蘇中區行政公署是蘇中行政委員會逐漸演變過來的。1941年1月“
皖南事變”後,新四軍軍部在鹽城重建,
陳毅代理軍長,
劉少奇為政委。1941年3月1日,
中共中央華中局決定成立蘇中區黨委,蘇中區轄寶應、泰縣、
靖江、南通等14個縣,東瀕黃海,南臨長江,西以
京杭運河為界,北與
鹽阜、
淮海毗鄰,總面積2.3萬平方公里,人口800多萬人,是全國十九塊抗日根據地之一。《蘇中報》是中共蘇中區委機關報。
為了適應新的抗日鬥爭形勢,1941年3月19日,中共中央華中局決定:
抗日根據地實行小省制,劃定東台、興化、寶應以南,黃海以西,長江以北,運河以東為“蘇中區”。全境自西向東劃分為4個行政督察區(通稱“專區”)。第一專區由江都、高郵、寶應3縣組成;第二專區轄泰(縣)東、東台、興化3縣;第三專區轄靖江、泰、泰興、如(皋)西4縣;第四專區轄南通、如皋(今
如東)、海門、啟東4縣。
1941年4月
蘇中軍區成立後,蘇北臨時行政委員會改為蘇中行政委員會,主任為管文蔚,副主任為季方。同年5月1日,蘇中行政委員會改為蘇中區行政公署,管文蔚為主任,季方為副主任。1942年12月後,粟裕、葉飛、陳丕顯先後擔任蘇中區黨委書記,
向明、
周季方、
章蘊先後任組織部長。1945年,管文蔚改任蘇中軍區司令員,季方升任蘇中區行政公署主任,劉季平為副主任。
1944年2月10日,蘇中區黨委、蘇中軍區作出決定,在原
中國人民抗日軍政大學第九分校的基礎上,創建
蘇中公學。由新四軍一師師長、蘇中軍區司令員
粟裕任校長,蘇中行政公署主任管文蔚兼任副校長。1944年春,蘇中區黨委、蘇中行政公署、新四軍一師師部暨蘇中軍區黨政軍領導機關先後從東台遷到寶應辦公後,蘇中區黨委於1945年2月初遷至寶應射陽湖油坊頭一帶,後又遷至寶應廣洋湖鶴兒灣一帶,直至1945年9月1日興化解放後離開寶應。1944年3月16日以後,蘇中區黨委、蘇中行署、新四軍一師師部暨蘇中軍區以及所屬的蘇中黨校、蘇中公學、蘇中報社等20多個單位駐紮在
西安豐境內。