根據省委決定，江西省移民辦公室為省民政廳管理的副廳級行政機構。
一、主要職能
（一）貫徹執行黨和國家水庫移民工作的方針、政策；研究擬訂全省水庫移民工作的政策法規，並組織實施。
（二）按許可權審核我省新建大中型水庫（水電站）移民安置規劃；按規定管理水庫移民安置經費。
（三）會同有關部門編制水庫移民後期扶持規劃和年度項目計畫；參與編制庫區和移民安置區基礎設施建設和經濟發展規劃；根據批准的規劃和年度項目計畫組織實施大中型水庫移民扶持資金項目。
（四）參與制定全省水庫移民資金使用管理辦法；按規定會同有關部門管理使用水庫移民資金；指導全省水庫移民機構的財務會計工作；會同有關部門對水庫移民資金使用情況進行審計、監督和檢查。
（五）負責全省水庫移民工作幹部的業務培訓和水庫移民生產技術培訓工作。
（六）承辦省委、省政府和省民政廳交辦的其他事項。
二、內設機構
根據上述職責，省移民辦內設5個副處級職能處。
（一）綜合處
協調機關政務，負責辦機關的機構編制、幹部人事、文秘檔案、機要保密、民眾信訪、信息管理、政策研究、培訓教育、法制宣傳和老幹部管理工作。
（二）搬遷安置處
制訂我省有關移民搬遷安置政策；審核我省新建大中型水庫（水電站）移民安置規劃。
（三）財務審計處
參與擬訂全省水庫移民資金管理、監督辦法並組織實施；參與各項年度項目資金計畫的審查工作；負責水庫移民資產的管理和內部審計工作；負責水庫移民資金年度預算編制和機關財務工作；指導全省水庫移民系統財務會計工作。
（四）後扶基金項目管理處
會同有關部門編制《大中型水庫移民後期扶持規劃》，按批准的規劃編制年度項目計畫並組織實施。
（五）庫區基金項目管理處
參與編制《庫區和移民安置區基礎設施建設和經濟發展規劃》；根據批准的規劃編制年度項目計畫並組織實施。
三、人員編制
核定省移民辦機關行政編制24名。
領導職數：主任（副廳級）1名，副主任（正處級）2名；處長（副處級）職數5名，副處長（正科級）職數1名。
四、其他事項
成立江西省移民辦公室機關後勤服務中心，為省移民辦下屬相當於副處級事業單位，核定全額撥款事業編制7名（其中，副處級1名）。該中心主要職責：承擔辦機關後勤服務工作。
