專用撥款審計是對國家預算撥給企業或其他來源撥入的用於專門用途的款項進行審核、稽查。包括新產品試製費撥款、中間試驗費撥款、重要科學研究補助費撥款以及挖潛、革新、改造撥款。該項審計的主要內容是：(1) 檢查各項專用撥款的撥入是否符合規定，按照規定應上交的專用撥款結餘額是否按時上交，有無拖欠情況，有無弄虛作假，轉移用途等情況。(2) 檢查各專用撥款的支出是否符合計畫和規定。經濟效果是否達到預計要求。(3) 檢查各專用撥款是否遵守專款專用原則，各項資金之間有無互相擠占挪用情況。
專用撥款是由財政或企業主管部門撥給企業的各種具有專門用途的款項。主要有新產品試製費撥款、中間試驗費撥款、重要科學研究補助費撥款，以及挖潛革新改造撥款等。其中前三項撥款統稱為“科學技術三項費用撥款”。新產品試製費撥款是撥給企業用於列入國家計畫的重點新產品試製項目的款項，用該項撥款進行的新產品試製項目，必須是國內從未生產過的新產品試製或對老產品的重大改進的試製，中間試驗費撥款是撥給企業用於已有科學研究成果，但必須經過較大規模或較長時期試驗改進後才能在生產中採用的項目的款項，重要科學研究補助費撥款是撥給企業用於納入國家計畫的全國性重大科學研究項目的款項，挖潛革新改造撥款是撥給企業用於對原有技術設備進行革新改造以及採用新技術、新工藝方面的款項。專用撥款是企業專項資金的資金來源之一。
