他提出基督二性連線說（連線，conjunction，希臘語：sunapheia）。基督二性二位說則是亞歷山大學派在會議上對他的基督論所提出的罪名。聶斯脫里認為童貞女瑪利亞只是生育耶穌肉體，而非付予神性，因此反對將她神化、禮敬，以「基督之母」（希臘語：Χριστοτόκος）的稱呼取代「上帝之母」（也作「生神者」，希臘語：Θεοτόκος）。對於反對稱呼馬利亞為「生神者」並非聶斯脫里首先提出的論述，而是由一位長老亞他那修所提出，聶斯脫里本著為真理辯護的的熱情提文支持此說法。對於聶斯脫里而言，他所要批評的是亞歷山大學派過度強調耶穌的神性（拿先素斯的貴格利提出：「基督被動的肉身與神主動的神性融合，人性逐漸消失在神性之中，仿佛水溶在大海里。」）安提阿學派所強調是耶穌真實存在在歷史之中，所以耶穌擁有完整的人性即是有理性、感性與自由意識。所以聶斯脫里所反對的是亞歷山大學派對於基督兩性融合為一新性的說法。但清楚的區分使得亞力山大學派抓住了聶斯脫里認為基督有兩個位格的說法。428年，聶里脫里出任君士坦丁堡牧首，引起亞歷山大宗主教奚利爾（Cyrillus of Alexandria）猛烈抨擊。公元431年，以弗所會議（Ecumenical Council of Ephesus） 召開後，多個派別的衝突雖然被調解，但是聶氏被革除牧首的職務，其教派亦定作異端，最終客死在埃及。
1994年11月11日教宗若望保祿二世與東方教會簽署了《共同聲明》，天主教放棄在第三次大公會議──以弗所會議上對於聶斯脫里的裁定，轉而接受其提出對於瑪利亞的稱呼「基督之母（Mother of God）」或「我們上帝救主基督之母（the Mother of Christ our God and Savior）」
