喀依爾特河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積為4524公頃，其中核心區面積為624公頃，實驗區面積為3900公頃。特別保護期為全年。保護區位於新疆維吾爾自治區富蘊縣鐵買克鄉以西，全長81.4公里，其水流為東北向西南流向，保護區地理坐標範圍在東經89°38′10″～89°59′50″，北緯47°14′38″～47°48′10″之間。保護區核心區有兩處：核心區一面積為120公頃，位於喀依爾特河林場檢查站（89°39′09″E，47°30′58″N）以上河段8公里（89°40′55″E，47°34′14″N）的河段；核心區二面積504公頃，長度8.4km，位於肖林場大橋（89°39′13″E，47°21′29″N）至河口交匯處（89°40′38″E，47°18′03″N）河段。實驗區有兩處：實驗區一面積為3000公頃，長度50km，起止點坐標分別為（89°59′50″E，47°48′10″N；89°40′55″E，47°34′14″N）；實驗區二面積900公頃，長度15km，從河口交匯處（89°40′38″E，47°18′03″N）至海子口水庫上游（89°41′50″E，47°14′38″N）河段。保護區主要保護對象為細鱗魚、北極茴魚、阿勒泰杜父魚以及江鱈等。
