高通量DNA測序片段的拼接

《高通量DNA測序片段的拼接》是依託東南大學，由陸祖宏擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：高通量DNA測序片段的拼接
• 項目類別：面上項目
• 項目負責人：陸祖宏
• 依託單位：東南大學

基本信息

批准號	30871393
項目名稱	高通量DNA測序片段的拼接
項目類別	面上項目
申請代碼	C0608
項目負責人	陸祖宏
負責人職稱	教授
依託單位	東南大學
研究期限	2009-01-01 至 2011-12-31
支持經費	35（萬元）

中文摘要

伴隨新一代高通量低成本測序技術的發展，其生成的超大通量短測序片段拼接技術成為槳婆悼目前測序生物信息學檔凶獄阿研究的最前沿熱點問題。在本申請書中，我們首次提出了基於色域空間（color space）編碼技術的超大通量短序列拼接技術思路和技術平台建設。在促微姜傳統的序列拼接算法基礎上，提故恥出了基於高覆蓋率測序結果的質量優先無錯拼接的算法構想，並完成了初步的準備工作。針對新一代測序平戶道詢台提供的mate pair信息，我們首次提出棕厚詢漿了利用mate pair信騙促多息校正和提高拼接質量的算法構想。同時，考慮到多種測序技術的聯合套用問題，研發一套統一格式的測序數據聯合分析系統，以解決不同測序技術平台產生數據格式相互無法移植交流的問題。為解決傳統拼接比對算法對高性能計算硬體的依賴，我們提出了基於FPGA定製算法硬體加速模組的構想，可以在節約硬體投資的前提下提高計算效率數百倍。