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由來
從15世紀初起，為了尋求黃金與香料，以及找尋傳說中的居住在東方的基督教王約翰及其王國，葡萄牙人在國家政權的推動和支持下，開始了以探索東方航路為主要內容的海外擴張活動。明朝正德九年（1514年），葡萄牙人首次出現在中國南海之濱，歐維士（JorgeAlvares）乘船抵達廣東東莞縣的屯門（現在香港境內）進行香料貿易。
早期來華的葡萄牙人採用暴力手段進行殖民掠奪，不可避免地與明朝政府發生了軍事衝突。16世紀初，明朝軍隊先後在屯門之役、新會西草灣之役和雙嶼港之役打敗葡萄牙人。這使他們認識到中國國力強大，不能輕易用武力征服，因而改用行賄等手段，以求在中國沿海取得立足之地。
歷史記載
“嘉靖三十二年，舶夷趨濠鏡者，託言舟觸風濤縫裂，水濕貢物，願暫借地晾曬。海道副使汪柏行徇賄許之，時僅篷累數十間，後工商牟奸利者，始漸運磚瓦木石為屋，若聚落然。自是諸澳俱廢，濠鏡獨為舶藪矣。”（《廣東通志》卷六九《外志·澳門》）
1572年，葡人通事貢薩爾維斯（PedroCrongalres）前來向海道副使送禮，談及葡人又帶500兩來交納地租。由於當時有其他官員在座，海道副使便說，這筆款是交國庫的，從此開始了葡萄牙人公開向中國政府繳納地租的歷史。澳葡由原來無地租變為每年正式向中國政府繳納地租500兩，是澳門領土屬於中國的明證。葡人從最初直到1848年一直向中國政府繳納地租，正是對中國在澳門的主權的承認。地租銀的形成和規範化，還說明廣東官府在事實上已承認居澳葡人的“租居”地位。
在葡人“租居”澳門的270多年內，明清政府對其採取“建城設官而縣治之”的方針，設定管理澳門的機構和官吏，制訂有關法規，嚴加軍事防範，派遣政府要員巡視，行使中國對澳門的主權。
明朝政府在澳門設有提調、備倭、巡緝等官員，這些官員統稱“守澳官”。澳門的主要行政司法等職能，則由香山縣知縣主管。他對居澳中外居民具有非常廣泛的管轄權。雍正八年（1730年），兩廣總督郝玉麟等奏請設香山縣丞一員，作為分防澳門縣丞。乾隆九年（1744年），清政府將肇慶府同知改設為廣州海防軍民同知，通稱澳門同知，移駐前山寨。至此，以澳門同知為最高實際負責官員，與香山知縣及縣丞互相協調，共同管理澳門事務，構成鴉片戰爭前清政府管治澳門的體制。
稅收管理
在關稅徵收方面，康熙年間，清政府在澳門設立粵海關監督行台，作為粵海關監督巡視澳門駐紮之所。其後澳門作為海關屬下的七處總口之一，下轄關閘、大碼頭、南灣和娘媽閣四小口，居於與省城大關總口同等重要的地位。
明清兩代政府根據澳門各個時期的不同情況，制訂了多個具有法規性質的章程和條例，責成租居澳門的葡萄牙人遵守。在行使司法審判權方面，中外居民之間的糾紛，乃至刑事方面的案件，亦由中國官吏依照中國法律審理裁決，並飭令澳葡當局遵照執行。
1846年9月12日，阿瑪勒上任不到半年，便貼出告示，要求灣泊澳門的船隻到港務局登記，每隻每月納稅1元，即快艇月鈔。根據中國政府管理澳門的規章，澳葡當局根本沒有向居澳華人徵稅的權力，因此，這種措施引起華人船主、艇戶的強烈反抗。阿瑪勒動用武力鎮壓，造成船民8人喪生，20多人重傷。後來澳葡當局對華人鋪戶進行編號、登記，估算實力，命這些鋪戶納稅6元、24元、80元、120元不等。一些華人貼出匿名揭帖，反對澳葡當局逼交稅款。阿瑪勒發出告示，聲稱如果有人膽敢張貼類似的煽動性文字，一旦發現，立刻逮捕，格殺勿論。1848年12月20日，阿瑪勒藉口防止遊手好閒者湧進澳門，命令居澳華人進行戶籍登記，侵奪中國政府對居澳華人的管轄權。
文獻
據葡方文獻記載，地租起源於對海道副使的賄賂，大約在1572年以前10年或12年已經開始。這一年，葡人通事貢薩爾維斯（PedroCrongalres）前來向海道副使送禮，談及葡人又帶500兩來交納地租。由於當時有其他官員在座，海道副使便說，這筆款是交國庫的，要匯寄給提舉。從此這500兩錢款便作為地租交收。
澳葡由原來無地租變為每年正式向中國政府繳納地租500兩，是澳門領土屬於中國的明證。直到1848年，葡人一直向中國政府繳納地租，正是對中國在澳門的主權的承認。地租銀的形成和規範化，還說明廣東官府在事實上已承認居澳葡人的所謂“租居”地位。
在葡人“租居”澳門的270多年內，明清政府對其採取“建城設官而縣治之”的方針，設定管理澳門的機構和官吏，制定有關法規，嚴加軍事防範，派遣政府要員巡視，行使中國對澳門的主權。葡人基本上能夠服從中國政府的管轄，但也有違反中國政府法令的擴張意圖和行動。
1605年前後，居澳葡人通過賄賂守澳官員，並不經過中國高級官員的允準，擅自修築軍事工事。他們先後建成控制南灣的伽思欄炮台和南環炮台，位於媽閣廟附近、控制北灣的小炮台，還在1616年開始修建俗稱大炮台的三巴炮台，並於1622年完成北起大炮台山麓、東抵伽思欄炮台附近海濱的一段城牆。當時澳門面臨其他西方殖民者入侵的危險，確有設防的必要，但葡萄牙人未經允準擅建城牆和炮台，嚴重違反了明朝政府的有關規定。
乾隆四十八年（1783年），葡萄牙殖民大臣卡斯楚（MartinhodeMelcoeCatro）以女王瑪麗亞一世（MariaI）的名義，頒布《王室訓令》，將前此葡人為中國趕走海盜，獲得澳門作為酬勞的謠傳加以發揮，說成是葡人趕走了整個香山地區的海盜，從而占領了澳門，發生爭議的葡人對澳門的主權，建立在征服權利的基礎上，是由葡人流血得來的，指責清政府頒布的《善後事宜條議》完全摧毀了基督教義及葡萄牙王室的主權。這是葡人入據澳門200多年來，葡萄牙政府在澳門問題上對中國主權的第一次公開挑釁。他們顛倒黑白，以“征服者”的姿態，指責中國政府管理澳門的法令侵犯了葡國的“主權”。《王室訓令》頒布後，澳葡當局拒不服從中國政府管理的事例增多，並多次提出改變清政府對澳門的管治體制的要求，但未能得逞。
擴展地界
明末葡人入據澳門以後，長期居住在澳門半島中部的三巴門與水坑尾以南、以澳門舊城牆為界的地區。城牆以北至關閘一帶的土地、澳門四周的水域、青洲島、對面山及凼仔、路環、大、小橫琴等外島，都不屬於澳門葡人居留地的範圍。
清代澳門葡人多次要求擴展地界，均遭到中國政府拒絕。阿瑪勒對其前任的做法不以為然，認為擴展地界完全沒有必要與中國政府商量。他利用澳門華人在船民抗稅事件後餘悸未消之機，擅自決定在三巴門圍牆至關閘之間開闢一條馬路。他認為，馬路一旦修成，葡萄牙人的勢力自然就會隨之延伸，關閘之內的土地毫無疑問就屬於葡人了。1848年，他們便築成了這條馬路。築路過程中，約有700餘座華人墳冢被遷走，未及遷走的一律平毀，有些骨骸暴露，有些屍骨被扔入大海，激起了華人的極大憤慨。當年4月1日，阿瑪勒還下令將圍牆至關閘之間的華人田地全部收歸澳葡當局所有。面對阿瑪勒的挑戰，澳門同知並未採取針鋒相對的行動，關閘內的村民們被迫向澳葡政府換取新的地契。1848年，阿瑪勒多次派人對舊界牆以北的中國村莊“編號、豎界、勒收地租”，每畝約收銀二三元，每屋收租銀不等。從此，澳門半島北部被納入澳葡當局的管治範圍。
1847年5月，阿瑪勒突然通知耆英，將在凼仔修建一座碉堡，用來防禦海盜，並很快派人築成一個供五六名士兵駐紮的碉堡。9月9日，葡萄牙人在碉堡上懸掛了葡萄牙國旗。1848年，澳葡當局命令凼仔港監製定了當地行政管理的第一部規章。葡萄牙人就這樣運用欺騙手段在凼仔建立了據點。
法規管理
除依據法規對居澳葡人實行日常管理外，為防止澳門葡人譁變，明清政府還採取了嚴密的防範措施。萬曆二年（公元1574年），明朝政府在扼守澳門與香山縣咽喉的地方蓮花莖建立關閘。關閘為中國傳統的古城樓建築，中間有一道大門，有中國官兵把守，規定時間開放，以便利彼此間交易。
數百年間明清多位封疆大吏巡閱澳門，傳達了中央政府對在澳葡人的政策，並處理重大問題，顯示了中國政府對澳門主權的擁有。1839年9月3日，欽差大臣林則徐與兩廣總督鄧廷楨巡閱澳門，可以說是明清官員巡閱澳門的高潮。
對澳門的葡萄牙居留地，明清政府在行使中國的管治權的同時，默許葡人有一定的自治權利。居澳葡人在遵守中國法律、接受中國官吏管治的前提下，按照古希臘城邦、西歐中世紀自治城市以及葡屬海外領地自治的傳統，設立具有行政、司法、財政等職能的自治機構議事會，在其管轄的範圍內管理葡人的內部事務，實行葡式的政治法律制度，並由葡萄牙政府和葡屬印度政府核准這種自治權利。
進一步擴張
1887年—1910年是葡人進一步擴張、最終完成對澳門地區的占領的階段。1887年中葡《和好通商條約》簽訂前，葡萄牙基本上實現了對澳門半島、凼仔島和路環島的侵占，但未能完全控制這些地方。1887年以後，澳葡繼續擴張，進一步控制這些地方，並強占了青洲島，完成了對澳門的占領。其占領的區域已大體相當於今日的澳門地區。
1887年中葡條約簽訂以前，葡人已基本上占有了澳門半島，但望廈村村民頑強抗租，不願歸葡人管轄。條約簽訂後，澳葡更急於將望廈納入其管制範圍，連年派人到望廈勒收地租，並趁列強瓜分中國之機，最終於1898年迫使抗交地租達數十年之久的望廈村村民交納地租，從而完成了對整個澳門半島的控制。1905年，澳葡當局平毀塔石等村居民的草房和墳墓。1907年，澳葡為增開馬路，以低價強行收購龍田村30多戶村民的房屋，毒打、驅逐不從者，隨後將這些房屋付之一炬。這表明澳葡對澳門半島北部的占領漸趨穩固。
1910年6月初，新寧縣學生十餘人被海盜擄去，囚禁在路環島上。學生親屬急忙稟告兩廣總督袁樹勛，袁卻因葡人私占路環已久，若派兵前往圍捕，恐生意外交涉，不敢出兵。學生親屬轉而向澳門主教求救。澳葡當局未經中國政府同意即派兵上島緝匪。接連數天“水陸軍艦轟擊路環，如臨大敵，遂致良莠不分，玉石俱焚”，葡軍放火焚毀九澳全鄉，“村民數百家慘遭鋒鏑以死”，他們甚至擊沉避難村民乘坐的漁船。雖然葡軍此役救出一些“肉票”，捕獲“匪徒”450餘名，但同時卻使大批無辜村民慘遭殺害，僅沉船之中就有38人罹難。這就是路環血案。事後，澳葡將島上葡兵從10餘人增至百餘人，完全控制了整個路環島。1910年葡軍攻占路環島，是葡萄牙最終完成對澳門地區占領的標誌。
在完成對澳門地區占領的同時，葡人還不斷挑釁，圖謀占領前山地區、對面山、大小橫琴島等地，但遭到中國政府和中國人民的堅決抵制，最終未能得逞。
