戰略性先導科技專項是中國科學院在中國至2050年科技發展路線圖戰略研究基礎上，瞄準事關我國全局和長遠發展的重大科技問題提出的，集科技攻關、隊伍和平台建設於一體，能夠形成重大創新突破和集群優勢的戰略行動計畫。是“創新2020”的重要組成部分，分為前瞻戰略科技專項(A類)和基礎與交叉前沿方向布局(B類)兩類。
2010年發展進程,2011年發展進程,2012年發展進程,
2010年發展進程
2010年3月31日，國務院第105次常務會議審議了我院關於知識創新工程2020跨越發展的匯報，決定繼續深入實施知識創新工程，這標誌著我院進入以整體跨越為奮鬥目標的嶄新發展階段。全院深入學習貫徹國務院常務會議精神，科學謀劃，系統評估，紮實推進，高質量完成創新三期目標任務，“創新2020”啟動實施取得重大進展。戰略性先導科技專項建設取得實質性進展，建立了先導專項策劃、論證、立項、管理、評估驗收的完整程式和規範。組織數百名科技與管理專家多次深入研討，首批推進的8個先導專項科技目標和技術路線更加清晰，與國家科技計畫更相銜接，組織管理體制機制更加明確。組織諮詢評議和論證，廣泛聽取國家有關部門領導、院內外戰略科技專家和管理專家意見，國家有關部門和專家們充分肯定了實施戰略性先導科技專項的重大意義，一致認為首批推進的8個先導專項都具有戰略性、基礎性、前瞻性和先導性，中國科學院完全有基礎、有能力、有條件組織實施好戰略性先導科技專項。B類先導專項國家數學與交叉科學中心正式成立，未來先進核裂變能、空間科學、幹細胞與再生醫學研究、應對氣候變化的碳收支認證及相關問題等4個A類先導專項正式立項。面向感知中國的新一代信息技術研究、低階煤清潔高效梯級利用關鍵技術與示範、深部資源探測核心技術研發與套用示範3個A類先導專項預啟動。
2011年發展進程
2011，中科院認真抓好戰略性先導科技專項的組織策劃與管理。制定先導專項管理辦法和若干管理細則，建立策劃立項、過程管理、評估、經費和人員管理等制度體系。進一步明晰A類和B類先導專項各自的定位與重點，建立健全適合各自特點的組織管理模式。已立項的4個A類先導專項經費納入財政預算。3個預研的A類先導專項已完成實施方案制定和經費預算評審。組織策劃11個新的B類先導專項，進行國家層面的諮詢論證，確定一批候選項目。認真抓好已啟動先導專項實施。幹細胞與再生醫學研究先導專項，在幹細胞基礎前沿理論、體細胞重編程技術、組織工程修復產品和幹細胞臨床套用標準等方面取得重要進展。未來先進核裂變能先導專項，完成ADS加速器子系統物理方案等的初步設計和部分關鍵部件樣機，形成2兆瓦釷基熔鹽堆的初步設計草案。空間科學先導專項，成立國家空間科學中心，完成硬X射線調製望遠鏡衛星工程立項，啟動量子科學實驗衛星、暗物質粒子探測衛星的工程研製。應對氣候變化的碳收支認證及相關問題先導專項，在樣品和數據採集與分析、氣溶膠、觀測網路建設、模式構建等方面取得重要進展。國家數學與交叉科學中心，形成跨所、跨部門的研究隊伍，多學科交叉研究取得進展。
2012年發展進程
中科院2012年度工作會議明確提出，2020年度需重點抓好的八項工作第一項就是“加快部署實施先導專項”，具體目標為：“已啟動的先導專項，要落實責任，強化管理，保證質量和進度。加快推進3個預研的A類先導專項立項和實施，建立健全專家系統，完善組織實施方案，分解目標任務，明確分工和責任；加強與國家有關部門溝通，儘快落實國家財政預算。經過諮詢評議委員會評議的11個候選B類先導專項，要進一步明確研究內涵、制訂實施方案，上半年遴選若干個先行啟動。堅持國家需求和重大創新目標牽引，與國家各類科技計畫相銜接，再策劃遴選若干先導專項，爭取今年完成‘創新2020’確定的10個左右A類先導專項立項工作。”
