南京南站是南京捷運1號線(運營)、南京捷運3號線(運營)、南京捷運S1號線(運營)、南京捷運S3號線(運營)和南京捷運6號線(規劃)的換乘車站,也是南京捷運最大的換乘樞紐。
南京南站有4座站台,分為兩組,兩組站台之間有換乘通道相連;1號線和3號線站台為同台換乘的雙島式站台,位於高鐵站南京南站地下;S1號線和S3號線站台為的一島兩側式站台,位於高鐵站南京南站北廣場地下,共設12個出入口。
南京南站捷運1、3號線的站廳的“愛牆”牆面上雕刻了四千多條徵集而來的“愛的箴言”並組成了六個圖案,分別是兩手相握,兩手相牽,兩手組成愛心狀,六塊凹凸不平的大理石上還有六個藝術字型,從左到右分別是:仁愛、博愛、兼愛。此外,整個站廳層共懸掛了22塊內容各異的圓形紫銅浮雕,內容包括“金陵十二景”等。