民族區域自治制度中的核心和關鍵所在，是民族自治機關擁有的自主權力的總稱。自治權的行使必須依照《憲法》和《民族區域自治法》，處理好中央統一與民族自治，國家事務、地方事務與民族事務的關係。
民族自治權，是在國家統一領導下，民族自治地方的自治機關行使的由《憲法》和《民族區域自治法》賦予的權力。
第一，立法權。其一是自治條例和單行條例的制定權。民族自治機關的人民代表大會可以根據當地民族的政治、經濟和文化特點制定自治條例和單行條例等地方性自治法規，按法定程式經上級機關批准後生效。其二是法律變通執行權。上級國家機關的決議、決定、命令和指標，如果不適合民族自治地方實際情況，自治機關可以報經上級國家機關批准，變通執行或者停止執行。
第二，經濟建設自主權。在國家計畫指導下，根據本地的特點和需要，自主地安排和管理本地的經濟建設事業。
第三，財政管理自主權。依照國家財政體制的規定，屬於民族自治地方的財政收入，都由民族自治地方的自治機關自主安排使用。
第四，文化自主權。一方面，自治機關可以自主地管理和發展本地區的教育、科學、文化、衛生、體育等事業，保護民族的名勝古蹟和重要歷史文化遺產。另一方面，自治機關在執行職務時，依照本民族自治地方自治條例的規定，使用當地通用的一種或幾種語言文字。
第五，社會治安管理權。民族自治地方的自治機關依照國家的軍事制度和當地的實際需要，經國務院批准，可以組織本地方維護社會治安的公安部隊。
第六，獲得幫助權。國家從財政、物資、技術等方面幫助各少數民族加速發展經濟建設和文化建設事業。國家幫助民族自治地方從當地民族中大量培養各級幹部、各種專業人才和技術工人。
