自土地承包經營權流轉現象發生以來，土地承包經營權流轉的司法救濟就開始了。
20世紀80年代初期至90年代中期的土地承包經營權流轉主要是土地承包經營權的轉包、轉讓，因此，土地承包經營權流轉糾紛的司法處理主要針對土地承包經營權轉包、轉讓方面的糾紛而展開。司法處理的依據主要是一些零星的司法解釋條文。如1988年1月26日最高人民法院通過的《關於貫徹執行<中華人民共和國民法通則>若干問題的意見》(試行)第95條規定：“公民和集體依法對集體所有的或者國家所有由集體使用的森林、土地、山嶺、草原、荒地、灘涂、水面等承包經營的權利和義務，按承包契約的規定處理。承包人未經發包人同意擅自轉包或者轉讓的無效。”以及1986年4月12日最高人民法院印發的《關於審理農村承包契約糾紛案件若干問題的意見》規定：承包人私自轉讓、轉包承包契約以及轉包漁利的土地承包經營權流轉契約無效。此外，國家關於農村土地承包的相關政策也起到積極的補充作用。如前述《關於審理農村承包契約糾紛案件若干問題的意見》就規定：“承包契約被確認無效後，對產生的財產問題應當依照法律、政策合理解決。”司法處理的基本精神在於維護承包契約的穩定以及保護土地發包方在土地承包經營權流轉中的決定性作用。
進入20世紀90年代末期以後，隨著土地承包經營權流轉現象的增多以及流轉方式的豐富，土地承包經營權流轉糾紛的司法處理不僅在數量上多了起來，而且在類型上還增加了土地承包經營權出租、入股等方面的糾紛。司法處理的依據除了《民法通則》、《農村土地承包法》的相關規定以外。最高人民法院根據相關法律、法規和政策的規定製訂的司法解釋起到了重要的補充作用。如1999年6月28日通過的《關於審理農業承包契約糾紛案件若干問題的規定》(試行)。該規定第三部分用8個條款對包括土地承包經營權轉包、轉讓、互換、入股在內的農業承包契約權利義務轉讓的效力進行了詳細的規定。又如2005年3月29日通過的《關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》。該司法解釋除了明確規定土地承包經營權流轉糾紛作為一個獨立類型的案由，人民法院應當依法受理外，還用了11個條款分別就土地承包經營權收回前流轉價款的收取、本集體經濟組織成員的受流轉優先權、發包方強迫流轉的效力、採用轉讓方式流轉時發包方同意權行使的限制、未經發包方備案的流轉契約的效力、土地承包經營權抵押的效力等進行了具體明確的規定。上述司法解釋還肯定了政策在土地承包經營權流轉契約糾紛處理時的適用作用。如《關於審理農業承包契約糾紛案件若干問題的規定》(試行)第39條規定，“人民法院在審理專業承包和招標承包的農業承包契約糾紛案件時，除適用本規定的有關規定外，還應依照契約訂立時的有關法律、法規和政策的規定處理”。這一時期，司法處理的基本精神在於更加重視保護土地承包人的土地流轉自主權。以及土地承包經營權流轉當事人利益的平衡。
調查表明，土地承包經營權流轉糾紛的處理主要通過村民內部調解和政府調解等非訴訟的方式進行，訴諸法院的案件為數極少。如根據湖南省岳陽市農村經營管理局提供的數據，2005—2006年，全市縣以上農經部門接待與土地承包經營權流轉相關的土地承包糾紛上訪共327起(次)，其中市級接訪65起(次)，到省上訪的4起。絕大部分都通過非訴訟的方式調解結案，真正通過司法渠道予以處理的只有3起。據筆者對湖南瀏陽市、衡陽縣等地的調查來看，通過司法渠道予以處理的土地承包經營權流轉糾紛案件也為數極少。之所以如此，主要原因在於：土地承包經營權流轉糾紛大多發生在親戚、鄰里之間，通過司法渠道進行處理被認為會傷和氣；相對非訴訟的處理方式，司法處理的專業性更強。當事人往往需要聘請律師才能順利進行訴訟，因而成本要高一些：司法處理的結果在執行上也存在一定的風險等。當然，由於農民維權意識的增強，鄉(鎮)、村等組織社會公信力的降低等原因的存在，以及流轉案件審理規範的逐步明晰化為糾紛的司法解決提供了可操作的便利條件，仍有一部分農民選擇通過司法的渠道解決土地承包經營權流轉糾紛。
只是近幾年土地承包經營權流轉糾紛的司法處理案件較前有較大幅度的增加，並且多是返鄉農民與土地實際耕作者之間的糾紛。據筆者對岳陽市(包括下屬縣、市)範圍內法院系統結案情況的不完全統計，在2005年以前，基本上沒有這類案件，2005年以後，每年均在10件左右。這種情況的出現與近兩年國家取消農業稅以及對種田農民實行包括良種補貼、農機補貼、綜合補貼等在內的各種補貼有關。在以前，種田沒有效益，農田被農民視為負擔而低價甚至無償轉給他人耕種，並且多是口頭協定，也沒有經過或者通知村(組)負責人。現在因為取消農業稅而且有各種種田補貼了，種田被農民視為是有效益的事情，許多以前外出打工的農民返鄉要求重新耕種以前流轉出去的土地，而土地的實際耕種者又不願意退出對土地的耕種。這就不可避免地發生大量返鄉農民與土地的實際耕種者的糾紛。此外，隨著城市化進程的加快，近幾年土地徵收規模較前有大的擴張，一些通過轉包、出租等方式流轉的土地在土地徵收時，土地補償款的發放成為一個爭議的焦點。因此，這類糾紛的司法案件近幾年有所增多。
