2005年財政部以財政部令第29號公布了《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》，並於2010年以財政部令第60號《財政部關於修改〈國家農業綜合開發資金和項目管理辦法〉的決定》對該辦法進行了部分修訂。原《管理辦法》施行10多年以來，有力地推動了農業綜合開發工作法治化進程，強化了資金與項目的科學化、規範化管理，為推進農業綜合開發事業持續健康發展提供了制度保障。
中央農口各部門，各省、自治區、直轄市、計畫單列市財政廳（局）：
黨中央、國務院反覆強調，解決“三農”問題是今後一段時期內全黨、全國工作的重中之重，是全面建設小康社會的重要任務。農業財政資金是貫徹落實黨和政府各項農業農村政策的重要手段，加強農業財政資金管理，提高農業財政資金使用效益,對於提高政府支持保護農業效率，推進全面建設農村小康社會具有非常重要的意義。近年來，為了提高農業財政資金使用效益，各地區和有關部門在加強農業財政資金管理方面做了大量的工作，管理制度不斷完善，資金整合和支出管理改革穩步推進，資金分配管理辦法逐步改進，監督檢查力度不斷加強，農業財政資金使用的安全性、規範性、有效性有了一定的提高。但在一些地區，農業財政資金分配使用管理中也存在一些突出問題，如農業財政資金預算不落實，農業專項資金被擠占挪用，農業財政預算執行進度慢，結轉數額大等，已經嚴重影響了農業財政資金的使用效益，影響了政策的執行效果。為了切實加強農業財政資金管理，進一步提高農業財政資金分配使用管理的安全性、規範性、有效性，提出如下意見：
一、進一步加強農業財政資金管理工作的領導。各級財政部門和中央農口各部門財務管理機構要從實踐“三個代表”重要思想的高度充分認識加強農業財政資金管理工作的重要性，將加強農業財政資金管理作為農業財政工作實踐“三個代表”重要思想、推動全面建設小康社會，促進城鄉協調發展、經濟社會協調發展的一項重要舉措抓緊抓好，要重視和加強對農業財政資金管理工作的領導，結合本地區、本部門實際情況認真研究加強農業財政資金管理的有效途徑，進一步提高農業財政資金管理水平。
二、認真落實農業財政資金預算，嚴格農業財政預算執行。按照《中華人民共和國預算法》和《中華人民共和國農業法》規定要求，對各級人民代表大會通過的農業財政預算要認真落實，不準留有缺口，不準虛列支出。各級財政部門和農口各有關部門要密切配合，加強農業財政支出預算執行，及時發現預算執行中存在的問題，及時採取措施解決。對本級財政預算安排的農業專項資金要認真落實，對上級財政部門支持安排的項目要優先調度資金，及時撥付到項目。
三、嚴格執行農業財政資金管理制度。依法行政、依法管理是加強農業財政資金管理的一項重要原則。經過多年的制度建設，目前已經初步形成了覆蓋農業財政資金管理全過程的管理制度體系，各級財政部門和農口主管部門必須嚴格執行，從制度上嚴格規範農業財政資金管理行為。嚴禁擠占、挪用農業財政資金，任何單位和部門不準截留農業財政資金，特別是地（市）、縣（市）、鄉（鎮）財政部門不準利用任何藉口滯撥、挪用農業財政資金。
四、採取各種有效措施，提高農業財政資金的安全性、規範性和有效性。第一，深化支出管理改革。要積極總結部門預算編制、國庫集中支付和政府採購等工作中的經驗教訓，進一步深化和完善各項改革措施。第二，推行項目管理。所有農業專項資金項目都要進行可行性研究和評估論證，有條件的地方和部門要逐步推行標準文本和專家評審管理辦法，要加強資金運行和項目實施的跟蹤問效，要按照項目管理程式的要求做好項目竣工驗收和項目後續管理工作。第三，明確農業財政資金管理責任。各級財政部門和主管部門的領導要重視對農業財政資金管理工作的組織領導，具體管理部門和機構必須確定專人負責農業財政專項資金的管理工作，農業財政資金項目承擔主體也要明確管理使用的責任。
五、加強農業財政資金使用管理的監督檢查。各級財政部門要根據實際條件，選擇一部分農業財政專項資金和項目，利用相關媒體或鄉村公共場所進行公示，並逐步推開公示制度，提高農業財政資金的公開性和透明度，接受社會公眾和廣大民眾的監督。要充分利用系統內監督檢查機構和審計部門的力量，把農業財政資金運行的事前事中事後監控，日常檢查和重點檢查有機地結合起來，按照《中華人民共和國預算法》及其實施條例、《國務院有關違反財政法規處罰的規定》等法律法規要求，加大對違規違紀事件的查處力度，逐步形成有效的農業財政資金監督檢查機制。2003年，各省（自治區、直轄市、計畫單列市）財政廳（局）要在全省（區、市）範圍內組織一次農業財政資金使用管理的重點檢查，範圍包括，2003年農業財政資金的預算安排和執行情況，2002、2003年安排的農業專項資金的使用管理情況。中央農口各部門也要組織一次檢查，範圍包括2002-2003年的預算執行情況，重點是項目支出的執行情況和資金使用情況。已經經過審計或專項檢查的資金可以不再安排重點檢查。但要對審計和檢查中發現的問題進行分析，查找原因，提出解決的措施，並將審計、檢查的情況和處理結果於2003年11月底報財政部農業司。
黨中央、國務院反覆強調，解決“三農”問題是今後一段時期內全黨、全國工作的重中之重，是全面建設小康社會的重要任務。農業財政資金是貫徹落實黨和政府各項農業農村政策的重要手段，加強農業財政資金管理，提高農業財政資金使用效益,對於提高政府支持保護農業效率，推進全面建設農村小康社會具有非常重要的意義。近年來，為了提高農業財政資金使用效益，各地區和有關部門在加強農業財政資金管理方面做了大量的工作，管理制度不斷完善，資金整合和支出管理改革穩步推進，資金分配管理辦法逐步改進，監督檢查力度不斷加強，農業財政資金使用的安全性、規範性、有效性有了一定的提高。但在一些地區，農業財政資金分配使用管理中也存在一些突出問題，如農業財政資金預算不落實，農業專項資金被擠占挪用，農業財政預算執行進度慢，結轉數額大等，已經嚴重影響了農業財政資金的使用效益，影響了政策的執行效果。為了切實加強農業財政資金管理，進一步提高農業財政資金分配使用管理的安全性、規範性、有效性，提出如下意見：
一、進一步加強農業財政資金管理工作的領導。各級財政部門和中央農口各部門財務管理機構要從實踐“三個代表”重要思想的高度充分認識加強農業財政資金管理工作的重要性，將加強農業財政資金管理作為農業財政工作實踐“三個代表”重要思想、推動全面建設小康社會，促進城鄉協調發展、經濟社會協調發展的一項重要舉措抓緊抓好，要重視和加強對農業財政資金管理工作的領導，結合本地區、本部門實際情況認真研究加強農業財政資金管理的有效途徑，進一步提高農業財政資金管理水平。
二、認真落實農業財政資金預算，嚴格農業財政預算執行。按照《中華人民共和國預算法》和《中華人民共和國農業法》規定要求，對各級人民代表大會通過的農業財政預算要認真落實，不準留有缺口，不準虛列支出。各級財政部門和農口各有關部門要密切配合，加強農業財政支出預算執行，及時發現預算執行中存在的問題，及時採取措施解決。對本級財政預算安排的農業專項資金要認真落實，對上級財政部門支持安排的項目要優先調度資金，及時撥付到項目。
三、嚴格執行農業財政資金管理制度。依法行政、依法管理是加強農業財政資金管理的一項重要原則。經過多年的制度建設，目前已經初步形成了覆蓋農業財政資金管理全過程的管理制度體系，各級財政部門和農口主管部門必須嚴格執行，從制度上嚴格規範農業財政資金管理行為。嚴禁擠占、挪用農業財政資金，任何單位和部門不準截留農業財政資金，特別是地（市）、縣（市）、鄉（鎮）財政部門不準利用任何藉口滯撥、挪用農業財政資金。
四、採取各種有效措施，提高農業財政資金的安全性、規範性和有效性。第一，深化支出管理改革。要積極總結部門預算編制、國庫集中支付和政府採購等工作中的經驗教訓，進一步深化和完善各項改革措施。第二，推行項目管理。所有農業專項資金項目都要進行可行性研究和評估論證，有條件的地方和部門要逐步推行標準文本和專家評審管理辦法，要加強資金運行和項目實施的跟蹤問效，要按照項目管理程式的要求做好項目竣工驗收和項目後續管理工作。第三，明確農業財政資金管理責任。各級財政部門和主管部門的領導要重視對農業財政資金管理工作的組織領導，具體管理部門和機構必須確定專人負責農業財政專項資金的管理工作，農業財政資金項目承擔主體也要明確管理使用的責任。
五、加強農業財政資金使用管理的監督檢查。各級財政部門要根據實際條件，選擇一部分農業財政專項資金和項目，利用相關媒體或鄉村公共場所進行公示，並逐步推開公示制度，提高農業財政資金的公開性和透明度，接受社會公眾和廣大民眾的監督。要充分利用系統內監督檢查機構和審計部門的力量，把農業財政資金運行的事前事中事後監控，日常檢查和重點檢查有機地結合起來，按照《中華人民共和國預算法》及其實施條例、《國務院有關違反財政法規處罰的規定》等法律法規要求，加大對違規違紀事件的查處力度，逐步形成有效的農業財政資金監督檢查機制。2003年，各省（自治區、直轄市、計畫單列市）財政廳（局）要在全省（區、市）範圍內組織一次農業財政資金使用管理的重點檢查，範圍包括，2003年農業財政資金的預算安排和執行情況，2002、2003年安排的農業專項資金的使用管理情況。中央農口各部門也要組織一次檢查，範圍包括2002-2003年的預算執行情況，重點是項目支出的執行情況和資金使用情況。已經經過審計或專項檢查的資金可以不再安排重點檢查。但要對審計和檢查中發現的問題進行分析，查找原因，提出解決的措施，並將審計、檢查的情況和處理結果於2003年11月底報財政部農業司。
