《模式生物分子網路的比較生物學研究》是依託中國科學技術大學,由梁治擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名:模式生物分子網路的比較生物學研究
- 項目類別:青年科學基金項目
- 項目負責人:梁治
- 依託單位:中國科學技術大學
《模式生物分子網路的比較生物學研究》是依託中國科學技術大學,由梁治擔任項目負責人的青年科學基金項目。
《模式生物分子網路的比較生物學研究》是依託中國科學技術大學,由梁治擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要近年來,隨著系統生物學的興起和生物技術的進步,各種模式生物的分子相互作用數據快速積累,這為我們從分子網路水平系統...
PathwayStudio生物通路可視化軟體,是一款商業化生物信息學軟體。它能夠以不同模式繪製和分析生物通路,並且可以利用隨帶的MedScan軟體通過公開發表的文獻古建基於生物通路網路。六、GeneGO軟體及資料庫 GeneGO是系統生物學中的數據挖掘套用提供化學信息學和生物信息學軟體解決方案的供應商。中主要產品包括MetaBase、MetaCore、...
《生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究》是依託西安電子科技大學,由高琳擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 在後基因組時代,細胞中分子之間相互作用形成的網路對於生命現象的解釋以及藥物的研製占有主導地位。針對目前不斷產生的大規模高通量的生物分子網路數據,面臨的挑戰是:如何分析這些數據,以獲取生物體...
在人口與健康領域套用最廣的模式生物包括,噬菌體、大腸桿菌、釀酒酵母、秀麗隱桿線蟲、海膽、果蠅、斑馬魚、爪蟾和小鼠。在植物學研究中比較常用的有,擬南芥、水稻等。隨著生命科學研究的發展,還會有新的物種被人們用來作為模式生物。但它們會有一些基本共同點:(1)有利於回答研究者關注的問題,能夠代表生物界的某...
比較和分析動態網路的拓撲特性分析和各種模式挖掘模型和方法,側重於生物網路相關的動態功能模組和模式演化問題,指出存在的問題和挑戰,分析未來的研究方向。 (4)複雜疾病分子標記物識別 疾病的發生和發展是一個複雜的過程,涉及到遺傳變異和環境影響。疾病標記物是病理過程的生物特徵,可以幫助人們進行準確的診療從而給...
《生物分子網路分析系統的建立及其網路模組化挖掘》是依託復旦大學,由鐘凡擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 本研究旨在通過海量定量組學數據尋找生物分子網路中的基元功能模組。通過建立整合的生物分子網路分析系統,實現各種生物分子作用的統一整合和標準化存取,以網路為將節點分子信息串接,並將各種分析方法以...
《生物分子網路的構建和分析》是2012年科學出版社,作者是劉曾榮。內容簡介 本書以系統的觀點看待生物系統,把生物系統作為一個多尺度的動態的複雜系統,因而在研究中除了正常的生物學知識外,還需要圖論(網路)、控制論以及動力系統理論。本書結合生物問題,介紹了與系統生物學有關的各種知識。目錄 《非線性動力學叢書...
《疾病生物分子網路的系統建模與調控機理研究》是依託清華大學,由李梢擔任項目負責人的重點項目。項目摘要 從生物分子網路的角度理解人類疾病的內在機理是當今生物信息學與系統生物學領域的前沿與熱點,也是現代醫學生命科學的重大需求。本項目旨在通過研究疾病生物分子網路的系統構建、調控機理分析、功能模組辨識、多靶標...
本項目針對與複雜網路結構特徵相關的一系列最佳化問題開展研究。具體包括對複雜網路的生成和重建、複雜網路進化和比較、複雜網路中特定模式子網路識別、複雜網路模組或社團結構探測等問題。這些問題的數學模型均歸結為運籌學中的組合最佳化問題、整數規劃問題、非線性規劃問題和隨機最佳化模型,本項目將對這些大部分屬於NP難的問題...
6.5 蛋白質組學研究展望 參考文獻 第7章 生物分子網路研究 7.1 生物網路概述 7.2 生物網路分類介紹 7.2.1 蛋白質相互作用網路 7.2.2 代謝網路 7.2.3 信號轉導網路 7.2.4 基因表達調控網路 7.2.5 4種生物網路的比較 7.3 生物網路的屬性分析 7.3.1 單個結點的屬性 7.3.2 子網路 7.3.3 ...
基因組序列的大量信息為研究基因功能及其表達調控、胚胎髮育和人類疾病的分子機制提供了條件基礎和技術手段。運用現有的基因組序列和生物信息學分析,發展新型的基因組改造方法,並在隨機或定向突變的基礎上,在整體動物表型水平進行分析,是最流行和有效的功能基因組研究手段,而比較基因組學、發育生物學、醫學遺傳學等...
該研究包含三方面內容:(1)理論上研究具有高維度,多時間尺度等性質的動力系統的分支問題;(2)以分支理論為基礎,開展以生物分子網路為代表的套用研究,尤其以細胞分化,生物節律,以及適應性為主,對其進行建模與分支分析,從而揭示其生物物理機制;(3) 結合分支理論與生物分子網路的合成生物學研究。該研究反映了非線性科學...
我們擬採用理論建模為主, 結合必要的數值模擬的研究方式發展和完善生物纖維網路的理論和計算模型, 建立交聯分子的分離與再鍵合以及聚合物熱波動的理論描述, 探討纖維網路的結構和構成對其性能的定量調控; 在實驗上, 體外形成的微絲網路在不同變形模式下力學行為將會被精確測量並與理論和模擬的預測進行全面的比較。...
本項目針對人類iPSC在分子層面開展生物信息學研究。將分析基因晶片和深度測序等組學技術針對iPSC產生的,包括基因表達、表觀遺傳和分子相互作用在內的,大量高通量數據,比較iPSC與胚胎幹細胞異同,提出iPSC的高通量數據鑑定方法。進一步發展新方法集成上述異源、多層次數據,構建iPSC的動態生物分子網路模型,分析其功能模組和...
基因表達調控的進化是生物物種進化的重要驅動力,ENCODE計畫和高通量測序技術的不斷發展,使得轉錄因子調控網路的重建成為分子生物學和分子醫學研究的熱點。目前對轉錄調控網路進化的研究多集中於不同物種間調控網路的比較分析,鮮有從轉錄因子基因家族角度進行系統研究。本課題利用生物信息學和分子進化的方法,研究人類轉錄...
加州大學生物學和物理學教授埃羅維茨等人研究出另外一種線路:當某種特殊蛋白質含量發生變化時,細胞能在發光狀態和非發光狀態之間轉換,起到有機振盪器的作用,打開了利用生物分子進行計算的大門。讓·維斯和加州理工學院化學工程師阿諾爾一起,採用“定向進化”的方法,精細調整研製線路,將基因網路插入細胞內,有選擇...
生物信息學的發展大致經歷了3個階段:前基因組時代:標誌性工作包括生物資料庫的建立、檢索工具的開發以及DNA和蛋白質序列分析;基因組時代:標誌性工作包括基因尋找和識別、網路資料庫系統的建立和互動界面的開發;後基因組時代:標誌是大規模基因組分析、蛋白質組分析以及各種數據的比較和整合。1998年7月6日,教育部...
網路藥理學的發展可追溯至20 世紀90年代,我國學者李梢為突破當前以“單靶標”為特點的還原論研究模式的局限,開始了一系列網路藥理學的開拓性探索:1999年在中國科協首屆學術年會上率先提出中醫藥和生物分子網路之間存在關聯的假說;2002 年提出中藥方劑的作用機制可能在於對複雜疾病的功能基因網路的影響,從而發揮“多因...
2.8生物大分子結構的測定………74 2.8.1 X射線衍射結構分析……….………74 2.8.2核磁共振結構分析………76 2.9分子生物學工具………77 問題與練習………79 參考文獻………79 第3章序列比較………81 3.1序列的相似性………81 3.1.1字母表和序列………82 3.1.2 編輯距離………83 3...
在方法論研究中,我們將根據實際問題和數據結構的特點在最最佳化建模中強調凸性和正則化項,以保證複雜生物問題的簡化以及求解算法的高效。本項目的研究不僅可以為生物學家提供可靠的方法論和實用高效的工具軟體,而且可以推動最最佳化理論和算法與生物分子網路和數據集成的交叉研究,加快國內系統生物學這一新興交叉學科的發展...
本書可作為對生物信息學感興趣的學生和剛接觸生物信息學領域的研究人員的參考書,也可以為計算機領域的研究人員補充生物學的相關知識。圖書目錄 第1章生物信息學引論 1 1.1生物信息學的產生和發展 3 1.2生物信息學的研究內容 6 1.2.1生物分子資料庫 7 1.2.2序列對比 11 1.2.3基因表達數據的分析 11 1....
另一方面,人們在研究人工智慧的同時,借鑑生物界的各種處理問題的方式,即所謂生物算法,提出了一些生物計算機的模型,部分模型已經解決了一些經典計算機難以解決的問題。 生物計算機目前主要有以下幾類:1. 生物分子或超分子晶片:立足於傳統計算機模式,從尋找高效、體微的電子信息載體及信息傳遞體入手,目前已對生物...
現在,基於全部基因都將知曉,並以電子可操作的方式駐留在資料庫中,新的生物學研究模式的出發點應是理論的。一個科學家將從理論推測出發,然後再回到實驗中去,追蹤或驗證這些理論假設”。生物信息學的主要研究方向:基因組學 - 蛋白質組學 - 系統生物學 - 比較基因組學,1989年在美國舉辦生物化學系統論與生物...
本項目旨在利用大規模EST測序技術、比較基因組學和生物信息學的方法和手段,克隆和篩選出中國文昌魚免疫相關基因,從基因水平上描述文昌魚的免疫系統的分子組成。通過與其他高等模式生物的比較研究,如與斑馬魚、老鼠、人等,初步研究文昌魚免疫系統的進化與起源以及免疫網路系統的中各種因素之間的複雜調控關係,為從根本上...
國家自然科學基金青年基金項目:有向生物網路中可控性相關子圖模式發現算法研究,No.61303122,2014.1 - 2016.12 主持人 中央高校基本科研業務費資助項目:生物分子網路中有向子圖模式挖掘算法研究,No.XJS14027,2014.9-2016.9 主持人 國家自然科學基金重點項目:生物網路數據分析與挖掘中相關理論與關鍵技術,No....
有關論文發表於IET Systems Biology、Scientific Reports等刊物,被荷蘭萊登大學Greef教授在Nature介紹亞洲傳統醫學的增刊上評價為“較早開展的中醫藥系統生物學研究,提示中醫藥能成為個體化醫學的動力”。在上述研究基礎上,李梢課題組還率先開展了中藥網路藥理學研究,以病證生物分子網路為靶標,闡釋了六味地黃方、清絡...