美國在南北戰爭以後,又對朝鮮提出了“門戶開放”的要求。1866年8月,發生了舍門將軍號事件,美國商船“舍門將軍號”在平壤大同江橫行霸道,終於被平安道監司朴珪壽指揮朝鮮軍民將其擊沉,船員全部死亡,造成國際爭端。1867年和1868年,美國軍艦沃楚西特(Wachusett)號和謝南多厄(Shenandoah)號先後奉命前往朝鮮大同江口附近調查此事件,同時蒐集情報、測量水深及地質情況。1868年,美國人詹金斯(J. C. Febiger)甚至還潛入朝鮮,與普魯士商人奧佩爾特、法國神父費隆(權神父)一起盜掘南延君(大院君之父)的墳墓,企圖以骸骨要挾朝鮮政府賠款通商,但未能得逞。
遠征朝鮮的計畫是由美國駐上海總領事喬治·西華德(George F. Seward,又譯作“西華”)積極推進的。他在1868年先是從正準備赴朝盜墓的詹金斯那裡聽說朝鮮政府有意向和歐美修好,於是向他的叔叔、美國國務卿威廉·亨利·西華德(William H. Seward)提出向朝鮮派遣使節的建議;不久後謝南多厄號從朝鮮回來,他才明白詹金斯騙了他,朝鮮依然堅持閉關鎖國,便又向國務卿西華德提議對朝鮮進行武力示威。此時正值美國政府換屆,喬治·西華德的提案被擱置下來。1869年,格蘭特就任新一屆美國總統,漢密爾頓·菲什(Hamilton Fish)就任國務卿,鏤斐迪(Frederick F. Low)出任駐華公使。新政府接受了喬治·西華德關於朝鮮問題的主張,在1870年4月20日授予鏤斐迪出使朝鮮的全權資格,並讓美國海軍亞洲艦隊司令約翰·羅傑斯(John Rodgers)少將負責護衛,任務是與朝鮮締結一份遇難船員救助協定,如果條件允許的話可以進一步締結通商條約,因此鏤斐迪被要求同時參考1854年的《美日和親條約》(神奈川條約)和1858年的《美日修好通商條約》,作為與朝鮮訂立條約的藍本。1870年11月,鏤斐迪在北京與羅傑斯、喬治·西華德商量後,決定將遠征朝鮮的出發時間定在1871年5月的上半月。
5月21日,美國艦隊駛入朝鮮西海岸的南陽府海域,並於5月30日在富平府海域的芍藥島(勿淄島)與虎島之間拋錨。在此期間,朝鮮南陽府使申轍求等試圖前往美艦“問情”,但只在途中遇到美國艦隊的附屬船隻,雙方人員因語言不通而各自歸還。鏤斐迪得知後,指示精通漢語的臨時秘書兼翻譯杜德綏(E. B. Drew,對朝鮮稱“英漢文案總辦”)向申轍求致函稱:“此船系由大亞美理駕合眾國即大美國來者,因我國欽差大人(鏤斐迪)與朝鮮國大憲有商辦事件,大約辦妥尚需時日,本船在此海畫一帶停舶,竢事竢約,便回程舟次。”並派附屬船隻將此信遞交再次“問情”的申轍求等。美國艦隊拋錨之際,朝鮮又派了3名義州通事(漢語翻譯)和1名仁川府邑吏來美艦傳達回信,並告知將有3名三品官員來慰問美國人,美方反應尚算友好,向朝方贈送禮物,並在致朝方的回信中預告“擬令隨帶舟只前往上游,試探水勢,以便酌奪大船駛上,並期諭知瀕海居民,勿得驚恐,彼此以禮相待,決無害意,免生事端”。翌日,果然有3名朝鮮官員來訪,經杜德綏用漢語詢問得知他們沒帶委任狀,鏤斐迪嫌他們級別不夠,拒絕接見,表示只接見具有協商許可權的一品官員。同時,美方再度要求朝方在24小時內通知江華海峽沿岸官民不得妨礙美國船隻測量附近海域的活動,這3名朝鮮官員不置可否,被美方看作是默認。
辛未洋擾之後,收拾爛攤子的事落在中國頭上。自“丙寅洋擾”以來,中國清政府就對列強侵略朝鮮採取只調停、不干預的消極方針,力求置身事外,一面強調“朝鮮雖系屬國,一切政教禁令,皆由該國主持,中國向不過問”並拒絕西方國家讓中國對朝鮮行使宗主權以迫使其與西方建交的要求,一面又屢次勸阻西方國家不要勉強朝鮮,因而被後世美國歷史學家泰勒·丹涅特形象地稱之為“占著茅坑不拉屎的政策”(a dog in the Manger-Policy)。
1871年9月10日,清廷禮部收到《歷陳美國兵船滋擾情形咨》,雖然清政府對其中“明降諭旨”這種說辭不以為然,但主持總理衙門的恭親王奕訢還是按朝鮮的請求,在9月23日會見代理公使衛廉士(S. W. Williams),勸美國對朝鮮收手,並提及了朝鮮的咨文。衛廉士稱自己不能做主,並要求中方向美方公開朝鮮咨文全文,總理衙門不給看。
就在朝鮮舉國沉浸在斥和攘夷的狂熱之際,也有極少數清醒的朝鮮人對於這種“勝利”深感憂慮。辛未洋擾期間,朝鮮對中國的咨文和對美國的照會基本上都出自時任藝文提學的朴珪壽之手,代表著大院君政權的立場,可是朴珪壽本人的主張卻與之相反,據說當時他曾對金允植等門人感慨:“吾聞美國在地球諸國中最號公平,善排難解紛,且富甲六洲,無啟疆之欲。彼雖無言,我當先事結交,締固盟約,庶免孤立之患,乃反推而卻之,豈謀國之道乎?”但為迴避“納寇賣國之罪”,不得不違心受命替大院君撰寫這些外交文書。朴珪壽在給弟弟朴瑄壽的信中也提到美國艦隊撤退之際“人皆以為爽快,而吾意則憂虞自此彌深,不知竟當何如也”。持類似觀點還有譯官吳慶錫,他也看過《海國圖志》,卻與金炳學們的結論恰恰相反,力主與美國建交。據說吳慶錫就是辛未洋擾時赴美艦“問情”的朝鮮官員之一,把美方信件傳遞到大院君面前的人也是他,他趁機進言同美國談判締約,但遭大院君斥責而被疏遠。1874年,吳慶錫隨朝鮮使團來華朝貢,秘密拜訪了英國駐華公使館,對使館中文秘書梅輝立(William Frederick Mayers)抱怨當初美國軍隊撤得太早,如果再停留兩個月,大院君肯定會乖乖就範,因此他認為只有外力才能讓朝鮮人開放國門、睜眼看世界,進而請求英國也如法炮製,對朝鮮實施炮艦外交,不過英國人沒有答應。吳慶錫等人通過辛未洋擾認識到無法指望大院君來促成朝鮮的“改革開放”,便發展了金玉均、朴泳孝等一批年輕貴族,向他們宣傳開化思想,所以辛未洋擾也被視為朝鮮開化黨形成的一個契機。