《生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究》是依託西安電子科技大學,由高琳擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名:生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究
- 項目類別:面上項目
- 項目負責人:高琳
- 依託單位:西安電子科技大學
- 支持經費:22(萬元)
- 研究期限:2006-01-01 至 2008-12-31
- 負責人職稱:教授
- 申請代碼:F0603
- 批准號:60574039
《生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究》是依託西安電子科技大學,由高琳擔任項目負責人的面上項目。
《生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究》是依託西安電子科技大學,由高琳擔任項目負責人的面上項目。中文摘要在後基因組時代,細胞中分子之間相互作用形成的網路對於生命現象的解釋以及藥物的研製占有主導地位。針對目前不斷產...
同時,探索大規模圖數據的計算模型和基礎算法。主要研究內容包括: (1)分子網路拓撲結構分析 生物分子網路具有很大的噪聲,預測網路中節點的連線關係可以構建更可靠的網路,開發一個R包預測蛋白質相互作用網路中的相互作用。網路模體與模組結構是生物分子網路的基本構造塊和重要功能單元,提出一種機率網路模體發現算法...
第三章 大規模網路化數據的處理方法 3.1 圖問題概論 3.2 圖問題的研究領域及算法 3.2.1 圖的基本分析 3.2.2 圖的匹配 3.2.3 圖數據中的關鍵字查詢 3.2.4 頻繁模式挖掘 3.2.5 圖的聚類 3.2.6 圖的分類 3.2.7 社交網路分析 3.3 圖分析的發展——大數據 時代的到來 3.4 ...
《基於粒計算理論的生物網路結構建模、分析與算法研究》國家自然科學基金面上項目(編號:11371174),2014.1-2017.12,62萬,主持人:唐旭清,在研;《地下水動力學模型分析和模擬與仿真試驗研究》科技部國際科技合作重點項目“地下大型空間建造與周邊環境監測和控制技術及裝備引進(編號:2011DFR70500)子課題,2012.1...
本研究旨在通過海量定量組學數據尋找生物分子網路中的基元功能模組。通過建立整合的生物分子網路分析系統,實現各種生物分子作用的統一整合和標準化存取,以網路為將節點分子信息串接,並將各種分析方法以外掛程式形式整合入分析系統,實現數據和分析方法上的雙重通量化。在該分析系統中利用矩陣算法和特定序參量開發出生物分子網路...
專業基礎核心課程:普通生物學(1)、生物化學(2)、細胞生物學(3)、遺傳學(4)、算法與數據結構(5)、資料庫基礎(6)。專業核心課程:生物信息學導論(7)、生物統計學(8)、基因組分析(9)、大數據挖掘(10)等。理論課程 知識體系 1、通識類知識 除國家規定的教學內容外,人文社會科學、外語、計算...
本項目以單體型問題表示模型和基本算法研究為基礎,重點發展基於塊結構的算法和基於圖論方法的算法,解決生物序列分析中的一些關鍵計算技術問題。 通過三年的項目執行,我們已取得一些代表性的工作和成果:①對於單體型表示模型和推導算法,提出了以圖論方法為基礎的網路流模型和其上的一個啟發式推導算法FNphasing,該模...
《生物分子網路的構建和分析》是2012年科學出版社,作者是劉曾榮。內容簡介 本書以系統的觀點看待生物系統,把生物系統作為一個多尺度的動態的複雜系統,因而在研究中除了正常的生物學知識外,還需要圖論(網路)、控制論以及動力系統理論。本書結合生物問題,介紹了與系統生物學有關的各種知識。目錄 《非線性動力學叢書...
《生物信息學(第2版)》教材仍堅持“三基”、“五性”原則,並力求在內容和形式上有所創新。使教材具備相對系統、全面的生物信息學知識體系;突出實用性,以臨床實際問題作為編寫出發點;簡化算法流程,突出套用軟體和網路資源;貼合前沿技術、方法,增加國內外研究熱點知識;主要培養長學制學生運用生物信息學方法解決...
生物多樣性信息學指利用信息技術, 對生物有機體基礎數據的管理和算法的探究、分析和解釋,尤其是在物種水平上的套用。它涉及到對信息的收集、存儲、提交、檢索和分析,主要關注單個有機體、居群和分類群以及它們的相互關係,其內容覆蓋了系統學、進化生物學、居群生物學、行為科學,以及從傳粉生物學到寄生病學和植物...
從生物分子網路的角度理解人類疾病的內在機理是當今生物信息學與系統生物學領域的前沿與熱點,也是現代醫學生命科學的重大需求。本項目旨在通過研究疾病生物分子網路的系統構建、調控機理分析、功能模組辨識、多靶標藥物干預等關鍵問題,建立一套疾病生物分子網路系統分析的方法與理論。並以血管新生這一重要病理生理過程為範例...
研究方向 生物信息學中的最佳化模型與算法;複雜網路理論及其在系統生物學中的套用;基因調控網路、蛋白質網路、代謝網路和其他分子生物網路的研究;複雜疾病與生物進化的基因組分析;蛋白質結構與功能研究;複雜疾病的計算系統生物學研究;生物醫學統計和臨床試驗設計;統計遺傳學;分子模擬與分子動力學。發展歷史 為了抓住...
針對複雜網路的社團結構,提出了組合最佳化模型,並進行了複雜性分析,研究了一系列複雜網路社團結構的重要性質刻畫與分析方法,建立了動態網路、有向網路以及基於邊的複雜網路社團結構識別和劃分算法。研究了複雜網路中的其他最佳化問題,包括網路比對算法、網路構建算法、基於網路的多源數據整合分析方法、生物分子網路標誌物識別...
本項目將建立多模態成像算法信息融合的統計理論,改進原有的多模態成像系統的性能,並將為更廣范的信息融合模式研究提供基礎。本項目的研究成果不僅能解決多模態分子成像技術中的關鍵問題,也為我國多模態分子影像設備的研發打下基礎。結題摘要 在本項目的支持下,我們開闢了一個拓撲和幾何方法在多媒體數據分析中的套用...
三、研究方向 稠密的介質中自陷態非線性模型的研究;生物分子系統動力學仿真;激發波的漸近方法和數值模擬研究;動力系統分析方法;植被生物多樣性的評估方法;描述系統對稱性與微分方程;泛函微分方程的分岔問題;腦結構信息處理的神經網路模型;神經網路的數學套用;基因組序列研究計畫和算法;編碼區和同質化識別;生物...
從生物信息學研究的具體內容上看,生物信息學應包括這3個主要部分:⑴新算法和統計學方法研究;⑵各類數據的分析和解釋;⑶研製有效利用和管理數據新工具。生物信息學是一門利用計算機技術研究生物系統之規律的學科。生物信息學基本上只是分子生物學與信息技術(尤其是網際網路技術)的結合體。生物信息學的研究材料和結果...
隨著信息化程度的不斷提高,社會網路規模越來越龐大,獲得網路的全局信息變得十分困難,而且這些社區發現算法在海量社會網路數據下顯得非常低效。另一方面,社會網路通常是稀疏的,絕大多數個體與外界的直接聯繫都是有限的,而很多研究和套用都只關心某些節點所在的局部結構。甚於這些考慮,局部社區的概念被提出,相關問題...
(二) 基因表達的信息學:大規模基因功能表達譜的分析 (三) 生物大分子的三維結構信息:蛋白質結構模擬與分子設計 (四) 代謝和疾病發生途徑的信息 四、生物信息學的信息學內涵 (一) 生物信息數據庫 (二) 分析工具的發展 五、生物信息學的套用與發展研究 (一) 與疾病相關的基因信息及相關算法和軟體...
本書主要針對生物信息學中的典型套用,從計算方法角度介紹相關算法的原理及套用;內容分成生物學及數理基礎、生物序列分析、蛋白質組學分析以及大規模生物學網路分析等四個專題,涉及生物分子序列分析、基因發現、分子進化分析、蛋白質結構預測、蛋白質肽測序、生物學網路模組劃分等具體問題的求解原理及算法實現。本書的...
第三節 互聯網上可用的生物信息資源18 一、生物信息網上資源簡介18 二、基因組數據庫19 三、核酸序列資料庫21 四、蛋白質序列資料庫28 五、蛋白質結構資料庫37 六、二次資料庫43 七、重要網上資源的地址48 參考文獻49 第二章 智慧型化算法50 第一節 什麼是智慧型化算法50 一、問題的提法50 二、程式化算法52 ...
探究寒熱辨證的系統生物特性。主要內容包括寒、熱證四診、生物學表征多層次信息挖掘,構建寒、熱證相關生物分子文獻挖掘網路;從異病同證角度,通過融合寒、熱證多種典型疾病的大規模組學數據,最佳化寒、熱證分子網路;基於蛋白、基因等相互作用的寒熱證分子網路分析;寒、熱證分子網路的性質分析,網 ...
6.2 蛋白質工程分子設計簡介 209 6.2.1 分子設計的基本條件 210 6.2.2 分子設計的基本方法 211 6.2.3 基於遺傳算法的分子設計 212 6.3 蛋白質結構預測和分子設計的研究進展 214 主要參考文獻 222 第七章 基因組信息學 224 7.1 概論 224 7.1.1 問題的提出 224 7.1.2 發展歷程 225 7.1.3 HGP...
高琳 郭杏莉 孫鵬崗 魚亮 王炳波 馬小科 覃桂敏 鄧岳 王璵,生物網路數據分析與挖掘中相關理論與關鍵技術,2014年西安電子科技大學優秀科研成果獎 一等獎 高琳 張軍英 覃桂敏 魚亮 郭杏莉 , 生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究, 2010年西安電子科技大學優秀科研成果獎 一等獎 ...
3. 國家自然科學基金面上項目“生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究”(已結題)。4高等學校博士學科點專項科研基金“基於圖挖掘的蛋白質網路功能模組識別算法”(已結題)。論文:[1] Guimin Qin, Lin Gao. Spectral Clustering for Detecting Protein Complexes in PPI Networks. Mathematical and Computer...
10.國家自然科學基金資助項目:生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究 主要參與人 11.國家自然科學基金資助項目:協同學習模式下流數據的聚類與預測聯合實現方法研究 主要參與人 學術論文 魚亮,趙晉.基於組織特異性和直接鄰居相似度方法預測疾病-藥物關係.中國科學:信息科學;Liang Yu, Shunyu Yao, Lin Gao, ...
[1] 國家自然科學基金資助項目, 生物分子網路數據分析中相關圖問題及其算法研究 (60574039) 2006.1~2008.12 項目負責人,正在進行 [2] 國家自然科學基金資助項目,基於自裝配的分子計算模型及算法研究 (30470414) 2005.1~2005.12 , 項目負責人,正在進行 [3] 國家高技術研究發展計畫(863)子項目,基於IP...
65.屠康,喻輝,郭政,李霞.GO功能類與基因差異表達的關聯規則挖掘算法.生物化學與生物物理進展.(已接受)64.高廣信,李霞,郭政.遺傳異質性問題的統計方法與程式,中國衛生統計2001,18(3),169.63李霞郭政何穎,人類與醫學遺傳學群體與家系資料分析計算機系統的功能與選單結構(II) 中國優生與遺傳雜誌1997;5(...
衛生信息分析方法 相應的計算機算法在生物醫學中的套用,例如基於人工神經網路算法的臨床決策支持系統 評估類分析及其套用,用於評估新型治療方法是否由於傳統治療方法,最為常見的手段為成本效益分析(Cost-Effectiveness analysis)關係類分析及其套用 數據標準 信息技術在醫療機構正日益受到重視,並得到廣泛套用。如何利用信息...
基於實驗室在可視化方面的研究基礎,我們將重點開展以下四方面的交叉研究:(1) 生物醫學領域的信息處理和可視分析。重點研究生物分子結構的可視分析,適用於海量數據的信息可視化基礎算法,基於OMICS生物數據的生物標誌物檢測的可視分析,基於擴散張量成像(DTI)的心、腦功能的可視分析,傳統醫學圖象的可視分析等。(2)...