醫院騎士團在耶路撒冷王國擁有7座大的要塞,140多座其它建築。耶路撒冷王國國王鮑德溫四世去世後,當時醫院騎士團的大團長Roger de Moulins反對居伊(Guido von Lusignan)繼任,可惜沒有成功。後來在1187年哈丁之戰中,醫院騎士團也派出主力參戰,由於指揮上的失誤,包括醫院騎士團、聖殿騎士團在內的基督教軍隊幾乎全軍覆沒,醫院騎士團大團長Roger de Moulins戰死。
在歐洲的7年時間裡,耶路撒冷聖約翰醫院騎士團多次遷徙,居無定所。到1530年,奉教皇克雷芒七世和神聖羅馬帝國皇帝查理五世的命令,醫院騎士團來到馬爾他島,每年象徵性地向西西里王國繳納1馬爾他鷹幣作為租金,在島上騎士團建立了馬爾他騎士團國(Sovereign Military Order of Malta,縮寫為S.M.O.M)。
離開了馬爾他島之後,耶路撒冷聖約翰醫院騎士團就此失去了領土,但作為一個組織仍然存在,雖然騎士團在馬爾他島的主權權利透過1802年亞眠條約(Treaty of Amiens)的簽訂而得到英、法等國的承認,但騎士團卻從未被允許回到該島。爾後騎士團於1834年在羅馬重建總部,終於再次穩定下來。騎士團的軍事使命已經完結,此後主要從事慈善事業。
大教長賈科莫·達拉·托雷(Giacomo dalla Torre del Tempio di Sanguinetto)於2018年5月2日當選為第80任馬爾他君主和大教長,並於次日宣誓就任。2020年4月29日去世。葡萄牙人魯伊·佩紹托·德·維拉什·博阿什(Ruy Gonçalo do Valle Peixoto de Villas Boas)成為代理大教長,直至新大教長選出。2020年11月8日,義大利人馬科·盧薩戈(Marco Luzzago)當選為新任代理大教長,任期一年。
首長:大教長(The Prince and Grand Master)由國務委員會選舉出,終身職。大教長必需奉獻自己投入組織事務,並且是全體成員對宗教虔誠信仰的表率,與政務會議同為行政中樞。大教長的行政許可權並不包括公布騎士團憲章、政府令、醫療事務及向教宗報告騎士需求、選舉政務議員、締結國際條約及召開大議會。與騎士團有建立外交關係的國家均承認大教長為騎士團最高領袖,其頭銜是由宗座所贈與的,且羅馬天主教會賦予其樞機主教地位。
事務大臣(The Grand Commander)職責為傳播信念、監督管理各教區之騎士與女爵及向教宗報告騎士團事務,同時也管理總部馬爾他宮周圍之禮拜堂和朝聖事務,也簽署公文和大教長之無法律效力檔案。
外務大臣(The Grand Chancellor)職掌內政及外交,負責對外一切事務及他國或第三團體與政府溝通的中間人。
醫務大臣(The Grand Hospitaller)職掌衛生、社會、人道援助及國際合作事務,是各地修道院、國際分會及其他組織負責人道援助的最高指揮官,並確保天主教受到尊重。
財務大臣(The Receiver of the Common Treasure)職掌財政與預算事務,負責組織與各地分會合作之開銷並監督審計部。財務大臣需向審計部和大教長做經濟、財政和預算報告,並將訊息傳給政務會議,同時也監督組織財產收納、宴請支出及捐獻收入,大教長的禮物也由財務大臣管理,另外騎士團之郵政、居住、科技事務、馬爾他宮和其他財產建築也由財務大臣督導。
行政議會
國務委員會(Council Complete of State)主要是選舉大教長或大教長代理人,根據憲章第二十三條表示,選舉系不記名投票,獲過半票數者即當選。擁有投票權的成員為大教長代理人或過渡期大教長、政務議員、主教、修道院長、法警及兩名代表小型修道院的騎士和十五名國際分會的代表。