《生物信息學》是2015年人民衛生出版社出版的圖書，作者是李霞、雷健波。
基本介紹
- 中文名：生物信息學
- 作者：李霞、雷健波
- 出版時間：2015年
- 出版社：人民衛生出版社
- ISBN：9787117204538
內容簡介,圖書目錄,作者簡介,
內容簡介
《生物信息學（第2版）》教材仍堅持“三基”、“五性”原則，並力求在內容和形式上有所創新。使教材具備相對系統、全面的生物信息學知識體系；突出實用性，以臨床實際問題作為編寫出發點；簡化算法流程，突出套用軟體和網路資源；貼合前沿技術、方法，增加國內外研究熱點知識；主要培養長學制學生運用生物信息學方法解決臨床問題、進行科研設計的能力。
《生物信息學（第2版）》精簡基礎內容，合併上一版內容相近或有較大關聯的章節；結合實際套用，增加前沿新知識、新技術章節。全書共分為三篇十五章。第一篇生物信息學基礎，含DNA、RNA和蛋白質序列信息資源、序列比對、序列特徵分析、分子進化分析、基因晶片數據分析五章，均系生物醫學相關領域發展過程中形成的基礎生物信息數據及分析方法，合併第一版“雙序列比對”、“多序列比對”兩章為“序列比對”，合併“序列特徵分析”、“表達序列分析”兩章為“序列特徵分析”；第二篇功能基因組信息學，含蛋白質組與蛋白質結構分析、基因注釋與功能分類、轉錄調控的信息學分析、生物分子網路與通路和計算表觀遺傳學五章，均系功能基因組研究中頗具特色的生物信息學方法，合併第一版“蛋白質分析與蛋白質組學”、“蛋白質結構分析”兩章為“蛋白質組與蛋白質結構分析”；第三篇生物信息學與人類複雜疾病，含複雜疾病的分子特徵與計算分析、非編碼RNA與複雜疾病、新一代測序技術與複雜疾病、藥物生物信息學、生物信息學相關學科進展五章，均系近年發展起來的與複雜疾病有關的重要生物信息學方法，新增非編碼RNA與複雜疾病的生物信息學研究、新一代測序、“組學”研究等前沿熱點。
圖書目錄
緒論
第一節 生物信息學的興起
第二節 生物信息學的內涵及其在生命科學中的套用
一、生物信息學的內涵
二、生物信息學在現代生物醫學中的套用
第三節 大數據時代的生物信息學與醫學
一、人類基因組計畫
二、組學與生物信息學
三、大數據時代的生物信息學與醫學
第一篇 生物信息學基礎
第一章 生物序列資源
第一節 引言
第二節 NCBI資料庫與數據資源
一、NCBI序列資料庫概述
二、NCBI中的重要子庫介紹
第三節 UCSC基因組瀏覽器與數據資源
一、UCSC概述
二、UCSC基因組瀏覽器
三、UCSC中的數據資源和常用工具
第四節 EMBL-EBI資料庫與數據資源
一、EMBL-EBI資料庫概況
二、EMBL基因組和核酸序列資源
三、UniProt蛋白質數據資源
四、Biomart數據檢索平台
第五節 重要的非編碼基因資料庫
一、ENCODE資料庫與數據資源
二、microRNA數據資源miRBase
小結
第二章 序列比對
第一節 引言
一、同源、相似與距離
二、相似與距離的定量描述
三、算法實現的比對
四、序列比對的作用
第二節 比對算法概要
一、替換計分矩陣
二、雙序列全局比對
三、雙序列局部比對
四、多序列全局比對
五、多序列局部比對
六、比對的統計顯著性
第三節 資料庫搜尋
一、經典BLAST
二、衍生BLAST
三、BLAT
四、RNA序列搜尋
五、資料庫搜尋的統計顯著性
第四節 比對軟體、參數與數據資源
一、參數選擇的一般原則
二、主要比對軟體
三、EBI中的序列比對工具
四、UCSC中的BLAT比對工具
第五節 比對技術的發展
—、glocal比對
二、全基因組比對
小結
……
第三章 序列特徵分析
第四章 分子進化分析
第五章 基因表達數據分析
第二篇 功能基因組信息學
第六章 蛋白質組與蛋白質結構分析
第七章 基因注釋與功能分類
第八章 轉錄調控的信息學分析
第九章 生物分子網路與通路
第十章 計算表觀遺傳學
第三篇 生物信息學與人類複雜疾病
第十一章 複雜疾病的分子特徵與計算分析
第十二章 非編碼RNA與複雜疾病
第十三章 新一代測序技術與複雜疾病
第十四章 藥物生物信息學
第十五章 生物信息學相關學科進展
中英文名詞對照索引
英中文名詞對照索引
致謝
作者簡介
李霞，博士、教授、博士研究生導師，哈爾濱醫科大學生物信息科學與技術學院院長，龍江學者特聘教授，北京“百千萬人才工程”入選者，享受國務院特殊津貼。從事生物信息學、計算系統生物學等本科、研究生教學工作30餘年，主持創建的我國領先生物信息學人才培養和教育教學體系成為全國生物信息學教育模板，培養了大批既具有紮實生物醫藥知識，又具有很強理工科學思維和實踐能力的現代緊缺人才，為推動我國生物醫學教育和科技發展做出了突出貢獻，先後獲得黑龍江省教學名師、優秀中青年專家、優秀科技工作者、優秀共產黨員等榮譽稱號。 李霞教授是我國重大疾病生物信息學與計算系統生物學研究的開創者之一，在複雜疾病治療靶標與風險標誌物篩選、重大疾病通路重構與子網識別、非編碼基因（RNA）介導的疾病發生機理研究、新一代測序技術與複雜疾病分析、面向轉化醫學的重大疾病分析平台構建等領域做出了開創性的研究工作，科研成果處於國內前列。主持國家863課題、973課題、國家自然科學基金重大研究計畫等國家級課題15項，於國際著名學術期刊發表高水平SCI論文130餘篇，榮獲中華醫學科技獎、黑龍江省政府科技獎、中國女醫師協會基礎醫學科技獎等科研獎勵20餘項。
雷健波，美國生物醫學信息學博士。華西醫科大學臨床醫學畢業，原北京協和醫院臨床醫生，獲美國哥倫比亞大學工程學院計算機碩士（M.S）和醫學院生物醫學信息學碩士（M.A.），美國德州大學醫學部生物醫學信息學博士（PhD），現任北京大學醫學信息學中心副教授，碩士生導師。 獨特的國內外跨學科（臨床，計算機，醫學信息學）的學習、研究和工作背景，主持過國內新一代電子病歷（EMR），醫院信息系統（HIS），臨床路徑（CP）的開發，以及用於新藥創製的國家級臨床和標本資源庫的建設等。2010年4月以人才引進到北京大學，創立北京大學醫學信息學中心，任代主任，常務副主任，負責創建新學科“醫學信息學”。主要的研究領域包括：電子病歷系統和個人健康檔案、臨床決策支持、醫學自然語言處理、移動醫療、健康信息搜尋和消費者健康信息學、移動醫療、醫療衛生大數據、醫療信息系統易用性等。 現任歐美同學會留美分會副會長，中國衛生信息學會衛生信息學教育專業委員會副主委，全國高等醫藥教材建設研究會“十二五”規劃本科教材《衛生信息學概論》主編等。
