基本介紹
總體情況,百花齊放,試鋒礪刃,科技產出,產業發展,調整布局,促進轉變,縱橫連營,不拘一格,著眼未來,深入實施,
總體情況
1998年初，黨中央國務院批准中國科學院實施知識創新工程，建立國家創新體系的序幕由此徐徐拉開。八年鏖戰，八年搏殺，中科院不斷加強戰略研究，不斷深化對建設國家創新體系的認識，不斷深化對科技創新規律的認識，著力提高自主創新能力，在推進中國特色國家創新體系建設中，譜寫了新時期一支威武雄壯的奏鳴曲。
在推進國家創新體系建設中，中科院初步實現了由單純以學科為主進行科技布局向根據國家戰略需求和科技發展態勢聚焦創新目標並優選創新領域的轉變，由以跟蹤為主向以原始科學創新為主的轉變，由以模仿為主向關鍵技術自主創新與重大系統集成為主的轉變，由以分散的研究模式為主向加強跨學科、跨所力量的組織與凝聚、產學研緊密結合轉變。
2005年底，美國哈特森研究所(Hudson Institute)發表了一份《中國向前跳了一大步》的科技競爭力分析報告，報告重點分析了我國的三個自主創新案例，其一是，中國未來幾年將發射100顆衛星，從而形成全球地面觀測系統，其二是曙光4000－A超級計算機，其三是能支持Linux和Windows作業系統的龍芯2號CPU晶片。
美國國會智囊機構的這份報告，從一個側面反映了中國科學院知識創新成果的分量。眾所周知，曙光4000－A超級計算機和龍芯2號CPU晶片來自中科院計算技術研究所，而將形成全球地面觀測系統，也有中科院所作的重大創新貢獻，其中包括中科院微系統研究所為主研製的創新一號存儲轉發通信小衛星。
1998年初，黨中央國務院批准中國科學院實施知識創新工程，建立國家創新體系的序幕由此徐徐拉開。中科院肩負著歷史使命和社會責任，確定了“面向國家戰略需求，面向世界科學前沿，加強原始科學創新，加強關鍵技術創新與系統集成，攀登世界科技高峰，為我國經濟建設、國家安全和社會可持續發展不斷作出基礎性、戰略性、前瞻性的重大創新貢獻”的新時期辦院方針。
八年鏖戰，八年搏殺，中科院不斷加強戰略研究，不斷深化對建設國家創新體系的認識，不斷深化對科技創新規律的認識，著力提高自主創新能力，在推進中國特色國家創新體系建設中，譜寫了新時期一支威武雄壯的奏鳴曲。
百花齊放
駿馬奮蹄奔騰，一幅威武雄壯的西征軍隊圖。只要胡偉武打開他的攜帶型電腦，這幅圖畫就躍然出現在螢幕保護程式上。
龍芯CPU充分體現了我國在該領域的自主研究和設計能力，以至於在2004年10月，世界頭號CPU設計廠商的英特爾處理器技術主管Borkar不由地說：“龍芯2號的突飛猛進讓人感到恐慌，其研發團隊的設計和開發能力提高得相當迅速。”
“我們要做中國人能接受並用得起的計算機!”一直是中科院計算技術研究所所長李國傑院士的夙願。如今，龍芯2號不但在江蘇省建立了“夢蘭龍芯”產業化基地，成批生產的以龍芯CPU為心臟的國民電腦，也已在西北甘肅省偏僻的黃羊川落戶。“研製具有自主智慧財產權的通用微處理器晶片，實現龍芯的產業化已成為不可動搖的國家意志，讓國民都能用上1000元以下物美價廉的電腦，是我們矢志不移的努力方向!”李國傑說。
以2004年為例，中科院推出的創新成果就有“載人航天工程套用系統總體與配套任務”等90項，猶如“百花齊放”。
創新一號存儲轉發通信小衛星上天，中科院高層領導運籌帷幄，研究所上下眾志成城，攻克了以主動磁控為主的三軸穩定姿態控制技術等多項關鍵技術，使我國低軌衛星通信技術總體水平上了新台階，現已成為科技部、國防科工委和上海市等認定的小衛星研發基地，今後國家戰略需求的任務更飽滿。
在全球能源普遍緊張的今天，俗稱“煤變油”的重大項目，全面實現了中試廠模擬工業化運行，成功解決了關鍵工程技術——催化劑的有效分離問題，建立了系統的催化動力學研究方法，完成了工業化示範廠的成套自主產權技術方案。
中科院山西煤炭化學所煤間接液化合成油技術取得的突破性進展，標誌著我國已基本掌握了自主智慧財產權煤合成油的核心技術，為“煤變油”工業示範及其產業化奠定了技術基礎。
2005年10月15日，隨著汽笛高亢的嘶鳴，裝載援藏物資的列車陸續抵達拉薩，實現了世界在高原凍土上修建鐵路的輝煌壯舉。青藏鐵路成敗的關鍵在路基，路基成敗的關鍵在凍土，凍土路基的穩定性是青藏鐵路工程建設面臨的最大難題之一。中科院寒區與旱區研究所承擔的青藏鐵路工程凍土路基築路關鍵技術與示範工程，率先提出“主動冷卻路基、積極保護凍土”的工程設計思路，用於指導鐵路設計和施工，受到鐵道部門的肯定。參與編制的《青藏鐵路多年凍土區工程勘察暫行規定》和《青藏鐵路多年凍土區工程設計暫行規定》，成為青藏鐵路勘察、設計、施工的技術原則和指南，使得鐵路建設者優質高效地完成了青藏鐵路全線鋪通任務。
隨著知識創新工程的不斷推進，中科院的重大創新成果不斷湧現，讓人目不暇接：高質量完成了載人航天工程套用系統總體及配套任務；自主研製成功 “曙光”、“深騰”系列超級計算機等。編撰完成了5000多萬字的浩浩長卷、囊括中國全部植物種類的《中國植物志》等。雷射物理、生命進化和有機分子簇集基礎研究取得重大突破；量子信息基礎研究取得重要進展；基因組測序與研究進入世界先進行列；在世界納米科技前沿占有一席之地等。在事關國家安全的科技創新方面，也取得了一批重大創新成果，為國家安全作出了戰略性貢獻。
知識創新工程的實施在國內外引起了廣泛反響，促進了全社會創新意識的提升，增強了我國科技界的創新自信心，擴大了我國科學在國際科學界的影響。
試鋒礪刃
我們看到了一幅“全家福”照片：作為“家長”的饒子和居中，他們個個年輕、開朗，在陽光的照耀下，笑得非常燦爛。孫飛是蹲在前排最左邊的一位，極易讓人誤以為是位在讀的大學生。拍這張照片，是因為他們知道Cell(《細胞》)雜誌第二天要發表本課題組的論文，也算是個小小的慶祝。
2005年7月1日出版的Cell雜誌，以15頁的篇幅刊登了一項最新研究成果，這是25年來我國本土科學家的原創性成果首次在這一生命科學領域的國際頂尖雜誌上亮相。饒子和領導的8位中國青年科研工作者歷時3年多，率先在世界上解析線粒體上一個和呼吸氧化作用密切相關的膜蛋白複合體的三維精細結構。
這篇《線粒體呼吸鏈膜蛋白複合物II的晶體結構》論文，孫飛是第一作者，饒子和是通訊作者，如人們形容國際論文的一般慣例那樣，第一作者是“先鋒”，通訊作者是“主帥”，今年才26歲的博士生孫飛便是這樣的一位“先鋒”。
“他們年紀雖輕，但現在都挑起科研的大梁了。”作為研究所所長，也作為課題組組長的饒子和滿心喜悅地說。他的弟子包括26歲的博士生楊海濤。楊海濤是發表在《美國科學院院刊》和PloS Biology上兩篇具有重要影響論文《SARS冠狀病毒的主要蛋白酶結構》和《設計抗冠狀病毒主蛋白酶的廣譜抑制劑》的第一作者。
青年科技人才也已成為中科院計算所的科研主力。該所科研人員平均年齡只有32.5歲。通過“百人計畫”從海外引進的9名青年傑出人才，都已成了學術帶頭人和部門領導。榮獲2004年度“中國十大科技新聞人物”的胡偉武、孫凝暉，也是30多歲的年輕人。
通過知識創新工程的實施，中科院已經順利完成隊伍代際轉移。2004年，在創新崗位聘任人員中，45歲以下的占77%，所級領導幹部平均年齡47歲。優秀人才脫穎而出，使得科技領軍人物群體不斷發展，僅獲國家傑出青年基金項目資助者就達到470人。
中科院的研究生教育快速發展，2004年底在學研究生達3.4萬人，培養質量持續提高。如今，中科院研究生院的年輕學生，在國際一流期刊發表論文已不是新鮮事：華南植物園在《自然》上發表論文，第一作者就是博士研究生王英強；動物研究所在《科學》雜誌上發表論文，博士研究生李文東是第一作者；上海生命科學院的蔣輝、管吉松等研究生也先後在《細胞》雜誌上發表了論文。
科研教育緊密結合、相互促進，中科院形成了既出高水平創新成果又出高水平人才的嶄新局面。
科技產出
在SCI上發表的論文，生物物理所2004年的影響因子是4.2，到2005年則超過了5.1，所長饒子和說：“從2006年開始，我們可以不強調SCI了，我想即便我們不強調，影響因子也不會往下掉，我們現在考慮的是要在國家創新體系中起到'骨幹’和'引領’作用，是更高境界上對國家和世界作出貢獻!”
誠如斯言，近年來中科院科技產出數量質量大幅提升，讓人刮目相看。2004年，中科院發表SCI論文較1998年增長115%，總量已約為德國馬普學會的2倍；在國際各領域居前20位學術刊物上發表的高質量論文數量，已占全國同期總量的一半以上，其中在Nature和Science上發表論文28篇，占全國的50%；發明專利申請與授權量較1998年分別增長3.2倍和18.6倍。
國際權威刊物Cell之前25年來從未發表過中國科學家的論文，但就在2005年，發表在該刊上的中科院論文卻接二連三。作為其中的作者之一，上海神經科學研究所的青年科學家張旭讀出了另一層意義。他說，以前國內學者只要在國際著名雜誌上面發一篇文章，就似乎成了英雄，“從2005年開始，生命科學領域的'英雄時代’結束了”。“今後大家可以用平常心對待論文發表，回歸科學研究的本義。”
如何在國家創新體系中起到應有的“骨幹”和“引領”作用，李國傑院士有個很好的闡述：“方式之一是積極參與制定國家技術標準，在推動新標準的建立中起到特殊的作用。”其中，由中科院計算所牽頭、100多個企業參加制定的音視頻編解碼AVS標準，就是我國按國際慣例制定技術標準的一個範例，已得到國際同行的認可與重視。
中科院眾多的創新“英雄”，更是把自己的“論文”寫在了無邊蒼穹，寫在了廣袤大地。
產業發展
2005年4月，國際著名的學術刊物《化學》上有位美國專家撰文稱：中國南方的中科院上海有機化學所，它與工業界的聯繫非常密切、廣泛，不像北方別的一些城市裡的科研機構，與工業界的聯繫幾乎是一片空白!
有機化學所所長姜標開心地笑了：研究所不但2002年填補了國家連續四年自然科學一等獎的空缺，高技術研究和產業化輻射也捷報頻傳，其中如研發的一類具有全新結構和高效除草活性的農藥先導化合物，不但實施了國內外發明專利保護，還在此基礎上開發出新型高效油菜田除草劑——丙酯草醚和異丙酯草醚，成為我國為數不多的具有自主智慧財產權的農藥新品種，僅2004年油菜田推廣面積就已達到200萬畝，產生了很好的經濟效益和社會效益。
把原創性的基礎研究和高技術研究、產業化的技術輻射緊密結合在一起，與社會資源要素組合，形成國家創新體系中一條環環相扣的產業鏈，成為中科院許多研究所的目標。
由中科院物理研究所與聯想投資有限公司等聯合，蘇州星恆公司一成立就致力於車用鋰離子動力電池的產業化。2004年，星恆公司架設了國內第一條動力鋰離子電池生產線。經過近兩年的努力，星恆公司的產能已經達到2000隻/天，一次通過率超過90%。以物理所先進的鋰離子動力電池及其關鍵材料技術為基礎，公司進行工藝和裝備創新，走通了“手工—機械化—半自動化”的道路。目前，公司的電動腳踏車用鋰電池已通過國內外相關權威機構認證，進入了國內外市場。全國人大常委會副委員長、中科院院長路甬祥認為，星恆公司以中科院物理研究所先進的技術和聯想先進的管理經驗結合，是自主創新的科技成果走向市場的範例。
經國務院批准，2002年，中國科學院國有資產經營管理有限責任公司成立，對持股企業行使國有資產主人的權利。據統計，通過技術轉移和轉化，僅2004年中科院就為地方新增銷售收入359億元，利稅近68億元；院、所投資企業營業收入568億元，利稅39.4億元，為社會提供就業崗位6萬餘個。作為促進我國高技術產業發展的基地，開展具有產業化前景的套用技術開發與集成，自覺與社會生產要素緊密結合，中科院引領的步子邁得越來越紮實。
調整布局
這個研究所的名字頗費琢磨：2001年前它叫中科院上海冶金研究所，後更名為中科院上海微系統與信息技術研究所。
它在研究什麼金屬的冶煉？2003年10月21日，“創新一號”小衛星在中國發射成功。有些人開始恍然大悟：原來這個研究所是“冶煉”衛星的。
冶金“冶”出了顆衛星，該所現任所長封松林的話揭開了謎底：“我們這幾年實施知識創新工程的最大特色，就是在凝練科研目標中進行了成功的轉型。”
上個世紀90年代中期，國際上半導體、微電子等科學技術及其產業處於重大轉折點，美國留學歸來的江綿恆博士出任了研究所所長，他和領導班子把握世界科技發展大勢，認為必須立足本所曾經有過優勢的材料和器件領域，立即進行轉型，果斷作出了學科結構調整、體制結構更新的決策，瞄準了如小衛星技術、MEMS技術等信息和通訊領域全新的科研目標。
由“冶金所”脫胎而出，在短短的八年時間裡，研究所已為中科院、更為我國開闢了四大學科方向和重要研究領域，第一是無線感測與網路；第二是MEMS，特別是以國家重大戰略需求作為服務對象的感測器，已經可以定型批量生產；第三是小衛星領域；第四是G4先進無線通訊技術。
通信技術不能“頂天立地”，過去一直是國家知識創新體系主力軍的中科院的高層領導隱隱的心痛。見微知著，未雨綢繆。在知識創新中凝練科研目標，微系統所開拓了中科院過去技術很薄弱的無線通信領域，選擇無線通信切入，從基礎研究和高技術套用的結合部突破，超越3G，直接瞄準4G，已經有了很好的進展。
管中窺豹，可見一斑。八年來，中科院進行了建院以來涉及面最廣、意義最為深遠的科技布局調整，較大幅度凝聚與提升了科技創新目標，部署了一批新的科技生長點，大幅增強了自主原始創新和系統集成能力，整體科技布局更加適應我國經濟社會發展戰略需求和世界科技發展趨勢。
促進轉變
神舟六號飛船載人航天飛行圓滿成功，中科院在飛船有效載荷、配套材料與設備、空間環境保障、空間科學研究等方面進行了大量開創性的工作，高質量地完成了有效載荷和空間天文分系統的研製，建成了系統集成測試系統、有效載荷套用中心和空間環境預報中心，開展了幾十個課題的科學研究，攻克了近百項關鍵技術，創造了一百多項具有自主智慧財產權的新技術、新方法，取得了飛船套用試驗的圓滿成功。
神舟六號相關工作的例證足以充分說明，中科院在推進國家創新體系建設中，科技布局不斷最佳化，初步實現了由單純以學科為主進行科技布局向根據國家戰略需求和科技發展態勢聚焦創新目標並優選創新領域的轉變，由以跟蹤為主向以原始科學創新為主的轉變，由以模仿為主向關鍵技術自主創新與重大系統集成為主的轉變，由以分散的研究模式為主向加強跨學科、跨所力量的組織與凝聚，產學研緊密結合轉變。
中科院的學科交叉不斷擴展。通過政策引導、資源調控、項目組織和建設非法人研究單元等措施，大力加強學科交叉。系統集成能力大幅增強，原有121個研究所整合為89個研究所，組建了數學與系統科學研究院、光電研究院、上海生命科學研究院等具有多學科綜合優勢並能有效系統集成的大型研究機構，建設了若干多所聯合的綜合性科技創新基地。
這裡，一台光學儀器就像一個延伸的炮筒。新年伊始，全國科技大會隆重召開，在北京展覽館亮相的中科院安徽光機所的多項成果，不由得讓大家注目。
安徽光機所近年來以“保護資源環境，實現和諧發展”為主題，研發的“863”項目“機動車尾氣遙測車”、“城市空氣品質自動監測設備”、“煙氣排放連續監測系統”、“氣溶膠雷射雷達”等眾多光學監測設備已替代了同類進口設備，“可調諧紅外雷射差分吸收機動車排放道邊自動監測系統”完成了成果產業化，已成功套用於北京、重慶等城市。長光程差分多組分污染監測設備在不改變硬體設備的前提下，僅通過污染物吸收標準譜，就可以監測許多無機污染氣體以及多種無機物，達到國際領先水平，深受環境監測與保護領域用戶和專家好評。
“我們的'炮筒’要實現對城市污染源的實時線上'跟蹤’，首先就要實現過去科研以'跟蹤’為主，向今天以原始科學創新為主的轉變!”安徽光機所所長劉文清說。
“劍氣沖星斗，文光射日虹”。中科院新的科技生長點不斷形成。新建了北京基因組研究所和青藏高原研究所，與研究型大學聯合組建了國家納米科學中心，與地方共同新建了廣州生物醫藥與健康研究院和寧波材料技術與工程研究所，與法國巴斯德研究所共建上海巴斯德研究所等。新建了物理研究所國際量子結構中心、中國科學院—馬普學會計算生物學夥伴研究所等一批非法人研究機構。通過引進領銜科學家，組合國內外優秀青年科技人才，形成了“聚合物科學與材料研究團隊”等一批起點高、方向新的科技創新團隊。
縱橫連營
進入21世紀，中科院在繼續支持科研人員與社會力量結合創辦高技術公司的同時，花了相當大的精力探索如何在更大的範圍內輻射技術成果。計算技術研究所找到的一條途徑是與地方政府，特別是與沿海地區的高技術園區合作，建立以技術轉移和人才輻射為目標的分部。
近年來，計算技術研究所在上海、蘇州、寧波、東莞、肇慶等地建立了若干分部，這些分部既是當地的公共技術平台，又是計算所的技術輻射中心，得到了當地政府和企業的積極支持，呈現出良好的發展勢頭。比如，上海分部牽頭成立了AVS-M產業聯盟；蘇州分部成立了“江蘇省積體電路測試服務中心”；在東莞成立了廣東電子工業研究院等。通過建立分部，計算所將逐步發展成為網路型研究所。
理化技術研究所通過知識創新，光化學方法合成維生素D3生產新工藝、混合工質製冷系列超低溫貯存箱、CTP印刷板材及套藥等產業化項目取得了重大成果。其中，維生素D3光化學生產新技術由浙江花園集團接產，年產量已達30噸以上，成為世界上最大的維生素D3生產廠家，截止到2004年底，企業累計實現銷售額6億元，利稅約1.3億元。
2005年歲末，以中科院福建物質結構研究所為依託，國家光電子晶體材料工程技術研究中心正式立項組建，三年前由中科院和福建省合作共建的福建光電子材料工程技術研究中心，從此升格到國家級規劃建設的層面，顯示了地處海峽西岸的福建省，已擁有一支以中科院物構所為排頭兵的自主創新中堅力量。
產學研結合促進成果轉化，中科院加強與地方和企業的合作，共建技術研發與轉移組織，探索網路型研究所等新的發展模式。組合使用政策與經濟槓桿，推動研究所與企業共同承擔各類科技任務，加強中試、示範、孵化及培訓，加快技術成果轉移轉化；鼓勵“人才+成果”進入市場，發展高技術企業，產學研結合、適應社會主義市場經濟環境的科技成果轉移轉化模式初步形成。
不拘一格
拿美國護照的陳凌博士，走進了中科院第十九期所局級領導幹部上崗培訓班，在北京懷柔的“黃埔軍校”里度過了十天。“能夠回中國參加科研工作，我的感覺很好。”陳凌由衷地說。
陳凌是美國默克研究中心的愛滋病疫苗的主要發明人，2004年底，他在中科院的全球公開招聘中脫穎而出，成為在理事會領導下的中科院廣州生物醫藥與健康研究院首任院長。
生物醫藥與健康研究院2004年4月正式籌建以來，在人才招聘、實驗室建設等方面取得了實質性進展，目前已經組建了16個研究團隊，吸引了10多位在海外有長年科研工作經驗的專才加盟。該院關注全球流感及禽流感疫情的發展態勢，潛心於相關藥物與疫苗的研發，已經取得一些突破性進展，以致路甬祥院長在視察該院時，不由地用了三個英文詞來概括感受：impressive(感動)、surprise(驚訝)和excellent(優秀)。
此前的2000年，美國加州大學聖地亞哥分校教授、外籍華人神經生物學家蒲慕明在眾多科學家的舉薦下，擔任中科院神經研究所所長，開創了國立科研機構由外籍人士擔任所長的先河。鑒於蒲慕明先生的卓越貢獻，最近國家向他頒發了2005年度國際科技合作獎。
2004年10月底，由中科院昆明動物研究所主辦，第一屆國際靈長類生物醫學研討會在昆明隆重召開，《自然》雜誌迅速報導了這一盛會。看到該所擁有1400多隻實驗用猴子和科研實力雄厚的靈長類實驗中心，來自美國亞利桑那州大學神經生理學家Fraser Wilson很受鼓舞，決定留在昆明動物所長期從事研究工作。2005年，Fraser Wilson教授承擔了“獼猴前額葉——頂葉在不同空間坐標系處理信息的作用”研究項目，得到了我國自然科學基金會的資助，這也是我國自然科學基金對“高鼻樑、藍眼睛”的外國學者給予資助的首例。
而26歲的孫飛博士剛畢業，就通過生物物理所專家委員會的評審，被破格聘為了研究員。
中科院在創新中全面推行人事制度改革，“按需設崗、按崗聘任、擇優上崗、動態更新”。2001年，停止了傳統的職稱評定工作。梁棟材院士說：“像孫飛這種'破格’的情況，要是在過去完全不可能做到，他實際上是'連破三格’，從助理研究員、副研究員，直接被聘為研究員。”
“環觀宇內多英傑，龍馭烏雲虎嘯風”。經過幾年來的不懈探索，中科院已初步形成了公平公正、有效激勵、競爭擇優、和諧合作、流動有序、動態最佳化的用人新機制，初步實現了人員能進能出、職務能上能下、待遇能高能低，顯著增強了科技人員的競爭意識，有效激勵了科技人員的創新積極性，為優秀人才脫穎而出創造了良好的制度環境，同時也為全國科研事業單位人事制度改革提供了經驗。
著眼未來
抵上海，馬不停蹄；赴蘭州，風塵僕僕。在2005年夏秋之際，由路甬祥院長帶領著戰略規劃的相關人員，幾乎跑遍了中科院的所有研究所，開展對知識創新單位的全面調研，部署將進入的知識創新第三期工作。
中科院制定的知識創新工程三期的發展目標是：引領與帶動中國特色國家創新體系建設進入以提升自主創新能力為主的新階段，有效提升我國原始科學創新、關鍵技術創新和系統集成能力，著力提高解決當前和未來我國經濟社會發展的重大科技問題的能力，著力提高為落實科學發展觀提供知識基礎和技術支撐的能力，著力提高保障國家安全、應對世界新軍事變革的能力。
胡錦濤總書記代表黨中央，在全國科技大會上提出了殷切期望，出“一流的成果、一流的效益、一流的管理、一流的人才”，成為中科院全體將士出征的奮進號角。
中科院在進一步推進結構調整、建設現代科研院所制度的同時，將遴選重點領域，突破學科壁壘，突破研究所局限，突破基礎研究、套用研究和高技術研發的分割，發揮綜合優勢，加強具有明確目標導向的交叉和重大前沿部署，建設信息科技、空間科技等10個創新基地。
“未來美國創新特遣部隊”，包括美國電子協會、美國物理學會、材料研究學院等28個學術機構和英特爾、微軟這樣的世界著名公司。
“刑天舞乾戚，猛志固長在”。為在2020年把我國建設成為創新型的國家，我們需要一支像中科院這樣的“創新特遣部隊”!
深入實施
溫家寶主持召開國務院常務會議聽取中國科學院實施知識創新工程的匯報
2010年3月31日，國務院總理溫家寶主持召開國務院常務會議，聽取中國科學院關於實施知識創新工程進展情況的匯報，決定繼續深入實施知識創新工程，著力解決關係國家長遠發展的重大科技問題。 會議指出，1998年，黨中央、國務院作出建設國家創新體系的重大決策，決定由中國科學院開展知識創新工程試點。目前，試點目標任務已經完成，在戰略高技術、重大公益性創新和重要基礎前沿研究領域取得了一批重大創新成果，帶動了國家創新體系建設，提高了科技支撐經濟社會發展能力和我國科學技術的國際競爭力、影響力。
會議強調，為應對國際金融危機，迎接新科技革命挑戰，促進經濟社會可持續發展，2011年至2020年要繼續深入實施知識創新工程，以解決關係國家全局和長遠發展的基礎性、戰略性、前瞻性的重大科技問題為著力點，重點突破帶動技術革命、促進產業振興的前沿科學問題，突破提高人民民眾健康水平、保障改善民生以及生態和環境保護等重大公益性科技問題，突破增強國際競爭力、維護國家安全的戰略高技術問題。按照“一流的成果、一流的效益、一流的管理、一流的人才”的要求，經過10年努力，大幅提升創新能力，實現科技創新整體跨越。為此，一要明確科技創新的戰略重點，在戰略性科技問題、創新跨越重要方向、前沿領域先導研究三個方面，重點安排和組織創新活動。二要組織實施戰略性先導科技專項，形成重大創新突破和集群優勢。調整最佳化布局，建設區域創新集群和開放的創新基礎設施。深化院所改革，形成有利於鼓勵創新的體制機制。三要培養造就創新人才，建設規模適度、結構最佳化的創新隊伍。完善競爭擇優聘用機制和分配激勵約束機制。健全與科技創新緊密結合的教育體系。四要加強與企業、產業部門、地方、大學和其他科研機構以及國際的科技合作，吸納國際創新資源，促進產學研結合，加快科技成果轉化。
會議要求，有關部門要加大政策支持和保障力度，中國科學院要制定實施方案，落實工作責任，確保完成知識創新工程跨越發展的目標任務。
會議還研究了其他事項。
