瓊海市國家稅務局為正科級全職能局。內設機構設定6個，級別為正股級。內設機構對外稱“科”。派出機構設定6個，級別為副科級。
內設機構,辦公室,政策法規科,徵收核算科,納稅服務中心,人事教育科,監察室,派出機構,
內設機構
辦公室
辦公室職能：擬訂本單位年度工作計畫、有關工作制度；組織起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼、保衛等工作；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；管理機關其他行政事務；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案的有關事項；負責外事接待。
財務管理職能：擬訂財務管理、基本建設管理等辦法；審核彙編部門預算、決算；組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核徵稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；組織實施本單位資產的購置、占有、使用、處置、清理等工作；管理機關財務工作；承擔著裝管理工作。組織落實政府採購規章制度，擬訂具體實施辦法和操作規程；擬訂年度採購計畫，辦理具體事項；規範本單位政府採購業務管理，防範和化解採購風險；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品採購審計和領導幹部經濟責任審計工作。
機關服務職能：承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施和監督檢查；參與機關後勤體制改革工作；指導本單位後勤服務工作。
政策法規科
政策法規職能：擬訂並組織實施本單位依法行政、依法治稅工作方案；組織協調涉及多稅種、綜合性稅收政策的落實工作；組織開展綜合性稅收政策調研；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作，並定期進行清理、評估和反饋；承辦局外涉及多稅種、綜合性稅收政策檔案會辦工作；負責規範稅務行政審批工作；承辦稅收規範性檔案的備案備查工作；辦理行政複議、賠償案件及行政訴訟案件；組織反補貼案件的應對工作。
貨物和勞務稅職能：組織實施增值稅、消費稅、車輛購置稅（機車、農用車、拖拉機）的徵收管理，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的稅收風險分析、稅源管理等辦法；負責增值稅專用發票和普通發票的使用管理；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作。 組織落實出口退（免）稅相關政策；組織實施出口貨物稅收函調；組織實施應徵稅出口貨物的徵收管理；組織實施外商投資企業採購國產設備退稅監管；配合實施出口退（免）稅檢查；配合實施其他征退稅銜接工作。
所得稅職能：組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦 法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的稅收風險分析、稅源管理、稅基管理、彙算清繳等辦法；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作。
承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協定、協定（安排）的具體執行工作；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題。
徵收核算科
徵收管理職能：組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體操作辦法；研究提出專業化徵收管理和稅收征管規程完善的建議；負責稅務登記等戶籍管理以及納稅申報管理制度的制定；組織實施稅收征管數據管理和套用辦法，承辦征管質量考核和稅收收入征管因素分析工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。組織落實稅收管理信息化建設規劃、方案、制度；組織實施本單位信息技術體系建設和監督、驗收；承擔稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等方面的管理工作；承擔稅收管理信息化制度建設和監督檢查。
納稅服務中心
納稅服務職能：組織、協調和指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性檔案；負責稅務登記、涉稅文書的受理、審核、傳遞和反饋；負責納稅申報和稅款徵收；負責增值稅專用發票、普通發票和稅收票證的計畫、調撥、供應、庫存等內部管理；負責發票發售、繳銷、代開等工作；負責車輛購置稅（機車、農用車、拖拉機）業務的具體徵收管理工作；負責稅控器具推廣套用；組織協調、實施納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；負責全局的納稅服務管理工作。
信息中心職能：承擔本單位信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障工作；參與擬訂稅收管理信息化建設規劃和實施方案，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；組織本單位信息安全管理與實施。
人事教育科
人事教育職能：組織落實幹部人事制度及稅務人才隊伍建設規劃，擬訂具體實施方案；承擔人事、機構編制和公務員管理工作；承擔下一級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督等工作；監督檢查本單位執行幹部人事規章制度情況；辦理出國手續有關事項。
擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育管理制度、工作規劃、年度計畫；組織開展培訓質量考核與評估；承辦教育培訓項目的開發與管理；承擔教育培訓經費管理；指導、檢查本單位教育培訓工作。
離退休幹部管理職能：承擔機關離退休幹部的服務和管理工作；督促、檢查、指導本單位離退休幹部工作；組織離退休幹部工作經驗交流，協調本單位離退休幹部活動。
監察室
監察職能：組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查本單位各部門及工作人員貫徹執行黨的路線方針政策和遵守國家法律法規、部門規章情況；監督檢查本單位各級領導班子及其成員維護黨的紀律、貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
監督職能：組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性檔案執行情況的監督檢查；組織落實稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度，承擔稅收執法質量考核工作；督察落實稅收執法檢查結論和各類審計結論；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
