馬來西亞武裝部隊是由最高元首所委任的總司令所領導，總司令的軍階為上將，他通過摩下的各司令部（JPP；Jawatankuasa Panglima-panglima）指揮和管理武裝部隊的運作。目前馬來西亞武裝部隊的總司令是丹斯里阿都阿茲·再納上將（Jeneral Tan Sri Abdul Aziz bin Hj Zainal）。
馬來西亞陸軍[英語：Malaysian Army（MA）；馬來語：Tentera Darat Malaysia（TDM）]馬來西亞皇家海軍[英語：Royal Malaysian Navy（RMN）；馬來語：Tentera Laut Diraja Malaysia（TLDM）]馬來西亞皇家空軍[英語：Royal Malaysian Air Force（RMAF）；馬來語：Tentera Udara Diraja Malaysia（TUDM）]
（英文：Malaysian Armed Forces（MAF）；馬來語：Angkatan Tentera Malaysia（ATM））扮演的角色是保衛馬來西亞國土的完整和主權的獨立，隨時應付一切可能發生的威脅；在國家內部發生動亂時，維持公共秩序；在發生自然災害的時候給予援助；同時它也參於聯合國維持和平部隊的維和行動。
馬來西亞陸軍的前身是成立於1933年3月1日的馬來志願兵團（英文：First Experimental Malay Company；馬來語：Skuad Percubaan Rejimen Askar Melayu），1938年3月1日，志願軍團被提升為馬來第一軍團（英語：First Battilion Malay Regiment；馬來語：Batalion Pertama Rejimen Askar Melayu），並在1941年12月1日（二戰前夕）成立了馬來第二軍團（英語：Second Battilion Malay Regiment；馬來語：Batalion Kedua Rejimen Askar Melayu）。戰後不久，馬來亞半島陷入緊急狀態，陸軍部隊的規模擴大至7個軍團。1952年9月1日，第一支聯邦裝甲兵團（英語：Federation Reconnaissance Squadron；馬來語：Skuadron Kereta Perisai Persekutuan）成立。獨立以後，陸軍部隊開始參與聯合國維和行動。
皇家海軍
馬來西亞皇家海軍的前身是在1934年4月27日成立於新加坡的海峽殖民地後備志願軍（英文：Straits Settlement Volunteer Reserve Force；馬來語：Pasukan Simpanan Sukarela Tentera Laut Negeri-negeri Selat）。二戰期間，英殖民政府在檳城成立分隊並改名為馬來亞皇家志願海軍（英語：Malay Section of The Royal Navy；馬來語：Pasukan Sukarela Tentera Laut Diraja Malaya）。二戰以後，由於資金缺乏，馬來亞海軍部隊曾一度被解散；在緊急狀態時期，海軍部隊又恢復運作。1952年，馬來亞海軍被英女皇伊莉莎白二世授於馬來亞皇家海軍（英語：Royal Malayan Navy；馬來語：Tentera Laut Diraja Malaya）的名號。獨立以後，海軍部隊把基地由新加坡島遷移至馬來亞半島，並在1963年9月16日改名為馬來西亞皇家海軍。
皇家空軍
馬來西亞皇家空軍的前身是成立於1936年的海峽殖民地誌願空軍部隊（英文：Malayan Auxiliary Air Force；馬來語：Pasukan Sukarela Tentera Udara Negeri-negeri Selat）；二戰期間，部隊改名為馬來亞後備空軍部隊（馬來語：Pasukan Simpanan Tentera Udara Malaya）。戰後，空軍部隊曾一度被解散，但在1958年6月2日由國會通過空軍法令（英語：Air Force Ordinance）恢復運作，重新運作的空軍部隊被名為馬來亞皇家空軍（英語：Royal Malayan Air Force）。1963年9月16日，空軍部隊又易名為馬來西亞皇家空軍。
馬來西亞皇家空軍軍旗
馬來西亞皇家海軍軍旗
馬來西亞陸軍軍旗
馬來西亞武裝部隊軍旗