批程式報批。
第三章基金籌集
第十三條基金按照國家規定按時、足額籌集。各級財政部門應根據財政補助標準和轄區內參合農民人口數安排補助資金，納入同級財政年度預算並按規定程式及時辦理撥付手續。統籌地區政府應組織參合農民按當地繳費標準繳納參合費用。任何地區、部門、單位和個人不得截留和擅自減免。
第十四條基金收入包括：農民個人繳費收入、農村醫療救助資助收入、集體扶持收入、政府資助收入、利息收入和其他收入。
農民個人繳費收入是指參合農民以家庭為單位，按照規定的繳費標準繳納的資金收入。
農村醫療救助資助收入是指農村醫療救助資金代資助對象繳納的資金收入。
集體扶持收入是指鄉（鎮）、村等集體經濟組織扶持新農合的資金收入。
政府資助收入是指各級政府按照規定標準和參合農民人數資助新農合的資金收入。
利息收入是指基金存入銀行所取得的利息收入。
其他收入是指社會組織和個人對新農合的捐贈收入及經財政部門核准的其他收入。
第十五條經辦機構一般不設立基金收入戶（以下簡稱“收入戶”），基金收入直接繳入財政專戶。
不具備直接繳入財政專戶條件的統籌地區，經辦機構可在財政部門和衛生行政部門認定的國有或國有控股商業銀行設立收入戶，但一個統籌地區至多開設一個收入戶。
收入戶的主要用途是：暫存尚未繳入財政專戶的各項基金收入。
經辦機構應按期將收入戶存款匯繳財政專戶。收入戶除向財政專戶劃轉收入外，不得發生其他支付業務。收入戶月末無餘額。
第十六條經辦機構在收取農民個人繳費、收到集體經濟組織扶持資金後，應向對方開具由省級財政部門統一印製的基金繳款專用收據。
接受社會捐贈資金後，應向捐贈方開具由財政部門統一印製的捐贈收據。
第十七條實行大病統籌加門診家庭賬戶的統籌地區，基金收入分別計入統籌基金和門診家庭賬戶基金；實行大病統籌或住院統籌加門診統籌的統籌地區，基金收入全部計入統籌基金。
統籌地區應從統籌基金中提取風險基金，規模保持在當年統籌基金總額的10%，主要用於彌補基金非正常超支造成的基金臨時周轉困難等。風險基金可由基金統籌地區或省級統一管理。
第四章基金支出
第十八條基金支出應按照新農合制度規定的項目和標準執行，任何部門、單位和個人不得擅自增加支出項目和隨意提高補償標準。
第十九條實行大病統籌加門診家庭賬戶的統籌地區，基金支出包括統籌基金支出和門診家庭賬戶基金支出；實行大病統籌或住院統籌加門診統籌的統籌地區，基金支出全部為統籌基金支出，其中實行住院統籌加門診統籌的統籌地區，統籌基金支出包括住院統籌基金支出和門診統籌基金支出。
統籌基金支出是指用統籌基金支付的對參合農民醫藥費用的補償支出。其中，住院統籌基金支出是指用統籌基金支付的對參合農民住院費用的補償支出，門診統籌基金支出是指用統籌基金支付的對參合農民門診和健康體檢費用的補償支出。
門診家庭賬戶基金支出是指設立家庭賬戶的地區，用於參合農民門診費用、住院自負費用和健康體檢的支出。可以結轉使用，但不得提取現金。
經辦機構的人員經費、銀行手續費等工作經費不得在基金中列支。
第二十條經辦機構可在財政部門、衛生行政部門認定的國有或國有控股商業銀行設立基金支出戶（以下簡稱“支出戶”），但一個統籌地區至多開設一個支出戶。
支出戶的主要用途是：接收財政專戶撥入的基金；支付基金支出款項；暫存該賬戶的利息收入；劃撥該賬戶資金利息收入到財政專戶。
支出戶除接收財政專戶撥付的基金和該賬戶的利息收入外，不得發生其他收入業務。
支出戶除向定點醫療機構結算墊付醫藥費用、向參合農民支付補償費用和向財政專戶劃撥該賬戶資金利息外，不得發生其他支出業務。
全部補償支出實行財政專戶與醫療機構直接結算的地區，可不設支出戶。
第二十一條經辦機構應根據財政部門核批的基金年度預算及分月支出計畫，按月填寫財政部門統一印製的用款申請書，並加蓋本單位用款專用章後，在規定的時間內報送同級財政部門。財政部門對用款申請審核無誤後，應在規定的時間內將基金從財政專戶撥入支出戶，或由財政專戶與定點醫療機構直接結算。對不符合規定的憑證和不符合用款手續的，財政部門有權責成經辦機構予以糾正。
第二十二條經辦機構要加強對定點醫療機構醫藥費用的監管，及時結算定點醫療機構墊付的醫藥費用。探索通過採取單病種付費、費用總額預付、預付制與後付制相結合等措施，控制醫藥費用支出，提高基金使用效益。
第五章基金結餘
第二十三條基金結餘是指基金收支相抵後的期末餘額，包括統籌基金結餘（含風險基金）、門診家庭賬戶基金結餘。
實行大病統籌加門診家庭賬戶的統籌地區，基金結餘包括統籌基金結餘和門診家庭賬戶基金結餘；實行大病統籌或住院統籌加門診統籌的統籌地區，基金結餘全部為統籌基金結餘。
第二十四條基金管理應遵循以收定支、收支平衡、略有結餘的原則。
統籌基金累計結餘一般應不超過當年籌集的統籌基金總額的25%，其中當年統籌基金結餘一般應不超過當年籌集的統籌基金總額的15%（含風險基金）。
任何地區、部門、單位和個人不得動用基金結餘進行任何形式的投資。
第二十五條基金當年入不敷出時，按下列順序解決：
（一）動用統籌基金歷年結餘中的存款；
（二）按程式申請動用風險基金；
（三）經統籌地區人民政府批准的其他資金渠道。
第六章財政專戶
第二十六條本制度所稱的財政專戶是指統籌地區財政部門按規定在社會保障基金財政專戶中設立的新農合基金專用計息賬戶。
統籌地區只能在國有或國有控股銀行開設一個財政專戶。
第二十七條財政專戶的主要用途是：接收參合農民個人繳費收入、農村醫療救助資助收入、集體扶持收入、政府資助收入、利息收入和其他收入；設立收入戶的統籌地區，接收從收入戶轉來的收入；根據經辦機構的用款計畫，向支出戶劃撥基金或直接與定點醫療機構辦理基金結算。
第二十八條政府資助收入由財政部門從國庫直接劃入財政專戶，農村醫療救助資助收入通過農村醫療救助資金財政專戶直接劃轉到基金財政專戶。
第二十九條財政專戶發生的利息收入直接計入財政專戶，經辦機構支出戶的利息收入定期轉入財政專戶，財政部門憑銀行出具的原始憑證記賬。
第三十條未經過經辦機構收入戶直接劃入財政專戶的收入，財政部門要出具財政專戶繳款憑證，並附加蓋專用印章的原始憑證複印件，交經辦機構記賬和備查。
第三十一條從財政專戶直接劃撥到定點醫療機構的結算支出，應將支付憑證的其中一聯或將支付憑證複印件加蓋印章後交經辦機構記賬和備查。
第七章資產與負債
第三十二條資產包括基金運行過程中形成的現金、銀行存款(含財政專戶存款、收入戶存款、支出戶存款)、暫付款項等。
經辦機構應建立健全內部控制制度，嚴格按照國務院發布的《現金管理暫行條例》進行現金的收付和管理。
經辦機構應及時辦理基金存儲手續，按月與開戶銀行對賬，同時，經辦機構、財政部門要定期對賬，保證賬賬相符、賬款相符。
暫付款項應定期清理，及時結清。
第三十三條負債包括基金運行過程中形成的暫收款項等。暫收款項應定期清理，及時償付。因債權人等特殊原因確實無法償付的，經財政部門批准後作為基金的其他收入。
第三十四條新農合提高統籌級次及其他特殊情況發生時，應當對本級基金進行清算。
基金清算前應對基金的財務情況進行清理。基金清算時按照補償參合農民醫藥費、支付定點醫療機構墊付的參合農民醫藥費、支付其他應付款項和暫存款項的順序進行清償。基金清算後的餘額和基金運行中形成的其他資產、未清償的債務及有關資料一併轉入指定的部門或單位。
第八章基金決算
第三十五條年度終了後，經辦機構應根據國家統一的會計制度規定的表式、時間和要求編制年度基金財務報告。財務報告包括資產負債表、收支表、有關附表以及財務情況說明書。
財務情況說明書主要說明和分析基金的年度財務收支及管理情況；對本期或下期財務狀況發生重大影響的事項；以及其他需要說明的事項。
編制年度基金財務報告必須做到數字真實、計算準確、手續完備、內容完整、報送及時。
第三十六條經辦機構編制的年度基金財務報告應在規定期限內經衛生行政部門審核並匯總，報同級財政部門審核後，由同級政府批准。批准後的年度基金財務報告作為基金決算。
第三十七條衛生行政部門、財政部門應逐級匯總上報本級決算和下一級決算。經辦機構的年度基金財務報告不符合法律、法規、制度規定的，應予以糾正。
第九章監督與檢查
第三十八條經辦機構要建立健全內部管理制度，定期或不定期向社會公告基金收支和結餘情況，接受社會監督。
第三十九條衛生行政部門、財政部門和審計部門等要定期或不定期地對財政專戶、收入戶和支出戶的基金收支和結餘情況進行監督檢查，發現問題及時糾正，並向同級政府和基金監督組織報告。
第四十條單位和個人有下列行為之一的，責令限期改正。對單位及其直接負責的主管人員和其他直接責任人員依照《財政違法行為處罰處分條例》等有關法律、法規追究法律責任：
（一）截留、擠占、挪用、貪污基金；
（二）擅自提高或降低農民個人繳費標準，擅自變更支出項目、調整支出標準；
（三）未按時將基金收入存入財政專戶；
（四）未按時足額將基金從財政專戶撥付到支出戶或辦理結算；
（五）未按規定及時足額補償醫藥費用；
（六）其他違反國家法律、法規規定的行為。
第十章附 則
第四十一條各省、自治區、直轄市財政、衛生部門根據本制度的規定，結合當地實際情況制定實施辦法，並報財政部、衛生部備案。
第四十二條其他機構經辦新農合基金業務工作的，由統籌地區財政、衛生部門根據本制度及省級財政、衛生部門制定的實施辦法，制定相應的財務管理辦法，並報省級財政、衛生部門備案後施行。
第四十三條本制度由財政部、衛生部負責解釋。
第四十四條本制度自2008年1月1日起施行，凡與本制度不一致的，以本制度規定為準。
