基於高通量測序的基因組分析

內容簡介

高通量測序已成為生物學研究的重要手段，在生物多樣性、物種種質資源開發利用和生物醫藥領域都發揮了非常重要的作用，因此，如何處理和分析高通量測序數據成為生物學研究的必備技能之一。《基於高通量測序的基因組分析》以高通量測序數據在基因組分析中的運用為例，採用分步講解的方式，圖文並茂地介紹了高通量測序數據的基本格式，利用高通量測序數據開展分析的流程、相關程式，程式執行過程及其分析注意事項。同時，對於數據分析運算中的一些中間結果，作者提供了自己編寫的程式，以利於獲得*終結果。《基於高通量測序的基因組分析》提供了Linux作業系統安裝方法，並基於Linux語言命令介紹了高通量測序數據處理過程，其中沒有複雜的程式代碼，不需要程式語言基礎，淺顯易懂，具有很強的實踐操作性。

圖書目錄

第一章　Linux系統安裝　1

第二章　Linux基本命令　6

第三章　高通量測序數據的常見格式　12

第四章　基因組組裝　15

第一節　基因組大小估測　15

第二節　基於PacBio HiFi模式測序數據的基因組組裝　21

第三節　基於PacBio CLR模式測序數據的基因組組裝　27

第四節　基於Nanopore測序數據的基因組組裝　30

第五節　去除基因組中的冗餘序列　37

第六節　Hi-C組裝　47

第五章　重複序列查找　66

第六章　基因預測　72

第七章　基因家族擴張和收縮　82

第八章　物種歷史動態　100

第九章　群體重測序個體的SNP查找　110

第十章　遺傳多樣性參數計算　124

第十一章　受選擇作用的SNP位點　129

第一節　PCAdapt分析　129

第二節　BayPass分析　135

第三節　合併PCAdapt和BayPass結果　140

第十二章　遺傳結構分析　144

第一節　PCA分析　144

第二節　Admixture分析　146

基於高通量測序的基因組分析

基本介紹

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