《融合多種信息識別激酶特異的蛋白質磷酸化位點》是依託北京大學，由李婷婷擔任負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：融合多種信息識別激酶特異的蛋白質磷酸化位點
- 項目負責人：李婷婷
- 項目類別：青年科學基金項目
- 依託單位：北京大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
蛋白質磷酸化是蛋白質組學研究中的重要內容，本項目研究融合蛋白質結構、功能域組成、相互作用等多種信息識別激酶特異的磷酸化位點。蛋白質磷酸化是蛋白質翻譯後修飾的一種，它參與細胞中眾多的生命活動過程，對調控蛋白質的生物活性起著至關重要的作用。蛋白質磷酸化位點預測是生物信息學研究中的熱點問題，從1999年第一個基於磷酸化位點周圍的胺基酸序列進行預測的方法開始，後續工作多是通過嘗試套用新的機器學習方法實現預測準確率的提高。蛋白質磷酸化過程受到多種因素影響，磷酸化位點周圍的胺基酸序列並不能完全決定磷酸化是否發生。在這種情況下，僅僅依靠改進模式識別算法，提升預測性能的空間已經非常有限。所以，我們嘗試從另一方面著手，在胺基酸序列基礎上，融合蛋白質結構、功能域、亞細胞定位、相互作用等新信息進行磷酸化位點預測。我們期待能夠通過本項目，探索蛋白質磷酸化位點預測問題的新道路，同時也為其他蛋白質修飾研究提供借鑑。
結題摘要
本項目基本按照研究計畫完成所有預期內容，另外進一步將項目內容延伸到相關的其他蛋白質修飾領域。通過本項目：1、我們第一次融合蛋白質結構、功能域、亞細胞定位及相互作用等新信息進行磷酸化位點預測，使預測效果得到了很大程度的提升。探索了一條蛋白質磷酸化位點預測的新道路，同時該方法也能為其它修飾位點的預測提供借鑑。該部分內容發表在國際期刊PLoS One上，影響因子4.092，申請人為第一作者兼通訊作者。2、而另一方面，蛋白質翻譯後修飾包含很多類別，磷酸化只是其中的一種，根據swiss-prot資料庫的統計，乙醯化是除磷酸化外發生頻率最高的修飾，與磷酸化過程需要激酶和磷酸酯酶進行催化一樣，乙醯化過程也是由乙醯化酶和去乙醯化酶共同作用而發生的。與之前本領域的研究只關注位點本身不同，我們的思路不但能預測乙醯化的發生與否，同時也能鎖定起作用的乙醯化酶類型。我們開發了第一個乙醯化酶特異的乙醯化位點預測算法ASEB (Acetylation Set Enrichment Based)。該部分工作發表在Molecular & Cellular Proteomics上，影響因子 7.398，申請人為共同第一作者兼共同通訊作者。3、進一步為了更好的為生物研究提供服務，我們開發了線上服務平台(http://cmbi.bjmu.edu.cn/huac). 該工作發表在Nucleic Acids Research上，影響因子8.026，申請人為通訊作者。4、除了磷酸化和乙醯化外，我們也開始在蛋白質泛素化上進行嘗試，目前已建立相關資料庫，該工作發表在DATABASE上，影響因子2.071，申請人為通訊作者。基於本項目研究成果，目前標註該項目編號的文章8篇，全部為SCI收錄文章，申請人均為第一作者或通訊作者，其中3篇同時為第一作者兼通訊作者。
