序列特異性引物分析即根據各等位基因的核苷酸序列,設計出一套針對每一等位基因特異性的或組特異性的引物,此即為序列特異性引物(SSP)。SSP只能與某一等位基因特異性片段的鹼基序列互補性結合,通過PCR特異性地擴增該基因片段,從而達到分析基因多態性的目的。
基本介紹
- 中文名:序列特異性引物分析
- 性質:分子生物學術語
序列特異性引物分析即根據各等位基因的核苷酸序列,設計出一套針對每一等位基因特異性的或組特異性的引物,此即為序列特異性引物(SSP)。SSP只能與某一等位基因特異性片段的鹼基序列互補性結合,通過PCR特異性地擴增該基因片段,從而達到分析基因多態性的目的。
序列特異性引物分析即根據各等位基因的核苷酸序列,設計出一套針對每一等位基因特異性的或組特異性的引物,此即為序列特異性引物(SSP)。SSP只能與某一等位基因特異性片段的鹼基序列互補性結合,通過PCR特異性地擴增該基因片段...
序列特異性引物指一種測定基因突變的方法。即利用針對點突變的2個等位特異性寡核苷酸(ASO)引物(A、B標記其中之一)與另一共同引物(C)組成引物系統;在引物延伸時,A與B同時競爭靶序列上同一復性位點,擴增反應後,經凝膠電泳及放射自顯影,膠片上的顯帶是標記同位素的引物所擴增的產物。套用學科 免疫學(一級學科...
序列測定用引物: DNA 序列測定是分子生物學中最重要和最精細的研究技術,其中最常使用的是末端終止法,即是一種依賴於特異DNA 引物的序列測定方法。該法對模板的需要量較大,這就要求待測DNA 片段尤其是拷貝數少的片段首先克隆到適合的載體中經過擴增後進行序列測定。常用的克隆載體如M13、PUC19、PBR322 等均有...
引物,是指在核苷酸聚合作用起始時,刺激合成的,一種具有特定核苷酸序列的大分子,與反應物以氫鍵形式連線,這樣的分子稱為引物。引物通常是人工合成的兩段寡核苷酸序列,一個引物與靶區域一端的一條DNA模板鏈互補,另一個引物與靶區域另一端的另一條DNA模板鏈互補,其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點,核酸聚合酶...
主要有完全依賴DNA序列自身識別特異性和依賴酶識別特異性兩大類策略,有TaqMan探針、高分辨熔解曲線分析、競爭性抑制實時PCR方法,檢測能力5%~20%之間,DxS蠍子引物法檢測能力可達1%。截至2009年,研究發現在病人的外周血液中能夠檢測到癌細胞逸出的突變DNA,成為良好的腫瘤早期診斷、治療預後的生物標記。Kimura等(...
該發明的第二個目的是提供一組特異性強、靈敏度高的用於檢測H5亞型禽流感病毒的核苷酸序列。該發明的第三個目的是提供一種操作簡單、結果準確的用與檢測禽流感病毒的試劑盒。該發明的第四個目的是提供一種快捷、準確、方便的檢測禽流感病毒的方法。技術方案 禽流感病毒通用引物、探針序列:上游引物:CGTCAGGCCCCCTC...
黃飛等人進行PCR-SSP(序列特異性引物)/PCR-SBT-HLA(直接測序分型) 高分辨等位基因分型比較, 發現兩種方法具有實驗互補意義。若同時套用兩種方法能夠有效改善HLA 等位基因高分辨分型的準確性和重複一致率。值得注意的是,臨床用血多為成分輸血,成分血分離自全血,不可避免會殘留少量白細胞或血小板。而有核細胞或...
根據所述病毒的基因組序列,還可以設計相關特異性探針,針對RNA或DNA進行檢測,並可結合基因晶片技術進行檢測,探針一般為20~50個核苷酸。一種較佳的方式是通過螢光定量RT-PCR進行檢測,包括特異性引物及相應的螢光探針。優選地,所述引物和探針包括:I)L-F-3:5’-AGTCTAGGTCATCTGATCCGTTC/TAG-3’;L-R-3...
構建可視化微生物基因組自動注釋與分析系統,藉助此系統,在這些特異性片段中篩選出與沙門氏菌致病性相關的基因和調控元件,將上述特異性片段數縮小至50個左右,並針對這些候選檢測靶點,分別設計特異性引物,建立沙門氏菌PCR檢測方法。在此基礎上,同時與目前常用的檢測靶點進行對比分析,對候選靶點的特異性、靈敏度、...
又稱無細胞分子克隆系統或特異性DNA序列體外引物定向酶促擴增法,是基因擴增技術的一次重大革新。可將極微量的靶DNA特異地擴增上百萬倍,從而大大提高對DNA分子的分析和檢測能力,能檢測單分子DNA或對每10萬個細胞中僅含1個靶DNA分子的樣品,因而此方法立即在分子生物學、微生物學、醫學及遺傳學等多領域廣泛套用和...
MLPA的基本原理包括探針和靶序列DNA進行雜交,之後通過連線、PCR擴增,產物通過毛細管電泳分離及數據收集,分析軟體對收集的數據進行分析最後得出結論。每個MLPA探針包括兩個螢光標記的寡核苷酸片段,一個由化學合成,一個由M13噬菌體衍生法製備;每個探針都包括一段引物序列和一段特異性序列。在MLPA反應中,兩個寡核苷酸...
SNP基因分型技術原理是PCR擴增含有SNP的基因組片段,主要特點是準確性高、靈活性強、通量大,主要方法是TaqMan探針法。 技術原理 首先通過PCR擴增含有SNP的基因組片段,然後通過序列特異性引物實現單鹼基延伸,隨後樣品分析物與晶片基質共結晶後在真空管中受瞬時納秒 (10-9s) 強雷射激發。核酸分子因此解吸附成為單電荷...
④DNA序列測定(sequencing)。能直接讀到目的片段核苷酸的完整序列,重複性好,解析度高,自動化程度高,是HA分型最直接、最精確、最可靠的方法。常用於對新發現的HLA特異性進行DNA序列分析。⑤特異性引物PCR技術(PCR sequence- specific primer,PCR-SSP)。採用特異性等位基因引物作PCR,擴增得到的DNA片段因分子量的不...
① 無需專門設計RAPD 擴增反應引物,也無須預先知道被研究生物基因組的核苷酸序列,引物可隨機合成和隨機選定,長度一般為9- 10 個核苷酸;② 每個RAPD 反應中,僅加單個引物,就可通過引物和模板DNA 隨機配對實現擴增,擴增無特異性;③ 退火溫度低,一般為36℃,這樣的溫度能保證核苷酸引物與模板的穩定結合,同時...
使用此方法的要求是必須知道至少23-28個核苷酸序列信息,以此來設計5’末端和3‘末端RACE反應的基因特異性引物(GSPs)。引物的設計 基因特異性引物(GSPs)應該是:23-28nt 50-70%GC Tm值≥65度,Tm值≥70度可以獲得好的結果 需要實驗者根據已有的基因序列設計5‘和3‘RACE反應的基因特異性...
RT-PCR使RNA檢測的靈敏性提高了幾個數量級,使一些極為微量RNA樣品分析成為可能。該技術主要用於:分析基因的轉錄產物、獲取目的基因、合成cDNA探針、構建RNA高效轉錄系統。合成cDNA引物的選擇 1. 隨機六聚體引物:當特定mRNA由於含有使反轉錄酶終止的序列而難於拷貝其全長序列時,可採用隨機六聚體引物這一不特異的...
用巢式基因特異性引物GPS2和能夠與多聚胞嘧啶配對的錨定引物AAP對加尾的產物進行PCR擴增,將PCR產物連線到載體後進行序列測定,可以得到基因序列上游的未知序列。AAP:GGCCACGCGTCGACTAGTACGGGIIGGGIIGGGIIG,I為次黃嘌呤核苷,多聚G上游包含Mlu I, Sal I 和 Spe I三個酶切位點。錨定PCR主要用於分析具有可變末端...
因此,DD-PCR假陽性高,重複性差,難以對基因表達進行全面的分析[5,11]。cDNA-AFLP則利用特異引物擴增,提高了PCR反應的嚴謹性,克服了DD-PCR的不足。為了驗證cDNA-AFLP的可靠性,Bachem等 選取了一個序列已知的對照基因—Patatin B2進行了分析。在引物選擇性鹼基為AseI-AA和TaqI-AC時,預測會得到一個片段大小為...
酶解法是用特異性酶切 割DNA的鹼基,然後檢測酶切後的DNA 片段質量,推測被切掉的鹼基。質譜裂解法是通過MALDI在離子化過程中將DNA 裂解為碎片離子,通過分析碎片離子信息確定DNA的序列。晶片雜交法是將晶片技術與MALDI結合進行微測序。焦磷酸測序法是對位於引物之外20〜30個單核苷酸進行合成測序,dNTP以特殊的順序...
(3)PCR/SSO分型法:以位點間或組間特異性引物擴增目的基因,將其擴增產物轉移到固相支持體上,利用序列特異性核苷酸探針,通過southern雜交進行擴增片段的分析、鑑定。探針可採用放射性同位素標記或非放射性標記進行相應標記物檢測。(4)PCR/SSP分型法:根據核苷酸鹼基序列的多態性和已知的DNA序列,設計各種具有型特異...
A)為引物的PCR擴增,因而該系統對原核和真核系統皆適用;在第一代的差異顯示系統中,下游引物特異性結合poly(A)尾,因此與3'端未翻譯區域相對應的差異表達序列大部分被鑑別出,而RFDD-PCR 採用優先切割翻譯序列的限制性內切酶(如TaqI),因此可以優先展示編碼區,更加適合於下游功能分析;使用RFDD-PCR或得差異...
二級學科),主要組織相容性複合體和遺傳(三級學科)常用技術有:PCR-SSO(對PCR擴增產物作特異性寡核苷酸探針雜交)、PCR-SSP(以等位基因特異性引物擴增模板DNA直接分析PCR產物的特性)、PCR-RLFP(對類別特異性引物擴增產物作限制性內切酶切割,分析片段長度多態性)和基於測序的HLA分型(對PCR擴增產物直接測序)。
特異引物的PCR標記 特異引物的PCR標記所用引物是針對已知序列的 DNA 區段而設計的,具有特定核苷酸序列(通常為 18—24 bp),可在常規PCR復性溫度下進行擴增,對基因組 DNA 的特定區域進行多態性分析。① 序列標誌位點 (Sequence Tagged Sites,STS)STS是對以特定對引物序進行PCR特異擴增的一類分子標記的統稱。
楊臘英等通過比對所測序的香蕉炭疽菌與GenBank 中炭疽菌屬中其他幾個種的ITS 全序列, 找出可用於檢測香蕉炭疽菌的特異性引物, 為香蕉炭疽菌株的快速、準確檢測提供了必要的依據。ITS方法學 真菌rDNA ITS 序列分析用於真菌系統分類通常通過多聚酶鏈式反應( PCR) 技術實現。rDNA 多複製的特性, 有利於低濃度或被更...
並將它們分別命名為usp1,usp2,usp3(上游特異性引物),dsp1,dsp2,dsp3(下游特異性引物)見表1。通過反向TAIL-PCR得到已知基因序列的側翼序列,擴增得到產物回收後送三博生物技術有限公司測序。實施例3 木聚糖酶基因的RT-PCR分析 提取Bisporasp.MEY-1的總RNA,利用反轉錄酶得到cDNA的一條鏈,然後設計恰當的...
在HLA基因複合體中或其臨近區域,這種微衛星重複序列已繪製成圖。因此,可套用序列特異性引物,通過PCR擴增,根據產物的長度確定微衛星的多態性。微衛星分析技術能夠迅速準確的識別供、受者間HLA單倍型的異同,且由於它包括HLA複合體的更寬區域,可能比HLA-Ⅰ或Ⅱ類單個座位等位基因的分析更為有效,從而為器官移植(...