《用複雜網路方法研究蛋白質摺疊》是依託北京工業大學,由王存新擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名:用複雜網路方法研究蛋白質摺疊
- 項目類別:面上項目
- 項目負責人:王存新
- 依託單位:北京工業大學
- 負責人職稱:教授
- 批准號:10574009
- 研究期限:2006-01-01 至 2008-12-31
- 申請代碼:A2014
- 支持經費:30(萬元)
《用複雜網路方法研究蛋白質摺疊》是依託北京工業大學,由王存新擔任項目負責人的面上項目。
《用複雜網路方法研究蛋白質摺疊》是依託北京工業大學,由王存新擔任項目負責人的面上項目。項目摘要運用複雜網路的思想方法,依據胺基酸殘基的幾何和相互作用性質,構建以胺基酸殘基為節點的蛋白質胺基酸網路,分析網路特性,研究蛋白質...
網路理論的興起為研究蛋白質摺疊以及結構功能關係注入了全新的思路與方法。蛋白質分子可以視作以胺基酸為節點,以殘基間相互作用為邊連線而構成的複雜系統。對胺基酸網路的分子指標和彈性網路的動力學研究將增加對蛋白質拓撲學機理的了解和研究蛋白質功能性質,為系統生物學的新理論和新方法以及蛋白質和藥物設計的研究打開...
II型分子伴侶是真核細胞/古細胞中幫助蛋白質正確摺疊的蛋白質分子機器。在其行使功能過程中,別構(allostery)運動起主導作用。但別構信號在亞基內和亞基間傳遞的分子機制卻很不清楚。最近在II型分子伴侶結構研究方面的突破提供了理解其別構機制的新機遇。本項目將從II型分子伴侶的晶體結構出發,基於複雜網路的概念和...
具體地,我們針對網路數據分析發展了基於離散 Morse 理論的關鍵點(Critical node)分析和多層次分解,並且在蛋白質摺疊和社交網路分析中取得套用; 另外我們針對網路眾包偏好/排序實驗數據,發展了基於Hodge 理論的魯棒排序方法,並且在計算機視覺相對屬性學習、多媒體主管感受質量評價中獲得套用。
研究方向 生物信息學方向 主要藉助成熟的算法並結合自己編制的軟體進行基因、蛋白資料庫構建、DNA序列分析、蛋白質結構預測、創新藥物靶點篩選、分子進化和生物分子網路行為的計算機模擬等方面的工作;計算生物化學方向 主要藉助量子化學計算、分子動力學模擬及分子對接等計算化學、計算生物學技術,研究生命起源與進化過程中的...
⑤關於蛋白質互動模組識別算法:提出了一種節點展開模型,然後定義蛋白質網路拓撲信息,基於這些定義,提出一種蛋白質互動模組識別算法。用Map reduce對具有隨機選擇思想的算法進行了並行化,具有較高的加速比。這些算法,使用Gene Ontology和pathway富集分析之後,我們發現識別的模組都有較好的生物學解釋,並且與癌症緊密...
《用複雜網路方法研究蛋白質摺疊》是依託北京工業大學,由王存新擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 運用複雜網路的思想方法,依據胺基酸殘基的幾何和相互作用性質,構建以胺基酸殘基為節點的蛋白質胺基酸網路,分析網路特性,研究蛋白質摺疊過程的關鍵殘基與活性位點。構建以蛋白質不同構象為節點的蛋白質摺疊網路,通過對...
⑴ 蛋白質結構預測與摺疊機理的研究;⑵ 蛋白質與配體的相互作用與識別以及構效關係的研究;⑶ 計算機輔助藥物設計與虛擬篩選。在研課題 ⑴ 主持2007-2009國家自然科學基金項目:“用分子模擬與分子信標實驗研究 蛋白質-DNA的結合模式”。⑵ 主持2006-2008國家自然科學基金項目:“用複雜網路方法研究蛋白質摺疊” (No...
[9] 喻祖國, 分形與小波方法在蛋白質問題研究中的套用,霍英東青年教師基金(編號 101004),2006.3-2009.3, 主持人. (1.7萬美元)[10] 喻祖國, 分形與小波方法研究蛋白質摺疊與結構預測問題, 中國國家自然科學基金面上項目, 2006-2008,主持人. (28萬元)[11] 喻祖國, 分形與統計方法在蛋白質問題研究中的...
《生物信息學導論——面向高性能計算的算法與套用》是2011年出版的圖書,作者是王勇獻、王正華。內容簡介 本書主要針對生物信息學中的典型套用,從計算方法角度介紹相關算法的原理及套用;內容分成生物學及數理基礎、生物序列分析、蛋白質組學分析以及大規模生物學網路分析等四個專題,涉及生物分子序列分析、基因發現、...