專門管轄是法定管轄的一種，是專門法院與普通法院在審理案件上的一種分工，即確定某類案件歸某種專門法院受理。它的案件一般與特定系統有一定聯繫，或此類案件涉及專業部分的業務知識，普通法院審理有困難，所以由專門法院審理。中國的專門法院包括：軍事法院、鐵路運輸法院、海事法院等專門法院。軍事法院對軍隊系統內專職人員刑事案件實行專門管轄；鐵路運輸法院對鐵路系統內或鐵路運輸過程中的刑事、民事經濟案件實行專門管轄；海事法院對第一審海事、海商案件實行專門管轄。
刑事訴訟中的專門管轄
專門管轄，是指各種專門人民法院審判刑事案件的職權範圍。它解決的是哪些刑事案件應當由哪些專門人民法院審判的問題。
根據人民法院組織法的規定，我國設立軍事法院等專門人民法院。目前已建立的受理刑事案件的專門人民法院有軍事法院、鐵路運輸法院。
刑事訴訟法第27條規定：“專門人民法院案件的管轄另行規定。”在司法實踐中，軍事法院管轄的刑事案件，主要是現役軍人和軍內在編職工違反刑法分則第十章，犯軍人違反職責罪的犯罪案件。鐵路運輸法院管轄的刑事案件，主要是鐵路運輸系統公安機關負責偵破的刑事案件，如危害和破壞鐵路交通和安全設施的犯罪案件，在火車上發生的犯罪案件，鐵路職工違反規章制度、玩忽職守造成嚴重後果的犯罪案件等。
司法實踐中，存在軍隊和地方互涉案件的管轄權爭議問題，應該依據相關的司法解釋，分別不同情況處理：
1．現役軍人(含軍內在編職工，下同)和非軍人共同犯罪的，分別由軍事法院和地方人民法院管轄；涉及國家軍事秘密的，全案由軍事法院管轄。
2．地方人民法院或者軍事法院以外的其他專門法院管轄以下案件：(1)非軍人、隨軍家屬在部隊營區犯罪的；(2)軍人在辦理退役手續後犯罪的；(3)現役軍人入伍前犯罪的(需與服役期內犯罪一併審判的除外)；(4)退役軍人在服役期內犯罪的(犯軍人違反職責罪的除外)。
專門管轄還指：
我國除設有普通法院之外，還設有一些專門法院，如海事法院、軍事法院、鐵路運輸法院等，這些法院也管轄部分第一審民事案件：如海事法院受理當事人因海事侵權糾紛、海商契約糾紛及法律規定的其他海事糾紛提起的訴訟；軍事法院受理雙方當事人都是軍隊內部單位的經濟糾紛案件；鐵路運輸法院受理鐵路貨物運輸、旅客運輸等的契約糾紛案件、對鐵路造成損害的侵權糾紛案件。
