《“二型分子伴侶”別構機制的複雜網路分析》是依託揚州大學，由徐秀蓮擔任項目負責人的專項基金項目。
基本介紹
- 中文名：“二型分子伴侶”別構機制的複雜網路分析
- 項目類別：專項基金項目
- 項目負責人：徐秀蓮
- 依託單位：揚州大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
II型分子伴侶是真核細胞/古細胞中幫助蛋白質正確摺疊的蛋白質分子機器。在其行使功能過程中，別構（allostery）運動起主導作用。但別構信號在亞基內和亞基間傳遞的分子機制卻很不清楚。最近在II型分子伴侶結構研究方面的突破提供了理解其別構機制的新機遇。本項目將從II型分子伴侶的晶體結構出發，基於複雜網路的概念和方法並結合蛋白質物理模型，研究其功能過程的別構運動分子機制。我們將構建殘基層次的相互作用網路(胺基酸網路)，並基於生物物理領域最近發展起來的蛋白質多尺度相互作用方法提取胺基酸網路的物理相互作用權重。通過分析加權胺基酸網路的群落分布、節點介數、點強度、以及其他表征節點重要性的拓撲性質來理解II型分子伴侶實現別構運動的結構和物理相互作用基礎。同時，通過求解輸運方程分析別構信號在胺基酸網路中的輸運特性以及對別構運動關鍵的胺基酸位點。本項目研究將為理解蛋白質的結構和功能關係提供新啟示。
結題摘要
根據研究計畫，本項目中，我們運用複雜網路的概念和方法，圍繞蛋白質分子機器“II型分子伴侶”的功能運動開展了系統研究，構建了II型分子伴侶單亞基及全分子的殘基相互作用網路，並基於蛋白質物理模型構建了相互作用網路的權重，分析了別構運動的結構和相互作用基礎。同時，本項目通過解析分析的方法研究了二分圖描述的合作網路中參與者節點的項目度分布特性及其影響因素。本項目如期完成了項目主要計畫任務，實現了預期目標，並在原研究計畫基礎上做了部分拓展。目前，本項目部分研究結果已完成論文初稿，將於近期投稿。項目中所發展的部分算法已發表國核心心期刊論文1篇。
