漁業自身污染是漁業養殖生產活動過程中由於缺乏全面規劃和有效管理，盲目圍海造地，養殖密度過大，同時不合理飼料投餵過量等原因造成的水體污染現象。
在養殖生產活動過程中，由於缺乏全面規劃和有效管理，盲目大規模圍海造地、圍墾建池、建造網箱、架設吊養台筏而造成養殖密度過大，遠遠超過河流、湖泊、海洋生態環境的承受能力，加劇了水質惡化，破壞了生態平衡，引發病害。又由於不合理飼料投餵過量產生的殘渣碎屑、養殖對象排泄物以及漁業生產人員的生活排廢污染，魚藥的濫用等等造成特定海域的生態系統的物流和能流循環受阻或紊亂，加劇了水域環境的惡化，同時使得水體中營養元素 (如氮、磷、矽等)有機鹽等積累過多，通過轉化形成過量的浮游植物(如硅藻、藍藻等) 再轉化成浮遊動物。根據生物的食物鏈原理，低等生物只有被高一等的生物(如濾水性瓣鰓綱雙殼類動物)全部消耗，才能達到生態平衡，如果浮游生物不能被全部耗盡，多餘的浮游生物則腐爛分解成有機物(如甲烷)、無機物(如硫化氫等有毒氣體)等，從而引起漁業水域水域富營養化，為赤潮生物提供了適宜的生態環境，是誘發赤潮的根源。
以磷污染為例，1996年以前，國內大部分水產飼料廠家都在飼料中添加磷酸氫鈣，但其利用率只有43%，剩餘由動物隨糞便排入水中，造成污染。
以陽澄湖為例，17萬畝水面中圍網養蟹養魚面積約占總水面積的40%，餌料中大量有機碎屑及排泄物傾瀉湖中，使原來以清澈著名的湖水透明度降到30-40 cm，湖水開始出現渾濁，作為自來水水源的陽澄湖水受到很大的影響。
漁業自身污染更為嚴重的還在於基因污染的潛在威脅。當前養殖所用苗種， 尤其是海水魚類，絕大多數是多代近親繁育，忽視選種，尚未形成人工定向培育，由於環境污染日益惡化，種質受到嚴重損害，已造成越來越嚴重的種質資源紊亂， 許多優良性狀急劇退化。各養殖戶應該加大這方面的學習，便於提高產量和保護環境。在養殖過程中當人工繁育異原群體逃逸或放流，與天然群體雜交，造成種質混交，給天然基因庫帶來了基因污染的潛在威脅，甚至造成優良性狀和純度不可逆轉的破壞，後果不堪構想。基因污染是環境保護的新概念，其深遠的意義在於這是人類對環境的一種預警意識，不能不引起我們的高度重視。
