首先應該肯定土地承包經營權流轉司法救濟的積極意義。
(1)土地承包經營權流轉糾紛司法處理的專業性優勢能夠在一定程度上增強糾紛處理的公正性。在當前，相當一部分土地承包經營權流轉糾紛本身就是農村集體經濟組織鄉(鎮)基層政府等的原因引起的。這些原因主要有一是鄉(鎮)、村管理服務的缺失。絕大多數鄉(鎮)沒有行之有效的土地承包經營權流轉管理制度，而農村集體經濟組織對土地承包經營權流轉方面的管理也近乎空白，這就使農村土地承包經營權的流轉處於一種無序的狀態。二是土地承包經營權證書發放不到位。土地二輪承包時，很多村為解決歷史上遺留的欠繳經費問題、計生問題，而將農戶的證書扣留不發，有的村因農戶相互之間存在矛盾也將矛盾戶的證書暫且扣留後又忘了發放。沒有發放承包經營權證書的農戶進行的承包經營權流轉，比已經發放證書的流轉產生糾紛的機率要高得多。三是村幹部法律素質較低。多數村幹部對《農村土地承包法》一知半解，不完全知道法律規定的流轉形式及其相應的法律後果，對農戶報到村裡的流轉行為的管理也不依法進行，既不要求農戶簽訂書面協定，也不按規定辦理批准轉戶或備案手續。在上述情況下，土地承包經營權流轉糾紛通過鄉(鎮)村組織調解處理很難有好的效果，而土地承包經營權流轉糾紛司法處理的專業性優勢能夠在一定程度上增強糾紛處理的公正性。
(2)土地承包經營權流轉糾紛司法處理機制的建立,將農村集體經濟組織、鄉(鎮)基層政府等土地流轉關係人在土地承包經營權流轉中的種種非法行為置於司法的監督之下，為土地承包經營權流轉當事人的合法權益保護提供了最後一道屏障。在土地承包經營權流轉實踐中，一些鄉(鎮)、村幹部的非法干預或者與民爭利直接導致了糾紛的發生。在這種情況下，土地承包經營權流轉司法處理為流轉當事人利益的保障提供了一個最後保障機會。
(3)土地承包經營權流轉糾紛的司法處理著重調解的做法，提高了土地承包經營權流轉糾紛的處理效果。不僅相關司法解釋強調在此類案件審理中要充分發揮調解的作用，而旦在司法實踐中，基層法院特別注重調解處理此類糾紛。據筆者對岳陽市(包括下屬縣、市)範圍內法院系統此類案件審理情況的了解，幾乎所有的案件都是採用調解結案的。基層法官大量促成調解方式結案，提高了土地承包經營權流轉糾紛的處理效果。
儘管如此，土地承包經營權流轉的司法救濟仍存在難以解決的矛盾。一般而言，以事實為依據、以法律為準繩是我國司法的一般原則，我國司法的目的在於實現個案公平與社會公平的統一。但在土地承包經營權流轉糾紛的司法審理中，往往存在這樣的矛盾，即堅持依法裁判並不一定能實現個案公平與社會公平，甚至不利於社會的穩定。正如有學者所言：“重當事人舉證就難以保證審判結果公正，因為很多流轉戶之間根本沒有流轉協定，舉不出證據來；重個案的法律公正又難以兼顧審判的社會效果，因為一案的裁判結果可能引發大量流轉戶之間的糾紛和訴訟，如連鎖流轉中，如果其中一個流轉環節上的受讓戶敗訴，必然引發整個流轉鎖鏈上農戶之間的矛盾，但考慮基層社會穩定又可能侵害農民的合法權益；保護農民利益依法公正裁判，又可能因基層組織的不理解不配合導致裁判難以順利執行；有些案件儘管法院裁判並無不公，但敗訴的當事人會不斷抗訴、申訴、上訪。這樣一來，法院不僅沒有解決糾紛，還成了被信訪的對象，而且當事人也因為自身的行為，使糾紛解決的成本不斷上升，成為基層穩定的隱患。正是因為上述矛盾，法院在審理土地承包經營權流轉糾紛案件時極力促成調解結案，這雖有利於案件的執行，但往往是各打五十大板，有時在很大的程度上偏離了法律與事實，並不利於對受害一方利益的保護。
