RFLP

RFLP標記是發展最早的DNA標記技術。RFLP是指基因型之間限制性片段長度的差異，這種差異是由限制性酶切位點上鹼基的插入、缺失、重排或點突變所引起的。

基本介紹

• 中文名：限制性內切酶片段長度多態性
• 外文名：Restriction Fragment Length Polymorphism
• 簡稱：RFLP
• 基本類型：點的多態性 序列多態性
• 優點：結果簡單明了
• 缺點：操作繁瑣，檢測周期長，成本高昂

簡介

RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性內切酶片段長度多態性）作為第一代分子生物學標記自問世以來已廣泛運用於多門生物學科研究中，但它運用於植物抗性研究還只是近幾年的事。RFLP能對植物的抗性基因進行定位和分離，利用RFLP技術，對於核基因組或葉綠體基因組、尤其是後者，若能提取純淨DNA，則可直接從酶切後的電泳圖譜看出其多態性，利用這一方法可以測定種群內、種群間不同水平的物種在污染環境下抗性分化進化水平上的差異。RFLP技術在用於基因型分型研究的同時，同樣的可用於在不同環境中微生物多樣性的研究。

主要步驟

RFLP技術主要包括以下基本步驟：

DNA提取→用限制性內切酶酶切DNA→用凝膠電泳分開DNA片段→把DNA片段轉移到濾膜上→利用放射性標記的探針雜交顯示特定的DNA片段（Southern雜交）和結果分析。

優缺點

RFLP遍布低拷貝編碼序列，並且非常穩定，但RFLP實驗操作繁瑣，檢測周期長，成本高昂，不適於大規模的分子育種，在植物分子標記輔助育種中需要將RFLP轉換成以PCR為基礎的標記。

與核酸序列分析相比，RFLP可省去序列分析中許多非常繁瑣工序，但相對RAPD 而言，RFLP方法更費時、費力，需要進行DNA多種酶切、轉膜以及探針的製備等多個步驟，僅對基因組單拷貝序列進行鑑定。但RFLP又有比RAPD優越之處， 它可以用來測定多態性是由父本還是母本產生的，也可用來測定由多態性產生的突變類型究竟是由鹼基突變或倒位、 還是由缺失、插入造成的。

基本類型

點的多態性

表現為DNA鏈中發生單個鹼基的突變，且突變導致一個原有酶切位點的丟失或形成一個新的酶切位點。Southern雜交即可診斷。

序列多態性

因DNA鏈內發生較大部分的缺失、重複、插入等變異，其結果是即使其內切酶位點鹼基序列沒有變化，但原有的內切酶位點相對位置發生變化從而導致出現RFLP。