觀念存在,種族糾紛,問題出現,個人言論,糾紛加劇,馬新分家,語言爭議,
觀念存在
馬來人至上的觀念在馬來西亞獨立前就存在了，1940年代馬來人組織起來抗議馬來亞聯盟的成立，後來又為爭取馬來西亞獨立而戰，馬來人至上的觀念逐漸走向了舞台的中心。非馬來人的政黨，比如民主行動黨，激烈反對這種種族主義觀念。1960年代，獨立前的海峽華人在新加坡（1963年至1965年是馬來西亞的一個州）的人民行動黨的領導下也挑戰了這個觀念。
在1969年5月13日的種族暴動後，馬來西亞憲法中有關馬來人至上的部分得到了確立。這期間馬來極端民族主義也有了發展，他們宣揚建立一個由巫統一黨執政的政府，並強調只有馬來人才是真正的馬來西亞人。1970年代馬來西亞政府開始推行非常有利於馬來人的新經濟政策。國家文化政策也強調非馬來人要融合到馬來族群中去。
1990年代，馬來西亞首相馬哈迪開始推行馬來西亞民族（Bangsa Malaysia）政策，強調馬來西亞人而不是馬來人的認同。2000年代，政治家們又開始宣揚馬來人至上的觀念，並公開譴責那些質疑馬來西亞社會契約的政府官員。Ketuanan Melayu這個詞語遲至二十一世紀初成為流行的馬來語。
種族糾紛
問題出現
在1963年的新加坡州選中，聯盟通過新加坡聯盟黨（Singapore Alliance Party）挑戰執政的人民行動黨（PAP）。巫統政客積極為新加坡聯盟於新加坡拉票，表示在華人領導的新加坡里，雖然執政的人民行動黨表面上是多種族的政黨，新加坡的馬來人常被視為二等公民。不過，所有巫統支持的馬來裔候選人都敗於人民行動黨手上。因為聯盟和人民行動黨之前達成協定，同意分別不會在新加坡和馬來西亞參選，這次選舉中很多人民行動黨黨員覺得聯盟出爾反爾，於是決定在1964年的馬來西亞大陸大選中參選。雖然人民行動黨在造勢大會中吸引大量民眾，可是在大選中只贏得一個席位，由代表孟沙選區的蒂凡那勝出。很多歷史學家認為，當時財政部長及馬來亞華人公會會長陳修信向華人呼籲，避免挑戰馬來人的特別權利，以免冒與印尼合併這個險，此番言論有助馬來亞華人公會保持其地位，繼續做“馬來亞半島中不爭的華人領袖”。巫統領袖對人民行動黨非常憤怒。
新問題很快就浮現。新加坡政府與人民行動黨領袖李光耀公開表示反對“馬來人至上”，提倡一個“馬來西亞人的馬來西亞”，而不是一個馬來人的馬來西亞。他辯稱：“馬來人僅僅在700年前大規模移居到馬來西亞。在馬來西亞39%的馬來人里，有三分之一是較新的移民，就好像賽查花阿峇（Syed Jaafar Albar），他在戰前從印尼來到馬來亞，當時他已經超過三十歲了。因此如果某一個種族認為，他們較有資格自稱為馬來西亞人，而其他人成為馬來西亞人是全靠他們的favour，這是錯誤的。”
個人言論
李其後嘆言：“馬來西亞屬於誰？是馬來西亞人。誰是馬來西亞人？我希望我是，主席先生。但是坐在議院裡，有時我質疑自己究竟是否被容許做一個馬來西亞人。這個疑慮在很多人的心中存在……（一旦）這種情緒轉化成行動，人與人在不言中鬥爭，所導致的戰爭會徹底摧毀馬來西亞。”有時候，李卻令事情變壞，發表種族言論，其中很多批評馬來西亞的種族架構，提醒人民非馬來人現已占大多數，占61%，多於39%的馬來人。有一次他說：“為什麼我們要回到以前的新加坡，令在馬來亞的非馬來人淪為少數？”當時人民行動黨和巫統關係已經緊張，李常常要求聯邦政府嚴厲打擊馬來西亞的種族主義者，其中包括巫統領袖賽查花阿峇和賽那昔（Syed Nasir Ismail），令情況愈加惡劣。
李的言論令很多人不滿，尤其是聯盟的政客。陳修信稱他為“馬來西亞和馬來亞史上最大的擾亂者”。東姑認為李的立場太激進，而巫統政客覺得李用其言論來引起馬來西亞華人的注意。李關於馬來新移民的言論與到嚴厲的反駁。阿峇表示：“將馬來人和其他人同歸一類是一個侮辱……”巫統報紙《馬來亞獨立報》（Malaya Merdeka）警告：“如果馬來人受壓，利益不受保障的話，”他們會把馬來西亞和印尼合併起來。東姑對此甚感恐懼。對於他來言，馬來西亞的種族主義者不是真正的極端主義者，真正的威脅是一些尋求“大印尼”來教訓華人的人。
糾紛加劇
種族之間的糾紛導致新加坡的1964年種族暴亂，其後人民行動黨的馬來政客奧斯曼渥（Othman Wok）暗指暴亂由馬來西亞的種族主義者所策劃。暴亂後的一年，局面繼續緊張。賽查花阿峇表明：“無論在何處，我仍然是馬來人。”李在議會中嚴厲反駁道：“如果我到處說（他）說的話：“無論在何處，我仍然是華人”，我們會怎么樣？但是我不斷提醒別人，我是馬來西亞人。我正在學Bahasa Kebangsaan（馬來語──國家語言），我接受憲法第153條。”
李堅持自己並不是反對馬來人的特別權利和憲法第153條，說：“如果移民社區……看不到問題，如果他們不能感受到做一個貧窮馬來人的滋味，又不會同情他，我可以說，他很快會把不滿果斷地表露出來，整個國家將會陷入混亂。”很少有聯盟的人士認真思考他的言論。巫統政客堅持，一個“馬來西亞人的馬來西亞”表示完全平等的社會，導致馬來人的特權被撤掉。一名聯邦官員施努（Senu Abdul Rahman）覺得，李所提倡的平等會阻止馬來人在經濟上參與：“我們所需要的是機會，一個為人民謀取資產的機會。”李之前表示自己馬來西亞人的身份，施努問：“李今天所享有的權利不是從天而降的，是人所賦予的。他難道不感激本國的原居民嗎？”李回應說：“不，我不是在接受別人的款待，我在這裡是我的權利。馬來西亞百分之六十一的人民要於這點上堅持著，否則會失去一切，會失去未來。”有些人（當中包括賽查花阿峇）繼續持著施努的立場，把馬來人稱之為Bumiputra（家中之主），其對向李這樣的外人bangsa asing或寄宿者orang tumpangan的款待被濫用。這番言論引起內閣成員Lim Swee Aun的反駁，堅持他們“是共同業主，不是寄宿者，不是客旅。”
有些人不同意巫統的立場。Ismail Abdul Rahman向議會說“聯盟和人民行動黨贊同一個‘馬來西亞人的馬來西亞’的概念”，但是具體方法不同。Ismail將人民行動黨的方法定為一個“非群體性的直接模式”（non-communalism straightaway），而聯盟需要“兩個步驟。第一，種族之間的和諧；第二，是最終有一個非群體性的國家（ultimate state of non-communalism）”。李視此番言論為巴結的把戲，除非那些馬來西亞的種族主義者被制止，否則不能認真考慮這番話。
馬新分家
李光耀繼續他的活動，於1965年組成馬來西亞團結大會（Malaysian Solidarity Council（MSC）），裡面有多個多元種族政黨，包括人民行動黨（PAP）、人民進步黨（People's Progressive Party）和聯合民主黨（United Democratic Party）。在第一次也是唯一一次的馬來西亞合一會普通大會中，這些政黨的領袖發表講話，支持一個馬來西亞人的馬來西亞。人民進步黨的西尼華沙甘（D.R. Seenivasagam）指摘聯盟，利用憲法第153條“欺負非馬來人”，而砂拉越人民聯合黨（砂人聯黨）的王其輝（Ong Kee Hui）說：“我們看到社會歧視的態度，越來越多跡象否定非馬來人的政治平等。為了我們和我們的國家，這一切都要停止，不要讓這狹縊的種族主義坐大。所有住在這裡和稱本國為家的人，不論種族，都應享有政治上的平等。”
不久，巫統后座議員馬哈迪在國會中抨擊李：“新加坡華人從沒認識馬來人的管治，不能忍受被一些長期處於他們腳下的人統治他們。”李事先沒有準備，用馬來語回應：“當然有華人是百萬富翁，開大車子，住大房子。難道令一些馬來人成為富翁，有大車大房子是答案嗎？……如果我們自欺欺人，叫別人相信他們窮是因為他們沒有馬來人的權益，又或是反對人士反對馬來人的權益，我們結果會是怎么樣？你讓鄉下的人相信，他們窮是因為我們不會說馬來語，因為政府不用馬來文，那么他就期待‘當馬來文成為唯一的國家文字’奇蹟會出現。當我們清一色都說馬來語，他的生活水平將會提高。如果這樣的情況不發生時，那又怎么樣？另一方面，當經濟、民生和教育政策出現失誤時，你回來說，噢，這些兇險的華人、印度人和其他人，對抗馬來人權益。他們並不反對馬來人權益。他們作為馬來人有權以馬來西亞人的身份，上到一些教育的水平，這些水平由一些競爭更劇烈的社群──非馬來人的社群──所創造。這是必須做的，不是嗎？不是像他們灌輸這些愚民理論，向他們說一得到一些少數馬來人所享有的馬來人權益，問題就會得到解決。
最後，東姑對一切的政治爭坳感到厭倦，深信任何言語上的衝突會導致暴力發生，於是要求新加坡脫離聯邦。新加坡於1965年成為一個獨立的國家，首任總理由李出任。雖然新加坡憲法第89條稱馬來人為新加坡的原居民，並指出要特別保障他們的權利和權益，但是條例沒有列明任何相應政策。
有些人士其後將馬來西亞的成立歸咎於助長“馬來人至上”主義：在馬來西亞成立後，“正如里特委員會所懷疑，馬來人的權利在（馬來西亞成立前的）五六年內萎縮，其後馬來人權益於不平等待遇的環境中獲得增強。”
憲法規定，於獨立後不會馬上把法定語文由英語轉為馬來語，而是有一段十年的緩衝期。隨著1967年這個預定限期愈來愈近，有些華人提倡一套較有包容性的語言政策，容許華語在某些情況下，在公共範疇中使用。
語言爭議
憲法規定，於獨立後不會馬上把法定語文由英語轉為馬來語，而是有一段十年的緩衝期。隨著1967年這個預定限期愈來愈近，有些華人提倡一套較有包容性的語言政策，容許華語在某些情況下，在公共範疇中使用。
來自巫統和PAS的極端人士反駁，但聯盟提出折衷方案，於國家語文法中確認馬來文為官方語言，但在某些情況下，容許英文和其他非馬來文的語言作非官方用途。東姑形容此舉為“確保和平的一著”，但方案被許多馬來人白眼，從而成立了國家語言行動聯盟（National Language Action Front），希望覆核甚至更改法案，而且東姑的管制能力備受質疑。
