華東理工大學化學與分子工程學院的前身化學與製藥學院是根據學校事業發展的需要,在原精細與製藥工程學院、理學院化學學科、基礎教育學院基礎化學教研室的基礎上,於1998年10月成立的。2006年3月,學校學科布局和院系調整後,化學與製藥學院更名為化學與分子工程學院。學院化學學科始建於1952年,源於染料及中間體專業,1956年招收第一屆研究生。自2010年起,化學學科ESI國際排名已處於Top1‰,躋身世界一流。學院現下設2個系:化學系、精細化工系;3個研究所:精細化工研究所、工業催化研究所、套用化學研究所;2箇中心-化學實驗教學中心、分析測試中心。
2018年12月10日,榮獲首批全國黨建工作標桿院系培育創建單位。