特克斯河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積10060公頃，其中核心區面積為6500公頃，實驗區面積為3560公頃。特別保護期為全年。保護區位於新疆維吾爾自治區昭蘇縣喀拉蘇鄉至察汗烏蘇鄉特克斯河段，處於昭蘇縣城西南方向，全長約50.3km，水流流向為自西向東，地理坐標範圍在東經80°36′24″～80°57′53″，北緯42°53′44″～42°57′08″之間。核心區位於特克斯喀拉蘇河段，從昭蘇縣特克斯河邊防公路1號（80°36′24″E，42°53′44″N）至昭蘇縣特克斯河邊防公路3號（80°49′26″E，42°56′21″N），長約32.5km。實驗區位於核心區下游，從昭蘇縣特克斯河邊防公路3號（80°49′26″E，42°56′21″N）至昭蘇縣解放橋1號（80°57′53″E，42°57′08″N）,長約17.8km。主要保護對象為短尾魚歲、伊犁裂腹魚、新疆裸重唇魚、斑重唇魚、穗唇須鰍、新疆高原鰍、斯氏高原鰍、黑背高原鰍、伊犁鱸、大口鮎和褐氏櫛蝦虎魚等。
