SCAR標記，是由RAPD、SRAP、SSR標記轉化而來。
SCAR (sequence characterized amplified regions特定序列擴增)標記通常是由RAPD、SRAP、SSR標記轉化而來。SCAR標記是將特異標記片斷從凝膠上回收並進行克隆和測序，根據其鹼基序列設計一對特異引物(18-24鹼基)；也可對RAPD標記末端進行測序，在原RAPD所用10鹼基引物的末端增加14個左右的鹼基，成為與原RAPD片斷末端互補的特異引物。SCAR標記一般表現為擴增片斷的有無，是一種顯性標記，當擴增區域內部發生少數鹼基的插入、缺失、重複等變異時，表現為共顯性遺傳的特點。若待檢DNA間的差異表現為擴增片段的有無，則可直接在PCR反應管中加入溴化乙錠，通過在紫外燈下觀察有無螢光來判斷有無擴增產物，檢測DNA間的差異，從而省去電泳的步驟，使檢測變得更方便、快捷，可用於快速檢測大量個體。相對於RAPD標記，SCAR標記所用引物較長且引物序列與模板DNA完全互補，可在嚴謹條件下進行擴增，因此結果穩定性好、可重複性強。由於上述優點，SCAR標記成為目前分子標記在育種實踐中能直接套用的首選標記，實際上，它也是標記輔助育種中可以直接套用的一類一標記。在近幾年的研究中，很多RAPD標記、RFLP標記、AFLP標記以及一些工SSR標記己成功轉化成了SCAR標記，並得到了較好的驗證。
該方法在眾多領域中得到套用。
