阿壩州13縣常住戶口居民準備好前往港澳地區事由相符材料後，直接到戶口所在地縣級公安機關出入境管理大隊申請辦理證件。
一、填寫完整的《內地居民往來港澳地區申請表》（須提交的“單位意見”同非按需申領地區公民申請普通護照需提交“單位意見”一樣）；
二、符合公安部出入境證件製作要求之照片3張(本人近期正面免冠白底彩色照片,規格: 33×48mm,小二寸)、相應的《四川省出入境證件數字相片採集回執》原件及複印件；
三、申請人居民身份證、戶口薄原件及複印件；
四、與赴港澳事由相符的證明材料原件及複印件（詳見辦理證件流程及其他說明）。
須提交的與事由相符的材料
以探親事由申請港澳通行證的申請人，除了提交“辦理時須提供的材料”中的一、二、三點規定的材料外，還應提交親屬關係證明原件及複印件，以及被探望親屬的香港或澳門居民身份證或在香港或澳門就業、就學證明複印件。（“親屬”是指：配偶，父母或配偶的父母，子女，兄弟姐妹）
以商務事由申請港澳通行證的申請人，除提交辦理時須提供的材料外，還應提供如下材料：1、受單位派遣赴香港或澳門商務，須提交所在單位登記備案證明和派遣函；未辦理登記備案的單位人員，還須交驗經年檢的工商營業執照副本或有關登記證書和稅務登記證書、社會保險憑證原件及複印件和派遣函。2、個體工商戶經營者申請赴香港或澳門商務，須交驗年檢的工商營業執照副本和稅務登記證書原件及複印件。3、駕駛往返內地與香港或澳門專用交通工具人員，須提交的證明材料由廣東省公安廳出入境管理處另行規定並報公安部出入境管理局備案。
以團隊旅遊申請港澳通行證的申請人，須提交“辦理時須提供的材料”並隨團出入境。
以學術交流、處理產業、治病、奔喪、訴訟、應試等特殊事由申請港澳通行證的申請人，須提交與事由相符的合法齊備的證明材料；
以逗留事由申請港澳通行證的申請人，須提交如下證明材料：1、赴香港就學、就業、培訓人員及其親屬，須交驗香港入境事務處出具的相應進入許可原件及複印件。2、赴澳門就學，須交驗澳門高等教育輔助辦公室出具的《確認錄取證明書》及澳門高等院校錄取通知書原件及複印件。赴澳門就業，須交驗澳門治安警察局出入境事務廳出具的《受僱非本地勞工預報名單》或澳門社會文化司或經濟財政司出具有申請人姓名的批准檔案原件及複印件。3、通過勞務經營公司申請赴香港或澳門就業，須提交商務部《對香港、澳門特別行政區勞務合作項目審批表》複印件；
申請港澳通行證的換補發，除了提交“辦理時須提供的材料”中的一、二、三、四點規定的材料外，還須交驗原通行證原件及複印件（證件毀損申請換髮的還應提交損毀情況書面說明）；證件遺失、被盜申請補發的還應提交遺失失地公安機關出具的報失證明。
