《全基因組DNA甲基化研究中的統計學方法》是依託復旦大學，由張洪擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：全基因組DNA甲基化研究中的統計學方法
- 依託單位：復旦大學
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：張洪
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
本項目致力於解決全基因組DNA甲基化研究中的一些重要統計學問題。DNA甲基化模式異常是環境與基因互動作用的結果，它是包括癌症在內的很多疾病之先兆，也跟疾病預後有密切關係，因此與疾病相關的DNA甲基化標記可用於研究疾病的發生髮展機理，並可以用於疾病的早期診斷和預後分析；年齡相關DNA甲基化模式異常除與壽命相關外，還往往和很多疾病密切相關。因此，篩選疾病/年齡相關DNA甲基化標誌具有重要的實際意義。本項目將基於目前常用的全基因組DNA甲基化研究，探討用於篩選疾病/年齡相關DNA甲基化標記的統計學方法。對於病例-對照設計/佇列設計/橫斷設計下的全基因組DNA甲基化研究，我們將提出新的機率模型以聯繫疾病/年齡和DNA甲基化模式及其他協變數，基於新模型發展相應的統計方法用來檢測疾病/年齡相關DNA甲基化標誌，並研究新模型和統計方法的理論性質。
結題摘要
現代生命科學研究產生越來越多的高通量組學數據，分析這些高通量數據需要特別的統計學方法。作為一個問題驅動的數學研究項目，本項目致力於發展新的統計學方法用於分析這類數據，即針對各種組學數據發展了若干新的統計學方法，包括基於DNA甲基化晶片數據的年齡相依標記篩選新方法（armDNA）、基於RNA-seq數據的差異化表達分析新方法（contamDE、multiDE、PLNseq）、基於DNA-seq數據的SNV位點檢測新方法（MAFseq、AntCaller）。在國際SCI期刊上共發表論文11篇，這些期刊包括Bioinformatics（數學與計算生物學1區）、Statistics in Medicine（統計與機率2區）、Statistical Methods in Medical Research（統計與機率1區）、Oncotarget（醫學2區）等高影響期刊。同時開發了6個R軟體包實現所發展的新方法，以供研究人員和實際工作者免費使用（https://github.com/zhanghfd）。另外，在該項目資助下，培養出3名博士和2名碩士。
