等位基因特異性PCR( allele specific PCR,AS-PCR ),是指利用引物與模板之間的鹼基錯配可以有效地抑制PCR反應,進而達到模板區分(等位基因區分)的目的。
簡介
早期的改進方法
Bottema 等(1993)提出兩個解決方案:一是設計引物時,如果引物3'末端可能與樣品模板形成延伸率高的鹼基錯配,那么可以考慮以其互補鏈作為模板,從而避開這些高延伸率的錯配。二是把控制PCR反應的關鍵成分稀釋到接近極限的濃度。由於錯配延伸效率畢竟比正配延伸要差,在擴增資源極低的情況下,錯配延伸即使發生,也達不到可被顯示出來的水平,因此避免了假陽性結果。但是,這兩種方案都需要大量實驗來對實驗條件進行摸索最佳化,因此目前已較少被採用。
1. 在3‘末端附近引入額外錯配
2. 腺苷三磷酸雙磷酸酶介導的等位基因特異PCR法(apyrase-mediated allelespecific extension, AMASE)
3. 焦磷酸解激活的聚合反應法(Pyrophosphorolysis-activated polymerization, PAP)
4. 改進酶效率
5. 鎖定的核酸技術(locked Nucleic Acid, LNA)