《太湖流域地方豬種高繁殖力遺傳機制研究》是依託上海交通大學，由潘玉春擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：太湖流域地方豬種高繁殖力遺傳機制研究
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：潘玉春
- 依託單位：上海交通大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
太湖流域的二花臉、梅山、楓涇、沙烏頭、米豬、嘉興黑豬、浦東白豬等地方豬種以繁殖力高享譽世界。而繁殖力直接關乎生產成本，進而影響經濟效益。所以，揭示這些豬種的高繁殖力特性的遺傳機制具有重要的意義。目前，基於基因組簡化與高通量測序的基因分型技術（GGRS）、基於基因集富集分析的全基因組關聯分析技術（GSEA-GWAS）等的出現，已為實現這一目標提供了有效工具。為此，本項目擬開展下列工作：①在進一步完善GGRS平台的基礎上，針對上述7個地方豬種及杜洛克、長白豬、大白豬3個引進品種（作為參照）進行高通量富集測序，檢測全基因組範圍的SNP並進行基因分型，進而進行GESA-GWAS，以鑑定出與高繁殖力相關聯的SNP、基因、基因集（生物代謝通路、信號傳導通路、調控網路及過程、組分、功能等）；②採用啟動子缺失分析、細胞轉染、RNA干涉、基因表達和蛋白質檢測等功能基因組技術對重要基因進行功能鑑定。
結題摘要
太湖流域的二花臉、梅山、楓涇、沙烏頭、米豬、嘉興黑豬等地方豬種以繁殖力高享譽世界。而繁殖力直接關乎生產成本，進而影響經濟效益。所以，揭示這些豬種的高繁殖力特性的遺傳機制具有重要的意義。本項目主要開展了下列創新工作：①系統開發了地方豬高繁殖遺傳機制研究平台。具體包括最佳化完善了基因型分型檢測分析平台；開發了地方豬表型數據登記平台，基因型數據登記平台和遺傳機制分析統計方法、平台。②套用開發的平台開展了太湖地方豬種高繁殖力遺傳機制研究。具體包括通過遺傳標記檢測和功能注釋，發現了多個與太湖豬種繁殖性狀相關聯的遺傳標記及基因與基因集； GWAS分析鑑定了與繁殖性狀顯著相關的基因91個（如RNF144B、FBXL5、CHD5、 YIPF1、FAT3等）；利用選擇信號分析交叉核實驗證了多個繁殖相關遺傳標記。③套用開發的平台開展了江、浙、滬其它地方豬高繁殖遺傳機制研究。在江蘇省5個地方豬群體中，GO和KEGG分析發現，在前1%的顯著GO條目中，SNP落入的基因集主要與涉及繁殖相關的發育過程及對刺激的應答；在浙江金華豬群體中，發現了對於維持哺乳動物的胚胎正常發育非常重要的雌激素相關受體b（Esrrb）和促進排卵的絲氨酸蛋白酶23基因（PRSS23）等；在浦東白豬群中，通過分析對其繁殖性能退化的原因給出了分子依據，為後期提高浦東白豬繁殖力提供了一定的方向。
