《蛋白質摺疊中最佳化問題的研究》是依託清華大學,由黃紅選擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名:蛋白質摺疊中最佳化問題的研究
- 依託單位:清華大學
- 項目負責人:黃紅選
- 項目類別:青年科學基金項目
- 批准號:10201017
- 申請代碼:A0604
- 負責人職稱:副教授
- 研究期限:2003-01-01 至 2005-12-31
- 支持經費:9.5(萬元)
《蛋白質摺疊中最佳化問題的研究》是依託清華大學,由黃紅選擔任項目負責人的青年科學基金項目。
《蛋白質摺疊中最佳化問題的研究》是依託清華大學,由黃紅選擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要蛋白質摺疊中分子結構預測問題在數學上可以轉化為非凸函式極小化問題,該項目研究基於多變數部分和多層最佳化的非凸函式極小化算法,以...
本課題以蛋白質摺疊問題為研究目的,根據基因序列和胺基酸序列,研究基因序列包含的蛋白質高級結構信息;建立相對熵函式;研究蛋白質構象簡碼技術;研究改進型蟻群算法,達到搜尋時間短、不易出現停滯現象、用於求解連續空間的最佳化問題。建立...
《人工設計蛋白質的可摺疊性的高效實驗檢測與最佳化》是依託中國科學技術大學,由陳泉擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 蛋白質序列設計有著廣泛套用前景。如何設計熱力學、動力學特性以及序列多樣性與天然蛋白類似的人工序列,是並...
由計算機模擬提出,如適當計入殘基間的作用,可將從所有可能態中搜尋自然摺疊的時間減少到秒的數量級,這為著名Levinthal予盾提供一種新的解釋,從而為計算方法最佳化提供一種新思路。由溫度格林函式解析方法,得到蛋白質的變性溫度與相圖,...
《用複雜網路方法研究蛋白質摺疊》是依託北京工業大學,由王存新擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 運用複雜網路的思想方法,依據胺基酸殘基的幾何和相互作用性質,構建以胺基酸殘基為節點的蛋白質胺基酸網路,分析網路特性,研究蛋白質摺疊...
由於分層次研究,將複雜的結構問題轉化為比較簡單的問題。研究結果表明,運用多種物理方法是研究蛋白質摺疊規律的一個好方法。例如用向量投影方法和人工神經網路方法預測蛋白質超二級結構準確率達到80%以上。另外分層次結構進行研究也是一個...
《蛋白質摺疊問題的全原子分子動力學模擬研究》是依託南京大學,由張建擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 針對若干典型的蛋白質體系,結合凝聚態統計物理中最新的構象空間採樣方法和手段,利用全原子及簡化模型的分子動力學模擬,...
《蛋白質錯誤摺疊機理及其電化學特性研究》是依託南京師範大學,由蔡稱心擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白質錯誤摺疊是指蛋白質的空間結構發生某些異常的變化,從而引起蛋白質許多性質的改變,甚至某些疾病的發生。本項目的主要研究...
《蛋白質結構和摺疊規律及功能關係的動力研究》是依託中國科學院合肥物質科學研究院,由鄒良劍擔任項目負責人的專項基金項目。項目摘要 該項目套用理論物理解析和計算機的分子動力學模擬的方法研究了蛋白質分子的結構,摺疊的物理規律及其與生物...
蛋白質摺疊問題被列為“21世紀的生物物理學”的重要課題,它是分子生物學中心法則尚未解決的一個重大生物學問題。從一級序列預測蛋白質分子的三級結構並進一步預測其功能,是極富挑戰性的工作。研究蛋白質摺疊,尤其是摺疊早期過程,即新生...
蛋白質摺疊規律的研究是生命科學重大前沿課題。本課題擬構建蛋白質摺疊類型資料庫,研究蛋白質摺疊的經驗規律。研究內容包括:1、蛋白質摺疊類型信息資料庫的建立,定義規範摺疊分類的量化指標。從PDB、SCOP等資料庫出發,在已有研究工作基礎...
細胞依靠力學感測蛋白感受外部力學環境的變化而產生不同的生物學回響,如細胞分化與遷移等,因此力學感測蛋白在外加拉力作用下的去摺疊/摺疊過程不僅是個重要的物理問題,也具有重要的生物功能。本項目以重要的肌肉蛋白Titin和細胞骨架蛋白...
《蛋白質摺疊構造的新化學探針研究》是依託吉林大學,由王宗睦擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 設計、合成了具有EDTA基團或1,3-丙二胺四乙酸基團的探針共6種。部分探針的合成採用了“預製塊連結”戰略,簡化了步驟,提高了總收率...
《蛋白質摺疊的單分子力譜研究》是依託南京大學,由曹毅擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白質摺疊問題既與很多疾病相關,也是生命科學中非常重要的基礎問題。傳統的基於巨觀層面上的實驗研究極大地豐富了我們對蛋白質摺疊機理的認識。...
《合成高分子對蛋白質分子體外摺疊的促進作用研究》是依託復旦大學,由姚萍擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 按蛋白質摺疊的要求,設計併合成出一系列具有不同疏水、親水和功能基團,具有不同鏈構造的水溶性和兩親性高分子。研究這些...
《基於分子柔性和動力學信息的蛋白質摺疊機理研究》是依託北京工業大學,由王存新擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 蛋白質分子本身所固有的拓撲結構和動力學特性對於蛋白質摺疊和蛋白質-蛋白質相互作用與識別具有重要的影響。本項目旨在...
蛋白質摺疊是生物學的基本問題,但相關理論模型主要基於對可在胞外自發摺疊的、小尺寸模式蛋白的研究。C-反應蛋白(C-reactive protein, CRP)是一種典型的人類急性期因子,由五個分子量為23 kDa的相同亞基通過非共價相互作用組裝而成,...
《蛋白質摺疊過程中水合作用的NMR研究》是依託中國科學院精密測量科學與技術創新研究院,由張許擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 水通過氫鍵,靜電,疏水相互作用對蛋白質產生影響,調整蛋白質分子界面的偶極相互作用以及柔性。越來越多的...
本項目即是以這個具有beta-alpha-beta結構的小蛋白為模型,通過計算機模擬研究該蛋白質摺疊的可能機制。在研究過程中,我們嘗試建立了粗粒化模型和全原子分子動力學模型。前者的模型通過改進所得結果效果不是很理想,因此本項目主要的研究...
並分別探討了G-四聚體在分子擁擠條件下的摺疊過程和蛋白質與DNA相互作用的動力學過程。本課題對於深入探討核酸和蛋白質摺疊的機制、摺疊動力學與功能的關係等基礎性生物學問題具有重要科學意義。
同時,我們將致力於發展和最佳化相關的蛋白質動力學理論模型和構象採樣技術,拓展理論物理方法在蛋白質結構與動力學研究領域的套用範圍。結題摘要 根據研究計畫,在本項目執行中,我們運用凝聚態與統計物理和非線性動力學等學科的概念和方法,...
分析其摺疊過程熱力學和動力學特徵,探索影響蛋白質摺疊的主要因素,進而歸納總結摺疊過程的物理機制和圖象,研究序列組成與摺疊結構之間的內在聯繫。通過這樣的研究實現對蛋白質摺疊過程的基本物理內容的理解和認識。
利用協同學思想,探索蛋白質摺疊的協同模型;研究蛋白質摺疊的自動機網路並行計算方法,開發相應的超級計算算法和環境。這些工作不僅具有重大的社會經濟效益,而且也將為複雜科學的研究作出貢獻,具有重要的科學意義和廣泛的套用前景。
《vitronectin在澱粉樣變性病蛋白質異常摺疊中的作用機制研究》是依託中國人民解放軍第四軍醫大學,由王妍擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 澱粉樣變性病是一種蛋白質異常摺疊疾病,目前缺乏有效的治療手段,致死率高。抑制蛋白質...
《一種新型超快混合裝置用於蛋白質摺疊動力學的研究》是依託東南大學,由呂華擔任項目負責人的青年科學基金項目。中文摘要 本項目擬研製一種新型的超快混合裝置,並與螢光光譜分析技術相結合,用於在微秒到秒的時間標度上對蛋白質分子的...
增大PS核心粒徑或引入磁性物質,提高分離回收性能;將PNIPAAm分子鏈固定在介質上製成層析復性柱,提高復性效率及重複利用性。上述研究對於發展蛋白質摺疊的新介質和新方法,推動該技術在生物技術基礎研究和工業實踐方面的套用具有重要意義。
蛋白質摺疊的物理機制是生物物理學研究的重大基礎問題之一,它不僅是深入理解蛋白質功能的基礎,也是納米生物技術中的瓶頸。雖然經過40多年研究,這方面已取得了很大的進展,但從蛋白質胺基酸序列預測和摺疊它的三級結構仍然十分困難。這是...