屍體內部檢査又稱“屍體解剖”。對已經過屍表檢査的屍體，為取得全面的屍檢資料，進一步查明死因，明確死亡性質，對屍體各器官、組織進行的詳細檢查。《中華人民共和國刑事訴訟法》第74條規定：對於死因不明的屍體，公安機關有權決定解剖，並通知死者家屬到場。但在實際工作中，經常會遇到家屬的阻礙，為了法律實施的需要，在家屬不同意的情況下，除做說服工作外，公安機關可以強制解剖。
法醫學屍體解剖包括：(1)胸腔檢查。胸部皮下組織和胸大肌有無出血，出血部位的形狀和範圍。有無氣胸發生，心、肺和縱膈有無損傷和病變。（2)腹腔檢査。腹膜有無變化，腹腔內有無積液，積液性狀和數量。腹腔內各臟器，如肝、脾、腎、胰、膽囊和胃腸等有無損傷和病變。（3)盆腔檢查。盆腔臟器比較簡單，主要有直腸和膀胱。對女性要注意子宮的位置、大小有無改變，是否懷孕，卵巢和輸卵管有無病變。（4)顱腔檢査。首先要檢查頭皮有無摜傷和皮下出血，顱骨有無骨折，腦膜和腦脊液性狀有無改變。大腦各葉、小腦、腦幹和脊髓有無損傷和病變。在屍體解剖的同時還要採取各臟器組織做病理切片檢査，以確定臟器的病理改變，並採取血液或毛髮測定血型，採取心血和臟器組織進行細論學檢查，採取血液和胃內容做毒理學檢查。在進行法醫學屍體解剖時還應注意：要有公安人員或有關人員在場；屍檢時為識別特殊氣味，尤其是懷疑中毒的屍體，剖驗人員一律不允許帶口罩；更不能以屍體腐敗為理由拒絕剖驗；冷凍屍體須在室溫下緩解之後方可剖驗，剖驗者應隨時將剖驗所見口述給記錄者；為病理檢査採取的臟器標本要及時固定。法醫學屍體解剖是屍體檢驗的重要組成部分，應嚴格按照有關程式和規定執行。
