《一種研究蛋白---蛋白相互作用的新模型》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院,由趙志虎擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名:一種研究蛋白---蛋白相互作用的新模型
- 項目類別:青年科學基金項目
- 項目負責人:趙志虎
- 依託單位:中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
- 負責人職稱:研究員
- 申請代碼:C0505
- 研究期限:2003-01-01 至 2005-12-31
- 批准號:30200042
- 支持經費:20(萬元)
《一種研究蛋白---蛋白相互作用的新模型》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院,由趙志虎擔任項目負責人的青年科學基金項目。
《一種研究蛋白---蛋白相互作用的新模型》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院,由趙志虎擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要蛋白-蛋白相互作用的研究是揭示蛋白功能,蛋白作用通路與網路的重要手段,目前常用的生...
《蛋白質結構域介導的蛋白-蛋白相互作用網路的研究》是依託蘇州大學,由侯廷軍擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白-蛋白相互作用在各種生命過程中起到了至關重要的作用,蛋白-蛋白相互作用網路的預測和研究對於闡明生物信息傳導過程以及發現重要藥物作用靶點都具有非常重要的意義。本課題擬通過發展可靠的結構域-多肽...
具體而言,由於信號轉導過程中多數接頭蛋白之間的相互作用是通過多肽介導的,而抗體也是利用超變區相對獨立的多肽序列直接參與其與目標蛋白質的相互作用,因此,我們以多肽作為研究蛋白質-蛋白質相互作用的切入點,藉助多肽豐富的化學多樣性,及其能與核酸、生物活性小分子、金屬離子、甚至人工製備的納米材料發生的特異性...
《蛋白質--蛋白質,蛋白質--核酸相互作用及結構研究》是徐筱傑為項目負責人,北京大學為依託單位的面上項目。 項目摘要 本項目內容包括分子間相互作用的計算機模擬及原子顯微鏡的觀察。已完成具有世界先進水平的在微機上運行的研究分子間相互作用的計算機系統,該系統具有友好的工作界面,包括資料庫分子對接,構效關係,...
多肽探針MARCKS-ED,作為高曲率膜以及磷脂醯絲氨酸(PS)探針的模型,用於外泌體標記及天然免疫信號傳導的研究,開發首個Toll樣受體5特異性小分子抑制劑,作為研究TLR5的探針和候選藥物。所開發探針具有高度的特異性和高效性,為靶向跨膜蛋白-蛋白相互作用提供了良好範例與基礎,提出了有效的開發策略。
《基於蛋白質起源的蛋白質相互作用網路演化機制的研究》是依託蘇州大學,由張文宇擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 細胞內的各種重要的生理過程都是以蛋白質間的相互作用為紐帶,並形成網路。因而,研究蛋白質互作網路的形成過程對我們理解生命活動的起源,組織及發展機制具有至關重要的意義。大量蛋白質互作數...
分類識別方面進行深入研究,探索蛋白質相互作用的作用機制;從蛋白質-結構域出發,提出一種新的基於結構域組成的蛋白質柱狀編碼方式,構建預測蛋白質相互作用的高性能計算模型;考慮多結構域對蛋白質相互作用的影響,對結構域組成進行非線性變換,並利用進化算法最佳化計算模型,為得到高可靠性的蛋白質相互作用預測結果打...
《自相互作用蛋白質的系統研究和預測》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院,由李棟擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 自相互作用蛋白質指的是某種蛋白質的兩個或者兩個以上拷貝能夠發生相互作用的蛋白質。自相互作用蛋白質對細胞發揮功能以及生物網路進化都起到重要作用。然而目前最常用的兩種檢測蛋白質相互...
《蛋白質中靜電極化效應的理論與計算研究》是依託華東師範大學,由季長鴿擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 用量子力學的方法去描述蛋白內的靜電相互作用無疑是最為精確的。在過去的幾年裡,筆者著力將MFCC(帶共軛帽的分子碎片化方法)量子計算方法和基於Poisson-Boltzmann方程的隱式溶劑化模型結合起來,從而...
《蛋白質網路動態演化模型及套用算法研究》是依託湖南大學,由駱嘉偉擔任項目負責人的專項基金項目。中文摘要 生命活動是若干蛋白質在微觀上所形成的複雜相互作用網路的巨觀表現。研究蛋白質網路對從系統水平上理解生命活動的內在組織及其過程具有重要理論意義。蛋白質網路在生物體的不同生命周期階段及不同的環境下,不斷地...
L-Z 複雜度、字元頻率特徵和字元位置特徵來獲取蛋白質序列信息的特徵值,有效提取蛋白質序列信息;根據多個蛋白質相互作用資料庫篩選正樣本,設計負樣本篩選算法,進而構建蛋白質相互作用標準數據集;基於隨機子空間和特徵映射的集成學習框架,保證預測模型的準確性、泛化能力;基於流形學習的蛋白質相互作用可信度評估,...
蛋白質組學本質上指的是在大規模水平上研究蛋白質的特徵,包括蛋白質的表達水平,翻譯後的修飾,蛋白與蛋白相互作用等,由此獲得蛋白質水平上的關於疾病發生,細胞代謝等過程的整體而全面的認識。研究介紹 蛋白質組的研究不僅能為生命活動規律提供物質基礎,也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。通...
第6章 套用表面等離子共振技術研究視紫紅質一G蛋白相互作用 第7章 使用光散射技術確定蛋白質複合物的化學計量 第8章 沉降平衡研究 第9章 模擬小區帶凝膠過濾色譜法檢測蛋白質一蛋白質相互作用 第10章 螢光凝膠阻滯實驗檢測蛋白質一蛋白質相互作用 第11章 螢光偏振實驗技術定量研究蛋白質一蛋白質相互作用 第12...
膜蛋白的運動也受很多因素影響。 膜中蛋白質與脂類的相互作用、 內在蛋白與外在蛋白相互作用、膜蛋白複合體的形成、膜蛋白與細胞骨架的作用等都影響和限制蛋白質的流動。膜蛋白主要有以下幾種運動形式:① 隨機移動 有些蛋白質能夠在整個膜上隨機移動。移動的速率比用人工脂雙層測得的要低。② 定向移動 有些蛋白...
《基於胺基酸接觸能網路的蛋白質結合位點分析》是依託蘇州大學,由嚴文穎擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 很多重要的生物過程都是在蛋白質-蛋白質相互作用的參與下完成的,研究這種相互作用關係對理解疾病發生原因、預測藥物靶點都有重要的指導意義。基於複雜網路的胺基酸網路模型為蛋白質研究提供了新的範式。本...
《藥物與蛋白質相互作用發光模型及其藥代動力學研究》是依託西北大學,由宋正華擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 研究蛋白質與藥物相互作用對闡明藥物的藥理活性和藥代動力學具有重要的理論意義、學術價值和套用前景。本課題擬以發光劑-功能蛋白質線上產生的化學發光信號為穩態光源,以功能蛋白質與小分子相互作用生成...
該模型認為蛋白質的摺疊起始於伸展肽鏈上的幾個位點,在這些位點上生成不穩定的二級結構單元或者疏水簇,主要依靠局部序列的進程或中程(3-4個殘基)相互作用來維繫。它們以非特異性布朗運動的方式擴散、碰撞、相互黏附,導致大的結構生成並因此而增加了穩定性。進一步的碰撞形成具有疏水核心和二級結構的類熔球態中間體...
然而,來源於基因組計畫中的新信息表明a一乳白蛋白起源和乳糖合成可能比最初考慮的更加複雜。α—乳白蛋白在蛋白質研究方面繼續起著重要作用。近幾年,它已經成為研究蛋白質自然摺疊成天然結構機制的通用模型,人們對此過程理解甚少,並且該過程是基因信息表達的關鍵步驟。此處用“α一乳白蛋白”表示被廣泛研究源於牛乳的...
《蛋白質與核酸對接的計算模型研究》是依託華南農業大學,由常珊擔任項目負責人的專項基金項目。項目摘要 蛋白質-核酸間相互作用與識別對細胞中的分子生物學機理研究,計算機輔助藥物設計和複合物結構預測都具有重要的意義。蛋白質與核酸的相互作用非常複雜,因此分子模擬需要考慮其特點有針對性的構建模型。本項目旨在通過...
蛋白質相互作用的鑑定與分析技術研究。研究和發展鑑定蛋白質相互作用的新技術和新方法;發展研究蛋白質相互作用在複雜蛋白質體系的形成與功能發揮過程中關鍵地位的新技術和新方法。高精度的修飾和定量蛋白質組學技術研究。研究和發展適合定量蛋白質組研究的樣品製備理論、方法和技術體系;發展新型相對、絕對、標記和非標記...
《研究鋅指蛋白與核酸作用的篩選模型的建立及套用》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院,由趙志虎擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 蛋白與核酸相互作用,是基因表達調節最常用最有效的一種方式,鋅指是識別核酸最成功的一種結構元件。我們希望利用轉錄干擾、翻譯抑制現象,建立體內遺傳篩選模型,對經典鋅指的...
包括:(1)套用複雜網路的方法,建立蛋白複合體網路結構,研究蛋白-蛋白的相互作用機制。通過計算這些網路的各種網路參量,包括度分布,聚集係數,平均最短路徑,以及基於化學圖論的幾種新的指標深入研究了蛋白質複合物的拓撲性質對功能的影響。(2)結合彈性網路模型,研究了蛋白複合體網路的聚合效應以及DNA-蛋白複合體...
克里克、沃森在X射線衍射資料的基礎上,提出了DNA三維結構的模型。獲1962年諾貝爾生理或醫學獎。50年代後豪普特曼和卡爾勒建立了套用X射線分析的以直接法測定晶體結構的純數學理論,在晶體研究中具有劃時代的意義,特別在研究大分子生物物質如激素、抗生素、蛋白質及新型藥物分子結構方面起了重要作用。他們因此獲1985年...
(HumanProteome Project, HPP). HPP的研究目的是鑑定人類基因組編碼的全部蛋白質及其功能,揭示:a.構成各種人類組織不同細胞類型的蛋白質表達譜;b.蛋白質組翻譯後修飾譜;c.蛋白質組亞細胞定點陣圖;d.蛋白質一蛋白質相互作用關係圖;e.蛋白質結構與功能聯繫圖等.包括對不同發育階段,不同生理和病理狀態下蛋白質的空間...
針對跨膜蛋白的結構特徵,結合課題組前期的研究基礎,建立適合於跨膜蛋白的分子對接計算方法。綜合粗粒化彈性網路模型和分子動力學對跨膜蛋白的變構和轉運過程進行多尺度模擬。通過平衡態和拉伸分子動力學模擬,進一步探討跨膜蛋白與底物相互作用過程中的動力學特性。該項目將為揭示跨膜蛋白底物識別和轉運過程的機制提供...
本項目在前期工作基礎上,將其進一步套用到金屬蛋白的研究中,正確描述金屬蛋白離子配位數和電荷在動力學過程中的變化。為了套用於更複雜的體系,提高計算效率,對量化計算的結果進行分析擬合,將新的極化電荷模型套用到蛋白質和蛋白質的相互作用:精確的描述蛋白質分子內和分子間的相互作用,研究靜電極化效應對結合自由...
過量服用對乙醯氨基酚(acetaminophen),導致的肝中毒是研究藥物誘發的肝毒性的實驗模型。以往許多研究表明對乙醯氨基酚代謝物引起肝蛋白質的芳基化和肝中毒相關。以小鼠為動物模型比較了服用放射性標記的藥物和對照肝蛋白質的變化。通過雙向電泳和質譜分離鑑定了20多種蛋白質作為其代謝物的新的作用靶標蛋白[7]。以不同...