分子育種——將分子生物學技術套用於育種中，在分子水平上進行育種。通常包括：分子標記輔助育種和遺傳修飾育種（轉基因育種）。
轉基因育種——就是將基因工程套用於育種工作中，通過基因導入，從而培育出一定要求的新品種的育種方法。
基本介紹
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相關信息
在“985”平台建設資金支持下，北林大林木育種國家工程實驗室的專家們用短短的6個月完成了這一開創性的研究。
專家解釋，基因組學研究成果在育種中套用後，將拓展野生種質資源中優異等位基因挖掘的廣度和深度，顯著提高複雜性狀改良的可操作性和新品種選育的效率，對於保障我國森林資源可持續發展有十分重要的意義。
北林大繪製完成的毛白楊基因組序列圖譜開創了我國林業基因組學研究的先河。據介紹，科學家們完成的毛白楊基因組大小約為6億個鹼基對，重疊群的平均長度為39.7Kb，達到了框架圖示準。基因組常染色質區覆蓋度達到90%以上，基因區覆蓋度達到95%以上，單鹼基的錯誤率達到1萬分之一以內。
國際同行專家高度評價這樣一項重大研究。他們認為，毛白楊基因組的注釋和分析大大便利了科學家發現經濟性狀相關基因，使經濟性狀的遺傳圖譜定位，跨越到基因組圖譜和功能基因的精確定位，標誌著毛白楊分子育種等相關研究正式進入基因組時代，將推動毛白楊育種技術的全面進步。毛白楊基因組序列測序完成，對木本植物發育的分子機制的了解、木本植物在進化歷程中地位的研究、可再生能源利用的研究具有重要的意義。
技術本質
如果對分子育種有更進一步的了解，就會發現，分子育種很明顯不能等同於轉基因。利用先進的生物學技術，科學家們可以在不改變作物基因的前提下，改變其性狀，或者僅僅是通過分子標記的方法篩選優良品種。有一些分子標記僅僅是測序，檢測單核苷酸多態性，根本不涉及基因調控。從這些方面來看，分子育種顯然不是轉基因。但是在分子育種中，確實也包含基因工程。
我們知道，種是兩性繁殖的產物，是種間隔離的，種間隔離並不等同於物種之間沒有基因交流。從進化的角度來看，物種之間常會發生水平基因轉移。一定程度上可以說，轉基因也是一種水平基因轉移。如果轉入的新基因可以遺傳，則會產生新的物種。若不能遺傳，則不能產生新的物種。但是分子育種手段篩選出的新品種（不是新物種），它們的優良性狀都是可以遺傳的。
