分子標記輔助育種是利用分子標記與決定目標性狀基因緊密連鎖的特點，通過檢測分子標記，即可檢測到目的基因的存在，達到選擇目標性狀的目的，具有快速、準確、不受環境條件干擾的優點。可作為鑑別親本親緣關係，回交育種中數量性狀和隱性性狀的轉移、雜種後代的選擇、雜種優勢的預測及品種純度鑑定等各個育種環節的輔助手段。
分子標記輔助選擇是指通過分析與目標基因緊密連鎖的分子標記的基因型，藉助分子標記對目標性狀基因型進行選擇。分子標記輔助育種縮短了育種年限，加快了育種進程，提高了育種效率，克服了很多常規育種方法中的困難。伴隨著一些新分子標記的開發，包括抗病、抗蟲、抗旱、高產、品質改良等各個方面。
| 中文名稱 | 分子標記輔助育種 |
| 英文名稱 | molecular mark assisted breeding |
| 定 義 | 利用與特定性狀相關聯的分子標記作為輔助手段進行的育種。 |
| 套用學科 | 水產學（一級學科），水產生物育種學（二級學科） |
基本介紹
- 中文名： 分子標記輔助育種
- 外文名：molecular marker assisted breeding
- 所屬學科：生物學
示例,不足,研究成果,
示例
以土豆為例(圖1)。假設我們想培育一個抗土豆晚疫病的新品種，但問題是土豆晚疫病的抗性(好性狀)和一些不好的性狀（如高毒素含量或容易變黑）很容易一起傳遞到後代中。傳統的育種方法是，將有抗性的野生土豆和栽培土豆雜交，我們就要從雜交的後代里篩選出抗晚疫病，同時毒素含量較低並且不容易變黑的土豆進行下一輪雜交。但是通過這種方法，我們需要進行十年甚至幾十年的努力才能得到我們需要的品種。而當我們花了二十年終於得到了這個抗病品種的時候，很可能這個抗病能力已經被病原克服（即抗病基因失效）了。
圖1 ：土豆的染色體組（圖源：基因農業網）
對於分子育種家，我們知道了土豆的基因組序列，一共有12條染色體，圖1中藍色的方塊就代表這些分子標記，紅色代表我們需要的晚疫病抗性基因，灰色方塊代表和抗性基因距離很近的“不好的”基因，我們的育種目標是只保留抗病基因，而避免高毒素或者容易變黑等不好的性狀。有了分子標記，不需要再像傳統育種項目那樣進行大規模的表型測試，只需要提取雜交後代的DNA, 然後利用已有的分子標記對這些材料進行基因型篩選就好。如果把基因組想成一副地圖，那么分子標記就是基因組的“路標”，有了這些“路標”我們就能知道“具體建築”(基因)的位置。
我們需要保留紅色的“晚疫病抗性基因”，但同時要去掉茄鹼和褐化基因，我們要做的就是尋找帶有標記1和標記2，同時不帶有標記3和標記4的個體。當然，受限於群體數量，我們還是要反覆進行幾輪迴交從而篩選掉大部分野生型的基因組。
所以有了分子標記這個工具，可以大大加速植物育種，同時讓育種項目的目標和結果都變得更加容易掌控。
不足
1、分子標記從哪兒來？
如果需要進行分子標記育種，我們首先要獲得分子標記的連鎖圖譜，這個任務的工作量巨大，需要大量的時間和經費去開發這些分子標記，在某些作物里也許可以找到部分公開的資源，但是更多的信息掌握在公司手裡，如果想用需要拿錢來買。
2、如果我們想要的性狀來自不可雜交的材料里怎么辦？
野生土豆和栽培土豆(Solanum tuberosum)，並不是同一物種，但是一些品種仍舊可以通過各種方式與栽培土豆進行種間雜交從而豐富土豆的基因庫。但是仍舊有一些物種無法和栽培土豆進行雜交。這時候就算我們有再多的分子標記信息，也無法使用。
