軟科學研究對象是從理論上說軟科學以複雜的社會實踐問題為自己的研究對象。就是說，軟科學研究的對象，總是被意識到了的實踐問題，即主觀要求與客觀狀況之間的差距。軟科學正是為了直接消除這種差距，實現人們的理想狀態而進行研究的。其次，這種問題一般是社會問題，即人們可以通過自己的活動來加以影響和解決的問題。超出人們現實實踐能力範圍的純自然現象，不屬於軟科學對象。例如軟科學不研究海水的潮汐、地球的自轉等。第三，只有達到一定複雜程度，社會問題才成為軟科學對象。能夠由各門社會科學單獨加以研究和解決社會問題，只是各門社會科學的對象;而當它複雜到必須加以多學科跨部門研究時，就成為了軟科學對象。總起來說，軟科學的對象，即人們要求解決並且可能解決的，由於自然規律和社會規律互動作用而形成的複雜的社會實踐問題。
必須明確軟科學與其他學科研究對象的差異。軟科學與自然科學的區別在於：它不象自然科學那樣，在研究中儘可能排斥研究者主觀因素的影響，純客觀地描述自然現象的變化規律，而是把研究者作為決策者納於研究過程中。考察自然規律與決策者主觀要求的關係。也就是說，軟科學研究的對象，不是自然規律本身，而是人們利用自然規律為自己服務的最佳途徑，因此，純粹的自然現象不屬於軟科學研究範圍。軟科學與社會科學的區別有兩點。首先，社會科學雖然研究人們的社會活動，但它與自然科學一樣，以揭示客觀規律為己任，而不直接研究人們利用社會規律的途徑。這與從直接功利為目的出發的軟科學是不同的。其次，每一門社會科學都以特定角度來研究社會生活，以特殊社會規律為自己的研究對象。而軟科學研究卻不限於任何特殊角度，而是從實踐需要出發，對社會現象進行多角度全方位的考察，表現了極大的綜合性和跨學科性。上述兩點就構成了軟科學與社會科學的區別。
那么，是否一切複雜的社會實踐問題都是軟科學的研究對象呢?國內學術界對此尚有爭議。一種認為此議不妥，而主張軟科學應是一門著重研究生產力諸要素的科學，這些因素包括科學、技術、管理、教育、人才、技術經濟等;第二種認為此議亦不妥，而主張軟科學應從巨觀上，從我國的政治、民主、法制以及管理體制的改革中探討國家科技、經濟、社會的發展戰略和有關政策;第三種則認為此議甚妥，強調軟科學既是利用既有條件爭取最佳效益的科學，那么一切複雜的社會實踐問題自然都是軟科學的研究對象。
我們主張以複雜的社會實踐問題為軟科學的研究對象，但不主張一切複雜的社會實踐問題都是軟科學的研究對象。具體地說，我們認為，關於經濟、政治、科技、文化、社會、軍事等領域協調發展中的戰略、規劃、政策、體制、管理等決策的理論和套用問題，是軟科學的主要研究對象。這即是說，決策問題是確定軟科學研究對象的主要標準。
