《複雜基因調控網路非平衡非線性動力學研究》是依託中國科學技術大學，由侯中懷擔任項目負責人的面上項目。
《複雜基因調控網路非平衡非線性動力學研究》是依託中國科學技術大學，由侯中懷擔任項目負責人的面上項目。中文摘要基因表達過程是在非平衡條件下進行的介觀尺度上的化學反應過程，基因之間通過複雜的相互調控作用，實現生命體系的各項功...
《基因—蛋白質調控網路非線性動力學研究》是依託西安交通大學，由譚寧擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 生命現象的複雜性實際上由各種基因-蛋白質調控網路的調節作用來實現。目前生命科學正從定性的傳統生物學研究逐漸發展到定量刻畫的新時期。基因-蛋白質調控網路是典型的高維非線性系統，本項目擬利用非線性...
本項目利用非線性動力學、圖論和網路理論，與數值試驗緊密結合，首先研究不同類型網路的同步可變性及脆弱性的尺度可變性，揭示在網路規模發生變化情況下網路某些特性的演變；其次從動力網路中尺度的角度研究社團劃分的穩定性問題；最後以酵母菌細胞周期基因調控網路為例，在中尺度層次上進行網路重構、建模及演化動力學分析...
複雜動態網路是近年來的國際研究熱點問題之一。在實際複雜系統中，多種網路相互耦合相互作用，譬如包括不同運輸工具（航空網、鐵路網和公路網）的交通網路、基因調控網路、代謝網路、蛋白質–蛋白質相互作用網路等等，所以對多層網路模型的研究成為當今複雜網路領域最前沿的重要研究方向之一。本項目利用非線性動力學理論、...
證明了分數階基因調控網路平衡點的存在唯一性。利用分數階Lyapunov直接法證明了該分數階基因調控網路是Mittag-Leffler穩定的。同時也給出了系統達到廣義Mittag-Leffler穩定的條件， 並且給出了不同階數的基因調控網路的數值模擬。 由於基因調控網路也是複雜網路的一種，因此我們也研究了一些複雜網路的動力學，為研究基因...
以生物網路為代表的網路建模研究；（2）以網路上各種同步問題、智慧型體一致性所表達的群體行為和傳染病在生物網路中流行所代表的傳播行為開展網路上動力學和有關控制問題的研究；（3）以航天航空中提出的感測器網路與高穩定性和魯棒性的感測器設計以及衛星編隊為主的套用研究，同時考慮了具有工程開發價值的基因調控網路...
該項目的實施對定性、定量研究基因調控網路具有重要的科學意義。結題摘要 從非線性動力學和非平衡熱力學角度研究生物體的非線性自組織現象是重要的前沿科學問題。本項目擬對被噬菌體感染的細菌溶源/裂解調控網路進行系統的研究。首先，我們從動力學角度，利用非線性微分方程對被 Lambda 噬菌體感染的大腸桿菌調控網路進行...
本研究方向的主要研究內容是：從Internet、交通網路、電力網路到經濟網路、病毒傳播網路、生物基因調控網路和神經網路的動力學演變規律，建立網路模型，理解網路的性質，預測網路的行為，並通過最佳化控制來調整網路的行為，如穩定性、同步性、信息和能量流動與傳輸等；利用生物自然進化網路方法進行協同最佳化；利用非線性信號處理...
5.2.4 斑圖動力學簡述 388 5.2.5 二維空間中的行波：螺旋波 390 5.2.6 缺陷對行波的影響 393 5.3 可激發網路系統的自持續振盪 397 5.3.1 主超前相位驅動方法 399 5.3.2 可激發網路的自持續振盪 401 5.3.3 自持續振盪的波源和波傳播路徑 405 5.4 基因調控網路的自持續振盪 408 5.4....
《非線性動力學叢書》序 前言 緒論 1 0.1 分子生物學簡介 1 0.1.1 DNA 1 0.1.2 蛋白質 2 0.1.3 從基因到蛋白質 2 0.1.4 生物大分子在生命活動中的作用 5 0.2 分子系統生物學研究的基本特徵 5 參考文獻 9 第1章 複雜網路 11 1.1 複雜系統研究的概況 11 1.1.1 耗散結構理論 11 1.1....
隨機延遲動力學近年來發展迅速，已成為一個比較成熟的研究方向在物理學、系統科學、生物學、數學、生態學、化學等自然科學，以及經濟與金融等社會科學中都得到了廣泛套用。本書共有8章，第1~2章闡述隨機延遲動力學理論，第3~8章闡述隨機延遲動力學理論在腫瘤細胞增長系統、基因調控網路、布朗馬達的反常輸運、生態系統...
研究方向 主要研究方向：動力系統、計算生物學與生物信息學。博士生、碩士生招生方向：計算數學。研究內容：主要在非線性動力學分析、數據挖掘與分析、時間序列分析與預測、動力系統的分岔現象、複雜生物過程的臨界點分析與預警、生物分子網路的推斷與分析等幾個方面發展數學理論與計算方法。科研成果 承擔項目 主持國家自然...
（1）把數學模型與實驗結合起來：在關於生物節律的工作中，我們真正實現了模型預測--＞實驗驗證--＞反饋模型的過程。此文章發表在生物信息最好的雜誌NAR(IF 9.2)上。（2）我們的建模不流於淺表，而是深入運用生物學知識，建立了比“基因-RNA-蛋白“模型更精確的“順式/反式元件調控”模型。
我們將以模式生物芽殖酵母為研究對象，以細胞周期調控網路與信號轉導通路之間的對話為切入點，通過整合基因表達譜、轉錄調控以及蛋白與蛋白相互作用等多層次組學數據，重構芽殖酵母細胞命運抉擇分子網路。進一步發展動態網路結構的稀疏最最佳化模型和分解算法，基於非平穩度量最小化標準提高網路模型穩健性，研究非線性動力學...
器官移植、嚴重創傷等臨床相關基礎研究及生殖健康、出生缺陷的研究，在創新藥物方面有針對性地安排了先導化合物發現與最佳化、藥物靶標發現與確認和中藥方劑的研究，並對前沿熱點研究領域如疾病基因組、蛋白質組、幹細胞、組織工程、免疫學及表觀遺傳學研究進行了前瞻性部署，同時針對嚴重傳染病和中醫藥基礎研究設立了專項...
4、國家基金面上項目(20673106)：複雜基因調控網路非平衡非線性動力學研究，2007-2009，28萬元，負責人 研究方向 1、理論與計算化學 2、非平衡統計力學 論文專著 1. Internal Noise Stochastic Resonance in a CircadianClock System - Journal of Chemical Physics - 2003 - 119, 11508 2. optimal particle size ...
HMM機率模型、Bayesian網路、模糊動態規劃等；虛擬現實技術與系統，包括通用虛擬現實軟體開發平台、分散式虛擬現實、HLA高層體系結構、互動式網路遊戲、具有真實感的自動曲面重構等；機器人技術；計算生物學，包括基因預測、RNA摺疊、系統生物學(如基因調控網路)；複雜網路理論；網路非線性動力學；無線感測器網路等。
研究方向 1. 細胞信號傳導, 生化反應網路的圖論和進化論分析. 細胞運動, 系統生物學.生物信息學.2. 斑圖形成, 流體和複雜體系中的相干結構, 反應擴散系統的穩定性.3. 非平衡統計物理, 隨機過程, 納米尺度熱力學, 場論, 非線性和複雜動力學,半經典計算.4. 精確解,重正化群在複雜體系和非線性動力學中的套用...
（8）經典遺傳學、分子遺傳學將發展到系統（結構-圖式）遺傳學（1994），細胞信號傳導、基因表達調控與細胞再生、分化、凋亡、遷徙、粘結的細胞發生非線性動力學，細胞圖譜定位與生物形態發生，多基因相互作用的基因型-表現型複雜生物系統研究。（9）轉基因禽類蛋表達系統研發，採用卵清蛋白基因側翼序列構建表達載體，...
歐陽頎在非線性動力學實驗研究中首次發現二維圖靈斑圖，證實了圖靈在1952年提出的斑圖形成機制；發現了一系列螺旋波失穩現象並對其機理作出理論解釋；將非線性科學方法運用於系統生物學與合成生物學研究，在對酵母菌細胞周期網路的研究中發現重要的動力學特徵；通過對果蠅體節極性網路的研究中發現生物調控網路的功能、動力...
科學研究 研究領域 （1）生物節律（或生物鐘）、神經網路和神經動力學；（2）蛋白-蛋白相互作用、蛋白質-核酸相互作用的動力學理論研究；（3）鈣離子信號的非線性動力學。研究課題 藍細菌生物節律模型體外調控、體內調控模式的理論分析、數學建模和計算機模擬。藍細菌核心鐘蛋白分子內磷酸化網路與生物節律相關基因調控網...
周期振動理論及其在系統生物學中的套用的研究，是動力系統理論和系統生物學研究都迫切需要解決而且難度較大的研究課題之一，有重要的理論價值和實際套用背景，例如指導生物試驗設計以及合成基因調控網路。 該問題的研究將進一步解決非線性振動理論中一些重要而未解決的問題，並推動系統生物學中生物網路及其動力學方面研究的...
除此之外，本項目發展起來的數學方法可用於研究其它細胞行為的複雜基因調控網路。結題摘要 本項目按照申請書規定的任務和要求，經過三年的努力成功地完成了研究計畫，取得的主要成果有： 1． 系統地研究了一般的質量作用定律控制的化學反應方程。核心結果是：如果這樣的化學反應系統遵循細緻平衡原理，那么相應的化學反應...
目前有利用小波變換和人工神經網路相結合的方法來檢測 EEG 信號中的棘波和尖波成分。利用小波變換(WT)對基於ANN的EEG 棘波檢測系統的輸入進行預處理 ,從而在不減少信號的信息內容和降低檢測性能的前提下減少ANN 的輸入規模 。非線性動力學分析 近年來,隨著非線性動力學的發展 ,越來越多的證據表明大腦是一個非線性...
基因組學出現以後，蛋白質組學、轉錄組學、代謝組學等學科相繼出現。為整合這些組學，一門以統計物理方法研究點集關聯（即網路）為基礎的新領域系統生物學已經建立。在生物信息及定量理論研究成分的突發增加下，許多傳統的生物分支都在發生變化，如生物化學→化學生物學、生物數學→數學生物學、生物工程學→計算生物學等...
3.省自然科學基金：人工神經網路多基因複雜疾病基因作圖技術的研究。主持（第一名）。4.市科學計畫（攻關）項目：基因連鎖定位分析數學計算機方法及套用。主持（第一名）。5.省自然科學基金：DNA與蛋白質序列分析的方法、程式與套用，主持（第一名）。6.省科學計畫（攻關）項目：人類基因定位、識別的計算機方法與套用...
3. 主持國家自然科學基金委面上項目《調控系統中網路模組的結構與功能研究》（30973980），2010.1-2012.12，30萬；4. 主持教育部2012年度高等學校博士學科點專項科研基金（博導類）《考慮染色質模板結構的隨機基因表達模型研究》（20120171110047），2013.1-2015.12，12萬;5. 主持973項目“多能幹細胞向中胚層細胞...
（2）套用Banach空間的Gateaux微分、Frechet微分、廣義方嚮導數等，證明了上述辨識與最優控制問題的最優性必要條件、平衡點的存在性及漸近穩定的條件；（3）套用Lyapunov多種函式與比較定理證明了多種類型脈衝系統的穩定性與可控性；（4）建立了蛋白質結構預測、單體型與基因型、加權網路的最佳化模型，構造了最佳化算法。經...
借用數理方法進行基礎理論的定量和實證研究應該是中醫學發展的重要方法之一。 二十年來，筆者系統地學習了高等數學、高等代數、機率論、數理統計、微分方程、實變函式、泛函分析、抽象代數、分形幾何、點集拓撲、微分流形、場論、張量分析、高等物理學、非平衡熱力學、連續介質力學、非線性動力學、計算機數值仿真技術等現代...
