專用資金審計是對企業、單位按規定提取、留用、分成或撥入的具有特定用途的各種專用資金進行的審計。對專用基金審計，主要檢查專用基金是否按照有關規定的比例提取，有無違反規定的現象，對專用資金是否做到專款專用，帳務處理是否正常。
一、專用資金來源的審查。首先要檢查專用基金項目是否按規定設定，然後審查各項專用基金的提取比例是否按照規定的比例執行，最後檢查各種提取的基數計算口徑是否一致。
二、專用資金使用的審查。首先看是否執行專款專用的規定。其中：(1)對更新改造資金的審計，要審查是否列入使用計畫，項目是否進行了技術經濟論證，報經批准。實際支出內容是否按計畫辦事。(2)對大修理基金，要注意分析大修理和日常修理的界線是否劃分清楚，有無互相擠占現象，有無將大修理基金作購置設備和搞基本建設。(3)對職工福利基金，首先檢查支付的內容是否符合規定的使用範圍，有無將應由獎勵基金開支的擠入福利基金支付。有無為了逃避獎金稅，在福利基金中濫發實物和現金等。然後抽查原始憑證是否真實。(4)對職工獎勵基金，要檢查獎金的發放是否有正當的來源，有無濫發的現象; 原始憑證是否真實，有無舞弊現象; 發放超過標準的獎金是否按規定繳納獎金稅。
