摺疊片是漢語辭彙，拼音zhedianpian，解釋為記錄項標識了摺疊片在分子中位置。
基本介紹
- 中文名：摺疊片
- 外文名：SHEET
- 拼音：zhedianpian
- 解釋：記錄項標識了摺疊片在分子中位置
綜述,記錄格式,細節,示例,
綜述
摺疊片記錄項標識了摺疊片在分子中的位置，以及起始和終止殘基，並對每個摺疊片進行了命名和編號。
記錄格式
列 數據類型 欄位名稱 定義描述
1 - 6 Record name "SHEET "
8 - 10 Integerstrand摺疊片的分支鏈（strand）的編號，從1開始逐次增加。
12 - 14 LString(3) sheetID 摺疊片的標識符。
15 - 16 Integer numStrands 摺疊片中分支鏈的數目。
18 - 20 Residue name initResName 起始殘基的名稱。
22 Character initChainID 分支鏈中起始殘基的主鏈標識符。
23 - 26 Integer initSeqNum 分支起始殘基在主鏈中的排序號。
27 AChar initICode 分支鏈起始殘基的插入代碼。
29 - 31 Residue name endResName 末端終止殘基名稱。
33 Character endChainID 終止殘基的主鏈標識符。
34 - 37 Integer endSeqNum 終止殘基的主鏈排序號。
38 AChar endICode 終止殘基的插入代碼。
39 - 40 Integer sense 相對於前導鏈的意義。數字0代表第一前導鏈，1代表相對為順式，-1代表相對為反式。詳細解釋見後細節部分。
42 - 45 Atom curAtom 分支鏈標識信息:前分支鏈中原子的名稱。
46 - 48 Residue name curResName 分支鏈標識信息:前分支鏈中的殘基名稱。
50 Character curChainId 分支鏈標識信息:分支鏈的主鏈標識符。
51 - 54 Integer curResSeq 分支鏈標識信息:前分支鏈殘基的主鏈序列排號。
55 AChar curICode 分支鏈標識信息:前分支鏈的插入代碼。
57 - 60 Atom prevAtom 分支鏈標識信息:導分支鏈的原子名稱。
61 - 63 Residue name prevResName 分支鏈標識信息:導分支鏈的殘基名稱。
65 Character prevChainId 分支鏈標識信息:導分支鏈的主鏈標識符。
66 - 69 Integer prevResSeq 分支鏈標識信息:導分支鏈殘基的主鏈序列排號。
70 AChar prevICode 支鏈標識信息:導分支鏈的插入代碼。
1 - 6 Record name "SHEET "
8 - 10 Integerstrand摺疊片的分支鏈（strand）的編號，從1開始逐次增加。
12 - 14 LString(3) sheetID 摺疊片的標識符。
15 - 16 Integer numStrands 摺疊片中分支鏈的數目。
18 - 20 Residue name initResName 起始殘基的名稱。
22 Character initChainID 分支鏈中起始殘基的主鏈標識符。
23 - 26 Integer initSeqNum 分支起始殘基在主鏈中的排序號。
27 AChar initICode 分支鏈起始殘基的插入代碼。
29 - 31 Residue name endResName 末端終止殘基名稱。
33 Character endChainID 終止殘基的主鏈標識符。
34 - 37 Integer endSeqNum 終止殘基的主鏈排序號。
38 AChar endICode 終止殘基的插入代碼。
39 - 40 Integer sense 相對於前導鏈的意義。數字0代表第一前導鏈，1代表相對為順式，-1代表相對為反式。詳細解釋見後細節部分。
42 - 45 Atom curAtom 分支鏈標識信息:前分支鏈中原子的名稱。
46 - 48 Residue name curResName 分支鏈標識信息:前分支鏈中的殘基名稱。
50 Character curChainId 分支鏈標識信息:分支鏈的主鏈標識符。
51 - 54 Integer curResSeq 分支鏈標識信息:前分支鏈殘基的主鏈序列排號。
55 AChar curICode 分支鏈標識信息:前分支鏈的插入代碼。
57 - 60 Atom prevAtom 分支鏈標識信息:導分支鏈的原子名稱。
61 - 63 Residue name prevResName 分支鏈標識信息:導分支鏈的殘基名稱。
65 Character prevChainId 分支鏈標識信息:導分支鏈的主鏈標識符。
66 - 69 Integer prevResSeq 分支鏈標識信息:導分支鏈殘基的主鏈序列排號。
70 AChar prevICode 支鏈標識信息:導分支鏈的插入代碼。
細節
分支鏈的起始殘基為氮末端殘基，39-70描述的是分支鏈的標識信息。列出的分支鏈從摺疊片的一邊開始，後續為與其空間上相臨近的其他分支鏈。
39-40列闡述了分支鏈相對順反的意義，分支鏈n相對與n-1如果是順式，則賦值為1，反之，分支鏈n相對分支鏈n-1如果是反式，則賦值為-1，而此摺疊片的第一分支鏈就賦值為0。
42-70列詳細說明了n與n-1的每對分支鏈間的一個氫鍵，這在當前鏈與前導鏈間均給出。主鏈的第一前導鏈沒有此標識信息。
對於一個閉合的摺疊片（β桶）結構，第一條分支鏈就是最後一條分支鏈，可以在REMARK部分看到解釋性的說明。
分離的分支鏈或者是有兩個或多個胺基酸序列不連續部分殘基的趨向的分支鏈也被列出，並且在REMARK部分有關於它的描述。
39-40列闡述了分支鏈相對順反的意義，分支鏈n相對與n-1如果是順式，則賦值為1，反之，分支鏈n相對分支鏈n-1如果是反式，則賦值為-1，而此摺疊片的第一分支鏈就賦值為0。
42-70列詳細說明了n與n-1的每對分支鏈間的一個氫鍵，這在當前鏈與前導鏈間均給出。主鏈的第一前導鏈沒有此標識信息。
對於一個閉合的摺疊片（β桶）結構，第一條分支鏈就是最後一條分支鏈，可以在REMARK部分看到解釋性的說明。
分離的分支鏈或者是有兩個或多個胺基酸序列不連續部分殘基的趨向的分支鏈也被列出，並且在REMARK部分有關於它的描述。
示例
示例1：
1 2 3 4 5 6 7
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
SHEET 1 A 5 THR A 107 ARG A 110 0
SHEET 2 A 5 ILE A 96 THR A 99 -1 NLysA 98 O THR A 107
SHEET 3 A 5 ARG A 87 SER A 91 -1 N LEU A 89 OTyrA 97
SHEET 4 A 5 TRP A 71 ASP A 75 -1 N ALA A 74 O ILE A 88
SHEET 5 A 5 GLY A 52 PHE A 56 -1 N PHE A 56 O TRP A 71
SHEET 1 B 5 THR B 107 ARG B 110 0
SHEET 2 B 5 ILE B 96 THR B 99 -1 N LYS B 98 O THR B 107
SHEET 3 B 5 ARG B 87 SER B 91 -1 N LEU B 89 O TYR B 97
SHEET 4 B 5 TRP B 71 ASP B 75 -1 N ALA B 74 O ILE B 88
SHEET 5 B 5 GLY B 52 ILE B 55 -1 N ASP B 54 O GLU B 73
1 2 3 4 5 6 7
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
SHEET 1 A 5 THR A 107 ARG A 110 0
SHEET 2 A 5 ILE A 96 THR A 99 -1 NLysA 98 O THR A 107
SHEET 3 A 5 ARG A 87 SER A 91 -1 N LEU A 89 OTyrA 97
SHEET 4 A 5 TRP A 71 ASP A 75 -1 N ALA A 74 O ILE A 88
SHEET 5 A 5 GLY A 52 PHE A 56 -1 N PHE A 56 O TRP A 71
SHEET 1 B 5 THR B 107 ARG B 110 0
SHEET 2 B 5 ILE B 96 THR B 99 -1 N LYS B 98 O THR B 107
SHEET 3 B 5 ARG B 87 SER B 91 -1 N LEU B 89 O TYR B 97
SHEET 4 B 5 TRP B 71 ASP B 75 -1 N ALA B 74 O ILE B 88
SHEET 5 B 5 GLY B 52 ILE B 55 -1 N ASP B 54 O GLU B 73
從這個示例可以看出SHEET A共有5條分支鏈，列14為SHEET標識符，列10為分支鏈標號，列16表示SHEET中的分支鏈總數。分支鏈1是從主鏈A107位的蘇氨酸（THR）到主鏈A110位的精氨酸（ARG），後面40列數字0代表了此鏈是首鏈。第二行是分支鏈2，從1到37列意義是主鏈A96位的賴氨酸（LYS）到主鏈A99位的蘇氨酸（THR），後面的-1代表其與它的前導鏈關係是反式。後面表示A鏈98位賴氨酸上的氮與前導鏈A107位的蘇氨酸（THR）上的氧之間形成氫鍵。後面其他SHEET意義都可以參考上面的註解。
示例2：
下面列出的BS1摺疊片是一個8條分支鏈的β摺疊桶。這個例子表現了閉和摺疊片的首分支鏈和最後一條分支鏈是同一條鏈。其他含義可以參考示例1的注釋。
SHEET 1 BS1 9 VAL 13 ILE 17 0
SHEET 2 BS1 9 ALA 70 ILE 73 1 O TRP 72 N ILE 17
SHEET 3 BS1 9 LYS 127 PHE 132 1 O ILE 129 N ILE 73
SHEET 4 BS1 9 GLY 221 ASP 225 1 O GLY 221 N ILE 130
SHEET 5 BS1 9 VAL 248 GLU 253 1 O PHE 249 N ILE 222
SHEET 6 BS1 9 LEU 276 ASP 278 1 N LEU 277 O GLY 252
SHEET 7 BS1 9 TYR 310 THR 318 1 O VAL 317 N ASP 278
SHEET 8 BS1 9 VAL 351 TYR 356 1 O VAL 351 N THR 318
SHEET 9 BS1 9 VAL 13 ILE 17 1 N VAL 14 O PRO 352
SHEET 2 BS1 9 ALA 70 ILE 73 1 O TRP 72 N ILE 17
SHEET 3 BS1 9 LYS 127 PHE 132 1 O ILE 129 N ILE 73
SHEET 4 BS1 9 GLY 221 ASP 225 1 O GLY 221 N ILE 130
SHEET 5 BS1 9 VAL 248 GLU 253 1 O PHE 249 N ILE 222
SHEET 6 BS1 9 LEU 276 ASP 278 1 N LEU 277 O GLY 252
SHEET 7 BS1 9 TYR 310 THR 318 1 O VAL 317 N ASP 278
SHEET 8 BS1 9 VAL 351 TYR 356 1 O VAL 351 N THR 318
SHEET 9 BS1 9 VAL 13 ILE 17 1 N VAL 14 O PRO 352
示例3：
下面是個摺疊片結構被分為兩部分的實例，為了表現這一特徵，定義了兩個摺疊片，分支鏈BS7的2鏈和分支鏈BS8的3鏈是同一條鏈。
SHEET 1 BS7 3 HIS 662 THR 665 0
SHEET 2 BS7 3 LYS 639 LYS 648 -1 N PHE 643 O HIS 662
SHEET 3 BS7 3 ASN 596 VAL 600 -1 N TYR 598 O ILE 646
SHEET 1 BS8 3 ASN 653 TRP 656 0
SHEET 2 BS8 3 LYS 639 LYS 648 -1 N LYS 647 O THR 655
SHEET 3 BS8 3 ASN 596 VAL 600 -1 N TYR 598 O ILE 646
SHEET 2 BS7 3 LYS 639 LYS 648 -1 N PHE 643 O HIS 662
SHEET 3 BS7 3 ASN 596 VAL 600 -1 N TYR 598 O ILE 646
SHEET 1 BS8 3 ASN 653 TRP 656 0
SHEET 2 BS8 3 LYS 639 LYS 648 -1 N LYS 647 O THR 655
SHEET 3 BS8 3 ASN 596 VAL 600 -1 N TYR 598 O ILE 646
