《HIV-1潛伏的轉錄網路與調控研究》是依託浙江大學，由吳南屏擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：HIV-1潛伏的轉錄網路與調控研究
- 依託單位：浙江大學
- 項目負責人：吳南屏
- 項目類別：面上項目
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
HIV-1的潛伏是清除病毒的最後壁壘，其內在性狀存在於從細胞整體到染色質局部的具體微環境中。申請者在前染色質代謝蛋白共調節HIV-1轉錄的研究基礎上，進一步推導HIV-1潛伏主導的轉錄網路。具體的，以HIV-1潛伏T細胞模型為平台，以潛伏細胞全基因組轉錄網路化調控為主軸，挖掘以HIV潛伏為先導的miRNA-mRNA協同功能模組、 miRNA調控潛伏的路徑機制化研究。系統水平上，從網路到節點，探索HIV潛伏相關的主效基因與調控機制。為開發針對HIV-1潛伏的干預措施提供疾病標記及機理依據。
結題摘要
HIV-1潛伏庫的存在是高效抗逆轉錄治療（HAART）不能根除HIV-1感染的主要障礙之一。目前已經知道發生在細胞內多個層次（染色質結構、轉錄因子水平、細胞核心苷酸水平，miRNA，宿主限制因子等）的多種機制可以影響HIV-1整合後潛伏的形成，並通過體外潛伏細胞模型發現潛伏感染本身及潛伏活化伴隨著細胞內基因轉錄的廣譜變化，但離全面闡明HIV-1潛伏感染的機制仍有很大的距離。本研究項目利用我們課題組現有的T細胞潛伏模型（CEM-Bru）及複製模型（H9/HTLV-IIIB），致力於從細胞內基因表達及相互作用的網路化調控角度，揭示潛伏感染的轉錄特徵與調控特徵。我們以全基因組基因晶片技術檢測了潛伏細胞、複製細胞以及未感染對照細胞的mRNA和miRNA表達譜，並整合了若干以往研究中HIV-1潛伏感染與HIV-1長期不進展患者CD4+ T細胞的表達譜數據，發現了大量潛伏感染相關的差異表達基因，並通過基因功能聚類分析發現了一批在潛伏感染細胞或長期不進展患者T細胞中上調的基因功能模組，如細胞核轉運、RNA剪接、細胞周期、Wnt通路、NOD通路、Akt通路、過氧化物酶體等，以及藉助貝葉斯模型生成了HIV-1潛伏感染狀態和長期不進展患者的基因相互作用網路，發現了若干處於網路調控節點的重要基因，如ATP5G3，KPNA2，UGDH，CYFIP等。另外，通過進一步整合miRNA-mRNA相互調控的數據，我們發現了更為複雜的潛伏感染基因調控網路，並通過主幹化處理獲得了關鍵的調控信息，如由miR-223，E2F1，RHOB和ARHGDIA組成的調控軸。綜上所述，通過本項目的實施發現了大量HIV-1潛伏感染相關的基因模組，進一步明確了HIV-1潛伏感染的轉錄特徵和調控特徵，對其中發現的重要基因在潛伏感染中的作用值得進一步研究。
