《用分子動力學方法研究短多肽的積聚》是依託浙江大學,由唐孝威擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名:用分子動力學方法研究短多肽的積聚
- 依託單位:浙江大學
- 項目負責人:唐孝威
- 項目類別:面上項目
- 負責人職稱:教授
- 申請代碼:C0504
- 研究期限:2009-01-01 至 2011-12-31
- 批准號:30870593
- 支持經費:25(萬元)
《用分子動力學方法研究短多肽的積聚》是依託浙江大學,由唐孝威擔任項目負責人的面上項目。
《用分子動力學方法研究短多肽的積聚》是依託浙江大學,由唐孝威擔任項目負責人的面上項目。項目摘要用分子動力學方法(molecular dynamics, MD)研究短多肽的積聚機制,討論幾種序列的短多肽,KLVFFAE(A...
本項目擬藉助分子動力學模擬,從分子水平研究四種既具代表性,又各具特異性的與蛋白誤摺疊病相關的短多肽的積聚的動力學過程、物理化學機制及細胞毒理學。並設計能區分不同作用力的特異位點來進行胺基酸點突變,從而系統研究不同作用力之間的相互影響,以期初步闡明主導這些過程的分子機制是否具有普適性。主要研究內容為:...
由於納米顆粒較短肽抑制劑能更容易地通過血腦屏障進入人體,納米顆粒調控澱粉樣肽聚集的研究越來越受到人們的關注。然而,由於二者相互作用的複雜性,納米顆粒抑制或促進澱粉樣肽纖維化的微觀機理尚不清楚。本項目擬採用分子動力學、副本交換分子動力學模擬、和實驗方法,以碳納米顆粒(包括碳納米管和富勒烯)和表面修飾...
本課題將用有效搜尋蛋白質構象空間的方法- - Activation Relaxation Technique和並行溫度分子動力學模擬,分別結合簡化的蛋白質模型及全原子蛋白質模型來研究澱粉樣肽的聚集問題。通過分析聚集過程中形成的寡聚體的結構特徵、寡聚體的組裝路徑、澱粉樣纖維的生長模式、胺基酸序列以及溫度對聚集的影響等,來認識和探索澱粉樣...
本項目提出利用分子動力學模擬、自相互作用色譜(SIC)和毛細管電泳研究Aβ自結合作用及其抑制的分子機理的研究構想。首先研究SIC的微型化,以大幅度降低多肽樣品消耗和分析時間;利用SIC和毛細管電泳深入研究Aβ多肽及其變異體的自結合作用和抑制劑的影響,發現Aβ分子中對自結合作用發揮主要作用的胺基酸殘基或殘基組合,...
生物大分子是構成生命的基礎物質。比如:某些多肽和某些脂類物質的分子量並未達到驚人的地步,但其在生命過程中同樣表現出了重要的生理活性。與一般的生物大分子並無二致。生物大分子的複雜結構決定了它們的特殊性質,它們在體內的運動和變化體現著重要的生命功能。如進行新陳代謝供給維持生命需要的能量與物質、傳遞遺傳...
構建基於分子力學力場的靜電頻率轉換模型,將溶劑的作用以靜電勢場的形式投影到多肽分子骨架上,觀測作為結構探針的醯胺-I帶的振動頻率及光譜線型等參數的變化,實現不同極性溶劑中分子光譜的快速預測和結構解析,揭示分子結構動力學行為。研究結果對於理解溶液相中蛋白質空間構型、摺疊機制以及蛋白質功能具有重要的理論價值...
在分子水平上研究蛋白質等生物分子如何控制礦物晶體的成核、組裝和生長將幫助研究者設計具有優異性質的仿生材料。本研究將以多肽和無機碳酸鈣晶體作為模型,發展生物分子與無機晶體相互作用的多尺度模擬方法。我們首先將利用全原子分子動力學(MD)方法在微秒的時間尺度內,深入研究多肽與碳酸鈣的相互作用機理,然後利用在...
“linear”構象特徵明顯;(4)對化合物的構效關係進行了定性和定量研究,獲得了具有預測能力的3D-QSAR模型和指導作用的構效關係規律;(5)首次測試發現AST類似物激活太平洋折翅蠊Dippu-AstR的活性,並採用分子對接、分子動力學方法分析了ASTs及其類似物與受體的結合規律,為進一步設計、發現具有更高活性的多肽模擬物...
《分子動力學模擬研究溶液環境對蛋白質構象的影響》是依託南京師範大學,由衛海燕擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 水在蛋白質結構和功能中扮演著至關重要的角色,蛋白質發揮功能不僅僅是通過改變自身構象和運動性實現,還可以通過影響周圍的溶劑環境實現。研究溶液環境對蛋白質的影響,理解蛋白質與溶液的相互...
表/界面在阿爾茨海默病(Alzheimer’s Disease,AD)病理過程中發揮了重要作用,AD相關多肽Aβ分子的產生、胞內擴散、胞間傳播、細胞內吞及腦內清除等過程都是通過Aβ與細胞膜界面的相互作用來完成的。本項目通過設計與製備不同種類的表界面(如聚合物薄膜、磷脂雙分子層、自組裝單層膜等),系統研究了Aβ在表...
研究這些疾病中澱粉纖維形成的機理是一個熱門的研究領域,而且澱粉纖維是如何形成的並沒有徹底解決。 與此同時,纖維蛋白的聚集機理研究有助於尋找合適的多肽或小分子藥物阻斷纖維的形成,從而阻止相關疾病的發生及發展。本項目將採用GNNQQNY 胺基酸系列的晶體結構以及高溫分子動力學及全原子溶劑模型研究它的聚集機理。...
本項目的研究方法和成果對多肽超分子自組裝調控、過程與機理研究及套用開發具有理論指導意義。結題摘要 本項目以苯丙氨酸二肽及其衍生物為研究對象,針對二肽自組裝材料結構、功能單一的問題,綜合運用化學、化學工程、界面物理等領域的理論知識和實驗方法,通過引入溶劑效應、分子間相互作用以及界面效應等,調控二肽分子...
多肽與siRNA相互作用的研究,將為RNA藥物研發中最棘手的輸運問題的解決提供物理支撐。本項目擬研究四個方面的內容:(1)基於胺基酸殘基對之間的相互作用規律,對已設計自組裝多肽分子進行改進和重新設計;(2)基於全原子分子動力學模擬及AFM等實驗手段對新設計多肽分子自組裝行為的研究;(3)多肽分子與siRNA在生理條...
短桿菌肽因其由短芽孢桿菌(Bacillus brevis)的培養物中提取,又都是多肽類物質而得名。通常是由短芽孢桿菌中提取的一類物質的總稱(如短桿菌肽A,短桿菌肽B,短桿菌肽C,短桿菌肽D,短桿菌肽S等),有時也特指其中之一種,如短桿菌肽A或別的如短桿菌肽S等。理化性質 產品呈白色和淡黃色結晶性粉末。無臭。熔點≥...
申請人擬通過虛擬突變、蛋白質結構預測、蛋白質對接、分子動力學模擬、結合自由能計算及能量分解等分子模擬方法,提供理論設計的抗癌多肽;結合多肽合成和細胞水平的活性、毒性、及對腫瘤細胞的選擇性測定,以期尋找高活性、低毒副作用、擁有自主智慧財產權的抗癌多肽先導化合物。因此,本項目研究是在我們前期研究的基礎上(...
同時運用分子動力學模擬方法研究不同聚合狀態Aβ42寡聚體,包括單體、二聚體、三聚體、四聚體和六聚體,在DPPC膜中的結構和對於DPPC膜的破壞作用。依據不同聚合形式Aβ42二聚體分子的研究,明確Aβ42多肽分子之間的聚合方式,即Aβ42二聚體的四級結構,可以通過改變Aβ42多肽鏈之間的氫鍵形成方式而影響Aβ42多...
利用分子動力學模擬(Molecular Dynamics Simulation)與簡化蛋白質模型和全原子蛋白質模型相結合的方法來研究:1. 蛋白質多肽的摺疊和聚集研究(Protein/peptide folding and aggregation)2.蛋白質和細胞膜的相互作用機理研究( Peptide-membrane interactions)3. 蛋白質和納米顆粒的相互作用機理研究(Protein-nanoparticle ...
2014/06-2017/06雜化模擬理論與方法上海市科學技術委員會 2014/01-2016/12基於澱粉樣多肽片段的生物功能超分子國家自然科學基金 2014/01-2016/12多肽beta-摺疊超分子納米纖維性質預報上海市教育委員會 2014/01-2016/12納米受限聚合物超薄膜的理論模擬研究中央高校基本科研業務費 2013/03-2015/12超分子自組裝納米纖維...
雷博士從1991年就一直從事計算生物學方面的研究。從1991年至1998年。主要貢獻 主攻方向為生物信息學,廣泛學習了蛋白質和核酸的系列分析方面的計算技術, 作為主要參與者開發了國內第一套生物信息軟體包--GOLDKEY。1998年後,研究方向從生物信息學轉為計算結構生物學方面。使用分子力學和分子動力學作為主要的研究方法,...
2009年6月到2013年1月在澳大利亞昆士蘭大學(University of Queensland)著名多肽藥物領域David Craik教授課題組學習,從事芋螺毒素結構藥效學研究,獲藥物化學博士學位。2013年3月到2014年9月,在牛津大學生物化學系Prof. Philip Biggin課題組從事計算機藥物設計與膜蛋白受體的分子動力學模擬的博士後研究。2014年10月起,經...
甲硫氨酸腦啡肽,外文名Methionine enkephalin,用於櫛孔扇貝血細胞在體外的吞噬作用。簡介 :用高溫淬炎分子動力學模擬方法研究了甲硫氨酸-腦啡肽(Met-enkephalin)在真空中的構象性質。經聚類分析和能量最佳化得到了十三低能構象,並與嗎啡進行了空間擬合。模擬結果表明,Met-enkephalin是一種構象柔性大的多肽分子,可...
1986 年9月~1997年1月,為中國人民解放軍軍事醫學科學院研究生、助理研究員、博士 研究生。 1997年1月~2000年1月,為美國國立衛生研究院博士後研究生。2000年1 月始就職於加拿大哈得迅公司擔任高級資料庫分析研究員。定居多倫多市。主要作品 1991年, 與丁振凱等撰寫的《計算機分子動力學輔助設計模擬乙醯膽鹼環肽》...
多維度多肽性質分析及過濾服務可以根據候選多肽分子的二級結構,聚集程度,帶電性,溶解度等進行多維度的分析及過濾。與此同時,還提供分子動力學模擬服務,利用分子動力學模擬或自主研發的基於人工智慧的增強採樣方法。抗體藥物設計 基於AI+物理建模的理念,深勢科技將深度學習深刻得融入了傳統的大分子設計技術當中,開發...
基於人工智慧以及統計建模等領域的最新技術,進行基於分子結構的ADMET預測方法的研究,繼續改進和發展幾種重要但難度較大ADMET性質的預測模型。2. 計算生物學和生物信息學研究:發展基於分子動力學模擬、自由能計算、自由能分解以及統計分析的蛋白質/多肽以及蛋白質/蛋白質相互作用預測方法研究。研究的重點是預測通過蛋白質...
科研人員可以在一個統一的平台上完成從基因到先導化合物設計的一系列工作,並且可以通過web形式共享研究成果。DS目前的主要功能包括:蛋白質的表征(包括蛋白-蛋白相互作用)、同源建模、分子力學計算和分子動力學模擬、基於結構藥物設計工具(包括配體-蛋白質相互作用、全新藥物設計和分子對接)、基於小分子的藥物設計工具...
早期的工作主要是研究液體和電解質溶液的結構、熱力學和動力學行為,得益於最近十年統計力學理論和計算機模擬的重要進展,建立了分子溶液的結構理論,並以此為基礎創立了一個廣泛的分子液體的動力學理論。最近,實現了典型炸藥體系熱分解反應的鈉秒級第一原理模擬,通過量子化從頭算分子動力學模擬精確描述分解反應的全部...